PDB-6dx1: Crystal structure of the viral OTU domain protease from Qalyub virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dx1

タイトル

Crystal structure of the viral OTU domain protease from Qalyub virus

要素

RNA-dependent RNA polymerase

キーワード

HYDROLASE / PROTEIN BINDING / viral OTU / DUB

機能・相同性

機能・相同性情報

viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Qualyub virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.652 Å

データ登録者

Dzimianski, J.V. / Beldon, B.S. / Daczkowski, C.M. / Goodwin, O.Y. / Pegan, S.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2019
タイトル: Probing the impact of nairovirus genomic diversity on viral ovarian tumor domain protease (vOTU) structure and deubiquitinase activity.
著者: Dzimianski, J.V. / Beldon, B.S. / Daczkowski, C.M. / Goodwin, O.Y. / Scholte, F.E.M. / Bergeron, E. / Pegan, S.D.

履歴

登録	2018年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dx1.cif.gz	119.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dx1.ent.gz	91.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dx1_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dx1_full_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示
XML形式データ	6dx1_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	6dx1_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dwxSC 6dx2C 6dx3C 6dx5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wrj-d 5o17-d 1yfh-3 6dx2-1 6r1q-d 5eet-d 5nvi-d 4o1t-d 6h8c-d 2bk9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: RNA-dependent RNA polymerase

A: RNA-dependent RNA polymerase

C: RNA-dependent RNA polymerase

61.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: RNA-dependent RNA polymerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: RNA-dependent RNA polymerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: RNA-dependent RNA polymerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.471, 110.471, 106.229
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	RNA-dependent RNA polymerase 分子量: 20559.920 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Qualyub virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A191KWB3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.3 M magnesium acetate, 16% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 89730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 8842 / CC_1/2: 0.719

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DWX

6dwx

解像度: 1.652→38.285 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.56

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1859	4570	5.09 %
R_work	0.1712	-	-
obs	0.1719	89729	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.652→38.285 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3841	0	0	498	4339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3964
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	5391
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.266	2234
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	548
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	696

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6523-1.6711	0.2714	165	0.2395	2757	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6711-1.6908	0.2374	117	0.2314	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6908-1.7114	0.2245	152	0.2157	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7114-1.733	0.2636	155	0.2239	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.733-1.7558	0.2256	162	0.215	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7558-1.7799	0.214	138	0.2037	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7799-1.8053	0.2152	167	0.1879	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8053-1.8323	0.2245	125	0.187	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8323-1.8609	0.187	159	0.1756	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8609-1.8914	0.1779	138	0.1665	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8914-1.924	0.1745	161	0.177	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
1.924-1.959	0.1942	147	0.1727	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.959-1.9967	0.1796	125	0.1704	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9967-2.0374	0.1708	150	0.1671	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0374-2.0817	0.1803	153	0.1704	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0817-2.1302	0.1715	131	0.1646	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1302-2.1834	0.1786	172	0.1661	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1834-2.2424	0.1941	156	0.1641	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2424-2.3084	0.1918	171	0.1695	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3084-2.3829	0.2008	157	0.1738	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3829-2.4681	0.1906	207	0.1768	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4681-2.5669	0.1937	132	0.1805	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5669-2.6837	0.2182	150	0.1864	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6837-2.8251	0.1753	164	0.1842	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8251-3.0021	0.1783	129	0.1719	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0021-3.2337	0.2034	156	0.1683	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2337-3.5589	0.1648	166	0.1602	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5589-4.0734	0.1698	144	0.1527	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0734-5.1301	0.1542	156	0.1488	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1301-38.2958	0.2035	165	0.1823	3021	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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