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- PDB-6dww: Hermes transposase deletion dimer complex with (A/T) DNA and Mn2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dww
タイトルHermes transposase deletion dimer complex with (A/T) DNA and Mn2+
要素
  • DNA (25-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*A)-3')
  • Hermes transposase
キーワードdna binding protein/dna / transposase / DNA BINDING PROTEIN / dna binding protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid metabolic process / protein dimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, BED domain-containing / Hermes trasposase, DNA-binding domain / Hermes transposase DNA-binding domain / HAT, C-terminal dimerisation domain / hAT family C-terminal dimerisation region / BED zinc finger / Zinc finger, BED-type / Zinc finger BED-type profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H-like superfamily ...Zinc finger, BED domain-containing / Hermes trasposase, DNA-binding domain / Hermes transposase DNA-binding domain / HAT, C-terminal dimerisation domain / hAT family C-terminal dimerisation region / BED zinc finger / Zinc finger, BED-type / Zinc finger BED-type profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Hermes transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Musca domestica (イエバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.851 Å
データ登録者Dyda, F. / Voth, A.R. / Hickman, A.B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the mechanism of double strand break formation by Hermes, a hAT family eukaryotic DNA transposase.
著者: Hickman, A.B. / Voth, A.R. / Ewis, H. / Li, X. / Craig, N.L. / Dyda, F.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hermes transposase
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*G)-3')
C: DNA (25-MER)
D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9327
ポリマ－73,7674
非ポリマー1653
水1,33374
1
A: Hermes transposase
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*G)-3')
C: DNA (25-MER)
D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Hermes transposase
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*G)-3')
C: DNA (25-MER)
D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,86414
ポリマ－147,5348
非ポリマー3306
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area23840 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area54230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.480, 136.460, 104.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hermes transposase


分子量: 59033.633 Da / 分子数: 1 / 変異: C519S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Musca domestica (イエバエ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RosettaBlue(DE3) / 参照: UniProt: Q25438

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DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量: 4942.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ)
#3: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7628.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*A)-3')


分子量: 2162.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ)

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非ポリマー , 2種, 77分子

#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM MES pH 5.8-6.5, 50 mM sodium acetate, 15% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.5498031 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498031 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 20430 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.31 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.44
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.618 / Num. unique obs: 1476

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D1Q

4d1q


解像度: 2.851→29.803 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 920 4.5 %
Rwork0.1992 --
obs0.202 20430 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.851→29.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3888 978 3 74 4943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6447030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5872898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004719
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8507-3.00080.41991190.34672463X-RAY DIFFRACTION89
3.0008-3.18860.34451300.27412799X-RAY DIFFRACTION100
3.1886-3.43450.33931270.23822795X-RAY DIFFRACTION100
3.4345-3.77950.3171370.23122810X-RAY DIFFRACTION100
3.7795-4.3250.30071350.18992832X-RAY DIFFRACTION100
4.325-5.44360.23421330.16692852X-RAY DIFFRACTION100
5.4436-29.80430.17671390.16162959X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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