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- PDB-6dxk: Glucocorticoid Receptor in complex with Compound 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxk
タイトルGlucocorticoid Receptor in complex with Compound 11
要素Glucocorticoid receptor
キーワードTRANSCRIPTION / SIGNALING PROTEIN / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR / LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / astrocyte differentiation / motor behavior / regulation of gluconeogenesis / adrenal gland development / cellular response to glucocorticoid stimulus / cellular response to steroid hormone stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / steroid binding / cellular response to dexamethasone stimulus / TBP-class protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Hsp90 protein binding / promoter-specific chromatin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / : / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / synapse / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HJ4 / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Rew, Y. / Du, X. / Eksterowicz, J. / Zhou, H. / Jahchan, N. / Zhu, L. / Yan, X. / Kawai, H. / McGee, L.R. / Medina, J.C. ...Rew, Y. / Du, X. / Eksterowicz, J. / Zhou, H. / Jahchan, N. / Zhu, L. / Yan, X. / Kawai, H. / McGee, L.R. / Medina, J.C. / Huang, T. / Chen, C. / Zavorotinskaya, T. / Sutimantanapi, D. / Waszczuk, J. / Jackson, E. / Huang, E. / Ye, Q. / Fantin, V.R. / Daqing, S.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of a Potent and Selective Steroidal Glucocorticoid Receptor Antagonist (ORIC-101).
著者: Rew, Y. / Du, X. / Eksterowicz, J. / Zhou, H. / Jahchan, N. / Zhu, L. / Yan, X. / Kawai, H. / McGee, L.R. / Medina, J.C. / Huang, T. / Chen, C. / Zavorotinskaya, T. / Sutimantanapi, D. / ...著者: Rew, Y. / Du, X. / Eksterowicz, J. / Zhou, H. / Jahchan, N. / Zhu, L. / Yan, X. / Kawai, H. / McGee, L.R. / Medina, J.C. / Huang, T. / Chen, C. / Zavorotinskaya, T. / Sutimantanapi, D. / Waszczuk, J. / Jackson, E. / Huang, E. / Ye, Q. / Fantin, V.R. / Sun, D.
履歴
登録2018年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2784
ポリマ－59,3352
非ポリマー9432
水543
1
A: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子

B: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2784
ポリマ－59,3352
非ポリマー9432
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
Buried area1960 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.193, 98.694, 100.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 530 - 775 / Label seq-ID: 11 - 256

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 29667.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04150
#2: 化合物 ChemComp-HJ4 / (8S,11R,13S,14S,17S)-11-[4-(dimethylamino)phenyl]-17-(3,3-dimethylbut-1-yn-1-yl)-17-hydroxy-13-methyl-1,2,6,7,8,11,12,13,14,15,16,17-dodecahydro-3H-cyclopenta[a]phenanthren-3-one (non-preferred name)


分子量: 471.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C32H41NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: pH 6.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→70.39 Å / Num. obs: 15142 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 3.05→3.3 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Num. unique obs: 3103 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NHZ

1nhz


解像度: 3.05→49.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 16.113 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.09 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25989 537 3.5 %RANDOM
Rwork0.21678 ---
obs0.21837 14605 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.96 Å2-0 Å2-0 Å2
2--31.67 Å20 Å2
3----6.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4013 0 70 3 4086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194064
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.9865537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17338862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0355493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39224.251167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93115684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1191517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.1598.281978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.1618.2781977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.84514.0042469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.84214.0072470
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.3658.4472086
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.3638.4462087
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.92614.0163069
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.38873.394403
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.38673.3864404
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15344 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 33 -
Rwork0.297 1042 -
obs--96.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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