PDB-6dwo: Crystal structure of alpha-1-2-mannosidase from Enterococcus faec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dwo

タイトル

Crystal structure of alpha-1-2-mannosidase from Enterococcus faecalis V583

要素

Alpha-1,2-mannosidase

キーワード

HYDROLASE / mannosidase / Enterococcus faecalis

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Fisher, A.J. / Li, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Enterococcus faecalis alpha 1-2-mannosidase (EfMan-I): an efficient catalyst for glycoprotein N-glycan modification.
著者: Li, Y. / Li, R. / Yu, H. / Sheng, X. / Wang, J. / Fisher, A.J. / Chen, X.

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dwo.cif.gz	606.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dwo.ent.gz	493.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dwo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dwo_validation.pdf.gz	509.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dwo_full_validation.pdf.gz	533.3 KB	表示
XML形式データ	6dwo_validation.xml.gz	111.4 KB	表示
CIF形式データ	6dwo_validation.cif.gz	161.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5swiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dwv-1 2wvz-3 4g6c-d 6tbk-8 2ww3-4 5la3-2 2wvz-1 2ww0-3 4d8g-2 2wvx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-1,2-mannosidase

B: Alpha-1,2-mannosidase

C: Alpha-1,2-mannosidase

D: Alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

334 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	163.350, 168.990, 258.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 712 / Label seq-ID: 1 - 712

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Alpha-1,2-mannosidase 分子量: 82777.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (strain ATCC 700802 / V583) (乳酸球菌) 株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: EF_2217 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q832K9, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#1: タンパク質

Alpha-1,2-mannosidase

分子量: 82777.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus faecalis (strain ATCC 700802 / V583) (乳酸球菌)
株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: EF_2217 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q832K9, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 1574分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.15 M sodium acetate, pH 4.5, 0.8 M sodium phosphate monobasic, 1.2 M potassium phosphate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月10日 / 詳細: INSERTION DEVICE
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 190871 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 11.12
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 14034 / CC_1/2: 0.782 / R_rim(I) all: 0.703 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS	Jun 1, 2017 BUILT=20170601	データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5SWI

5swi

解像度: 2.15→39.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 4.713 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.153

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18893	9643	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15527	-	-	-
obs	0.15698	181227	98.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.837 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→39.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23064	0	158	1537	24759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	23891
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.644	32439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.621	5	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.775	24.021	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.547	15	3780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.776	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	18688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.544	3.071	11405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.35	4.59	14237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.163	3.339	12486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.794	42.176	36814
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	25616	0.06
1	2	B	25616	0.06
2	1	A	25532	0.07
2	2	C	25532	0.07
3	1	A	25696	0.06
3	2	D	25696	0.06
4	1	B	25552	0.07
4	2	C	25552	0.07
5	1	B	25591	0.06
5	2	D	25591	0.06
6	1	C	25462	0.07
6	2	D	25462	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	691	-
R_work	0.238	13336	-
obs	-	-	99.11 %

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