PDB-6dxv: Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dxv

タイトル

Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant

要素

Tyrosine phenol-lyase

キーワード

LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / aminotransferase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrobacter freundii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Wild-Type and F448A Mutant Citrobacter freundii Tyrosine Phenol-Lyase Complexed with a Substrate and Inhibitors: Implications for the Reaction Mechanism.
著者: Phillips, R.S. / Craig, S.

履歴

登録	2018年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dxv.cif.gz	392.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dxv.ent.gz	320.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dxv_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dxv_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	6dxv_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	6dxv_validation.cif.gz	55 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6durC 6dvxC 6dytC 6dz5C 6ecgC 2tplS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mo3-1 6mpd-1 6dvx-1 2vlf-1 1c7g-d 2ycn-1 2yhk-1 6mme-1 6mqq-1 6mls-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.350, 132.180, 145.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-825- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 2 through 78 or resid 80 through 456))
2	1	(chain B and (resid 2 through 78 or resid 80 through 387 or resid 395 through 456))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	TYR	TYR	(chain A and (resid 2 through 78 or resid 80 through 456))	A	A	2 - 78	1 - 77
1	2	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain A and (resid 2 through 78 or resid 80 through 456))	A	A	80 - 456	79 - 455
2	1	ASN	ASN	TYR	TYR	(chain B and (resid 2 through 78 or resid 80 through 387 or resid 395 through 456))	B	B	2 - 78	1 - 77
2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	(chain B and (resid 2 through 78 or resid 80 through 387 or resid 395 through 456))	B	B	80 - 387	79 - 386
2	3	HIS	HIS	ILE	ILE	(chain B and (resid 2 through 78 or resid 80 through 387 or resid 395 through 456))	B	B	395 - 456	394 - 455

#1: タンパク質	Tyrosine phenol-lyase / Beta-tyrosinase 分子量: 51529.578 Da / 分子数: 2 / 変異: F448A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア) 遺伝子: tpl / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 変異: F448A / 由来タイプ: 合成 / 式: K / 参照: tyrosine phenol-lyase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.05 M triethanolamine-HCl, pH 8, 1 mM EDTA, 5 mM 2-mercaptoethanol, 0.5 mM pyridoxal-5'-phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→37.48 Å / Num. obs: 58142 / % possible obs: 96.23 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 47.59 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1218 / R_pim(I) all: 0.05459 / R_rim(I) all: 0.1338 / Net I/σ(I): 7.14
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 4.86 / Num. unique obs: 5733 / CC_1/2: 0.469 / R_pim(I) all: 2.174 / R_rim(I) all: 5.334 / % possible all: 75.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2TPL

2tpl

解像度: 2.2→37.479 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	1950	3.45 %
R_work	0.208	54613	-
obs	0.2095	56563	96.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 219.37 Å² / B_iso mean: 90.946 Å² / B_iso min: 35.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→37.479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7172	0	2	468	7642
B_iso mean	-	-	69.82	90.38	-
残基数	-	-	-	-	903

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4231	X-RAY DIFFRACTION	9.339	TORSIONAL
1	2	B	4231	X-RAY DIFFRACTION	9.339	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2001-2.2551	0.6735	107	0.6985	2980	3087	75
2.2551-2.316	0.6013	128	0.5745	3570	3698	89
2.316-2.3842	0.3727	142	0.3762	3998	4140	100
2.3842-2.4611	0.3892	142	0.3421	3976	4118	99
2.4611-2.5491	0.3528	141	0.3187	3946	4087	98
2.5491-2.6511	0.3427	142	0.2844	3964	4106	99
2.6511-2.7717	0.2883	142	0.2505	4011	4153	100
2.7717-2.9178	0.2784	144	0.2118	4028	4172	100
2.9178-3.1005	0.2306	144	0.1869	4028	4172	100
3.1005-3.3398	0.2051	144	0.1751	4038	4182	99
3.3398-3.6756	0.2476	144	0.1616	4051	4195	100
3.6756-4.2069	0.2009	142	0.1652	3989	4131	98
4.2069-5.2978	0.1868	134	0.1561	3742	3876	90
5.2978-37.4847	0.2359	154	0.1855	4292	4446	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8162	-1.2647	0.3686	5.0581	-2.745	3.3156	0.1991	0.9001	0.3597	-0.36	0.3648	0.7513	-0.465	-1.2376	-0.3948	0.7008	0.1944	-0.0354	0.9316	0.1394	0.5024	41.6939	11.6431	-17.7638
2	6.1006	4.1646	-0.5276	6.6941	-1.7275	9.2484	0.3448	-0.3301	-0.0251	0.205	-0.4053	-0.4239	-0.4278	0.5219	0.002	0.5782	0.077	-0.0204	0.515	0.0251	0.4475	64.1123	10.8821	2.4865
3	1.5608	0.2203	0.2463	3.4532	-0.8074	3.1222	0.0165	0.2129	0.7376	0.1927	-0.095	0.1011	-1.3338	0.2088	0.0696	1.2293	-0.0917	-0.0186	0.69	0.2179	0.8581	63.6474	34.3776	-13.9945
4	3.223	0.0405	-0.1722	2.0636	-0.9584	4.1775	-0.0206	0.1845	0.5367	0.1495	-0.0002	-0.0518	-0.7433	0.2374	0.164	0.8122	0.0202	0.0502	0.4571	0.1167	0.5738	59.6089	21.6299	-14.2594
5	4.0169	-0.4213	1.1065	5.5105	-1.054	3.3293	0.1469	0.4463	0.9063	-0.1337	0.2457	1.1246	-1.2169	-1.62	-0.303	1.0877	0.3628	0.113	1.0357	0.3523	0.9153	39.7125	24.1877	-23.3176
6	2.0351	1.1579	0.9572	3.8631	1.4274	4.9415	0.1461	-0.2452	-0.0549	0.4637	0.1177	-0.5478	-0.1644	0.562	-0.2351	0.7223	-0.0634	0.0389	0.5756	-0.0623	0.4025	61.7978	7.0461	19.9232
7	2.5456	-0.135	-0.6112	2.585	1.2974	3.0763	0.2787	-0.3348	0.8643	0.0601	-0.1414	0.2232	-0.85	-0.3454	-0.0764	0.9391	0.0876	0.1721	0.6766	-0.1319	0.8037	39.0995	24.5633	14.8974
8	4.7969	1.8439	1.1033	3.4263	1.2394	4.4308	-0.0845	-0.6152	0.5676	0.2195	-0.0687	-0.1155	-0.8513	0.4732	0.0975	0.8916	-0.0932	0.0377	0.6666	-0.1382	0.4748	60.7071	17.5921	29.8708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 57 )	A	2 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 87 )	A	58 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 88 through 228 )	A	88 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 229 through 361 )	A	229 - 361
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 362 through 456 )	A	362 - 456
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 57 )	B	2 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 58 through 311 )	B	58 - 311
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 312 through 456 )	B	312 - 456

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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