PDB-6dwk: SAMHD1 Bound to Fludarabine-TP in the Catalytic Pocket

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dwk

タイトル

SAMHD1 Bound to Fludarabine-TP in the Catalytic Pocket

要素

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / Complex / deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase / dNTPase / nucleotide analogue / Fludarabine-TP / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTPase activity / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Knecht, K.M. / Buzovetsky, O. / Schneider, C. / Thomas, D. / Srikanth, V. / Kaderali, L. / Tofoleanu, F. / Reiss, K. / Ferreiros, N. / Geisslinger, G. ...

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: The structural basis for cancer drug interactions with the catalytic and allosteric sites of SAMHD1.
著者: Knecht, K.M. / Buzovetsky, O. / Schneider, C. / Thomas, D. / Srikanth, V. / Kaderali, L. / Tofoleanu, F. / Reiss, K. / Ferreiros, N. / Geisslinger, G. / Batista, V.S. / Ji, X. / Cinatl Jr., J. ...

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.2	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dwk.cif.gz	825.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dwk.ent.gz	677.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dwk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dwk_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dwk_full_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示
XML形式データ	6dwk_validation.xml.gz	76.8 KB	表示
CIF形式データ	6dwk_validation.cif.gz	102.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dw3C 6dw4C 6dw5C 6dw7C 6dwdC 6dwjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dwj-d 4tnp-d 4qg1-d 4to1-d 4zwe-d 6txe-2 4to0-d 6tx0-1 4to6-d 6cm2-d 4rxp-1 4qfx-d 6txa-2 6dw4-d 6txa-3 4to3-d 4bzb-d 4rxq-1 6txa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
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シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (2)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

262 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.691, 146.671, 99.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 113 - 598 / Label seq-ID: 37 - 522

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM domain and HD domain-containing protein 1 分子量: 63426.375 Da / 分子数: 4 / 変異: H206R, D207N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...

分子量: 63426.375 Da / 分子数: 4 / 変異: H206R, D207N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 9種, 333分子

#2: 化合物	ChemComp-HFD / 2-fluoro-9-{5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-a mine / Fludarabine-TRIPHOSPHATE / Fara-ATP 分子量: 525.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅FN₅O₁₃P₃
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP 分子量: 491.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#8: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 100 MM BIS-TRIS PH 6.7 AND 25% (W/V) PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 100587 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.6 % / Num. unique obs: 5041 / CC_1/2: 0.185 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 14.373 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21213	5169	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17631	-	-	-
obs	0.17817	95366	96.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.175 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	-1.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15649	0	489	274	16412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	16517
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	15165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.225	1.988	22376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.111	3	35241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.662	5	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.945	23.931	809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.61	15	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.507	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	17900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3380
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.701	2.416	7694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.698	2.414	7691
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.751	3.597	9582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.751	3.598	9583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.527	2.725	8823
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.507	2.72	8819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.978	3.971	12785
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.274	45.255	68360
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.274	45.254	68360
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	31778	0.08
1	2	B	31778	0.08
2	1	A	31600	0.09
2	2	C	31600	0.09
3	1	A	31738	0.08
3	2	D	31738	0.08
4	1	B	31572	0.08
4	2	C	31572	0.08
5	1	B	31728	0.08
5	2	D	31728	0.08
6	1	C	31704	0.08
6	2	D	31704	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.275→2.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	219	-
R_work	0.262	4139	-
obs	-	-	56.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7547	0.3007	-0.12	1.7632	0.0737	0.7508	0.0695	-0.1839	-0.0566	0.3352	-0.0298	-0.238	0.0501	0.1719	-0.0397	0.0663	-0.0014	-0.0497	0.0729	0.0017	0.0542	33.4399	-4.4685	5.3574
2	0.9866	0.1189	-0.192	1.2513	-0.083	1.1811	-0.0664	0.2991	-0.1108	-0.2191	0.0716	0.2973	0.2325	-0.4307	-0.0053	0.0928	-0.1193	-0.0435	0.2606	-0.0394	0.1336	4.9046	-16.5649	-34.5516
3	0.8374	0.2685	0.1678	1.1452	0.0675	1.4127	-0.0436	0.244	0.036	-0.1767	0.0559	-0.3081	-0.0228	0.2351	-0.0124	0.0335	-0.0257	0.0511	0.1329	0.0063	0.1019	37.6734	-1.6496	-33.7036
4	0.9754	0.0277	0.1199	1.2331	-0.0429	1.3944	0.0205	-0.0276	0.1681	0.1477	0.0066	0.4491	-0.042	-0.5285	-0.0271	0.0226	0.0113	0.0687	0.2052	-0.003	0.2262	-0.8925	3.8252	-1.3752
5	0.7768	0.1057	-0.3619	0.9614	-0.3612	1.4612	-0.0333	0.0127	-0.0236	0.1712	0.0029	0.0104	0.0191	0.0149	0.0303	0.1233	-0.0165	-0.0052	0.1148	-0.0164	0.2839	21.0483	-3.1547	-12.175
6	0.7985	0.2557	1.989	1.7822	1.5078	5.4011	-0.1935	0.2369	-0.0591	-0.0994	0.2378	0.1883	-0.4919	0.6666	-0.0443	0.092	-0.1141	-0.005	0.1496	0.0198	0.0344	18.0457	-4.475	-7.9695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	D	113 - 598
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	705 - 706
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	703
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	703
5	X-RAY DIFFRACTION	2	C	114 - 598
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	703 - 704
7	X-RAY DIFFRACTION	2	C	704 - 705
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	114 - 598
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	701 - 702
10	X-RAY DIFFRACTION	3	C	703
11	X-RAY DIFFRACTION	3	D	702
12	X-RAY DIFFRACTION	4	A	114 - 598
13	X-RAY DIFFRACTION	4	A	701 - 702
14	X-RAY DIFFRACTION	4	C	702
15	X-RAY DIFFRACTION	4	D	701
16	X-RAY DIFFRACTION	5	A	707 - 713
17	X-RAY DIFFRACTION	5	B	704 - 709
18	X-RAY DIFFRACTION	5	D	704 - 709
19	X-RAY DIFFRACTION	6	A	822
20	X-RAY DIFFRACTION	6	B	805
21	X-RAY DIFFRACTION	6	D	830 - 850

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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