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万見
- PDB-6dxo: 1.8 A structure of RsbN-BldN complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxo
タイトル1.8 A structure of RsbN-BldN complex.
要素
  • BldN
  • RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor
キーワードTRANSCRIPTION / BldN / RsbN / Sigma / anti-sigma / ECF
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-X type / Domain of unknown function DUF5667 / Domain of unknown function (DUF5667) / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 ...RNA polymerase sigma-X type / Domain of unknown function DUF5667 / Domain of unknown function (DUF5667) / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor / DUF5667 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: The crystal structure of the RsbN-sigma BldN complex from Streptomyces venezuelae defines a new structural class of anti-sigma factor.
著者: Schumacher, M.A. / Bush, M.J. / Bibb, M.J. / Ramos-Leon, F. / Chandra, G. / Zeng, W. / Buttner, M.J.
履歴
登録2018年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年7月11日ID: 6C03
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor
D: BldN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6122
ポリマ－26,6122
非ポリマー00
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.409, 43.375, 58.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor


分子量: 17165.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: SVEN_3185 / 発現宿主: Escherichia coli / 参照: UniProt: F2R911*PLUS
#2: タンパク質 BldN


分子量: 9446.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: SVEN_3186 / 発現宿主: Escherichia coli / 参照: UniProt: F2R912
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium nitrate, 26% PEG 3500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.01 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→23.06 Å / Num. obs: 29209 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.075 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / CC1/2: 0.977 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.17 / Rsym value: 0.136 / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C03

6c03
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.8→23.06 Å / FOM work R set: 0.82 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.77 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 2626 8.99 %
Rwork0.2028 26583 -
obs0.206 29209 77.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.058 Å2 / ksol: 0.453 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 143.16 Å2 / Biso mean: 38.4 Å2 / Biso min: 11.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.8162 Å20 Å2-5.9694 Å2
2---4.0778 Å2-0 Å2
3---10.894 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→23.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1546 0 0 135 1681
Biso mean---46.91 -
残基数----198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8982114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.424576
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.86430.32462580.27322777303580
1.8643-1.93890.282640.23772770303480
1.9389-2.02710.2312750.20972759303481
2.0271-2.13390.24662680.20422768303681
2.1339-2.26750.24162740.19692769304381
2.2675-2.44240.24572810.19872780306181
2.4424-2.68790.25332740.19882780305481
2.6879-3.0760.23522800.19312717299780
3.076-3.87250.21412680.17912618288676
3.8725-23.06170.22711840.22571845202954
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.5551 Å / Origin y: 0.569 Å / Origin z: 24.9492 Å
111213212223313233
T0.1343 Å2-0.0002 Å2-0.005 Å2-0.107 Å20.0314 Å2--0.1232 Å2
L1.3907 °20.8989 °2-0.0433 °2-1.1169 °20.9491 °2--0.8459 °2
S-0.0142 Å °0.0441 Å °-0.0897 Å °-0.079 Å °0.1143 Å °-0.1357 Å °-0.0194 Å °0.0692 Å °0.0012 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 172
2X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 79
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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