[日本語] English
万見
- PDB-6dxp: The crystal structure of an FMN-dependent NADH-azoreductase from ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxp
タイトルThe crystal structure of an FMN-dependent NADH-azoreductase from Klebsiella pneumoniae
要素FMN-dependent NADH-azoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / azoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / : / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase / FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.478 Å
データ登録者Arcinas, A.J. / Ghosh, A. / Chamala, S. / Bonanno, J.B. / Kelly, L. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of an FMN-dependent NADH-azoreductase from Klebsiella pneumoniae
著者: Arcinas, A.J. / Ghosh, A. / Chamala, S. / Bonanno, J.B. / Kelly, L. / Almo, S.C.
履歴
登録2018年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
C: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
D: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8558
ポリマ－97,0304
非ポリマー1,8254
水37821
1
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4284
ポリマ－48,5152
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
2
C: FMN-dependent NADH-azoreductase
D: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4284
ポリマ－48,5152
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.668, 97.323, 77.534
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
FMN-dependent NADH-azoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase


分子量: 24257.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: azoR, B1727_12130, C3F39_21155 / プラスミド: modified pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL+
参照: UniProt: A0A1W1JPX6, UniProt: A6TCS9*PLUS, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 25% PEG 8000, 0.2M calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月7日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.478→29.17 Å / Num. obs: 34876 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.48-2.613.10.64246950.7360.4320.77791.5
7.84-29.173.60.02911360.9980.0180.03497.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALA0.5.32データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V4B

1v4b


解像度: 2.478→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 18.897 / SU ML: 0.394 / SU R Cruickshank DPI: 0.5246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.525 / ESU R Free: 0.313
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2849 1641 4.7 %RANDOM
Rwork0.2373 ---
obs0.2396 33185 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.8 Å2 / Biso mean: 48.043 Å2 / Biso min: 14.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.46 Å20 Å2-4.88 Å2
2---2.94 Å2-0 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.478→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6102 0 93 21 6216
Biso mean--40.99 28.53 -
残基数----816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.9948667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.988313906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7515811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.78724.129264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.02915968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0821545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021386
LS精密化 シェル解像度: 2.478→2.541 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 137 -
Rwork0.414 2078 -
obs--86.25 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る