PDB-6dvx: Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dvx

タイトル

Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant complexed with L-phenylalanine

要素

Tyrosine phenol-lyase

キーワード

LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / aminotransferase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrobacter freundii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Wild-Type and F448A Mutant Citrobacter freundii Tyrosine Phenol-Lyase Complexed with a Substrate and Inhibitors: Implications for the Reaction Mechanism.
著者: Phillips, R.S. / Craig, S.

履歴

登録	2018年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dvx.cif.gz	391.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dvx.ent.gz	322.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6dvx_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dvx_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6dvx_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	6dvx_validation.cif.gz	56.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/6dvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/6dvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6durC 6dxvC 6dytC 6dz5C 6ecgC 2vlhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mo3-1 6mpd-1 6mqq-1 2ez1-1 2tpl-1 6dxv-1 1c7g-d 2ycn-1 2vlf-1 2yhk-1 6dyt-1 6mls-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
208 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.780, 132.670, 144.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...
2	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	2 - 65
1	2	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	67 - 78
1	3	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	80 - 92
1	4	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	94 - 289
1	5	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	291 - 380
1	6	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	382 - 1458
2	1	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	2 - 65
2	2	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	67 - 78
2	3	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	80 - 92
2	4	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	94 - 289
2	5	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	2 - 1501
2	6	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	2 - 1501
2	7	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	382 - 387
2	8	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	392 - 1457

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tyrosine phenol-lyase / Beta-tyrosinase 分子量: 51432.660 Da / 分子数: 2 / 変異: F448A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア) 遺伝子: tpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase

-
非ポリマー , 5種, 498分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-P71 / (2E)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}-3-phenylpropanoic acid 分子量: 394.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉N₂O₇P
#4: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-P70 / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-phenylalanine 分子量: 394.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉N₂O₇P
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.05 M triethanolamine-HCl, 0.5 mM pyridoxal-5'-phosphate, 1 mM EDTA, 5 mM 2-mercaptoethanol, 36-40% PEG 5000 MME Temp details: room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→37.752 Å / Num. obs: 54151 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 27.743 % / B_iso Wilson estimate: 54.62 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_rim(I) all: 0.16 / Χ²: 1.072 / Net I/σ(I): 17.68

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.27-2.33	15.015	3.974	0.88	3951	0.367	4.112	99.9
2.33-2.39	20.182	3.342	1.22	3873	0.565	3.428	99.9
2.39-2.46	30.059	2.773	1.83	3709	0.778	2.82	99.7
2.46-2.54	30.069	2.25	2.35	3635	0.888	2.288	99.8
2.54-2.62	30.032	1.735	3.07	3534	0.894	1.765	99.6
2.62-2.71	30.023	1.443	3.76	3427	0.922	1.468	99.8
2.71-2.82	30.05	1.074	4.97	3286	0.964	1.093	99.7
2.82-2.93	29.986	0.786	6.65	3182	0.977	0.8	99.7
2.93-3.06	29.989	0.578	8.76	3050	0.986	0.588	99.9
3.06-3.21	29.92	0.414	11.57	2931	0.993	0.421	99.8
3.21-3.38	29.762	0.274	16.49	2810	0.997	0.279	100
3.38-3.59	29.559	0.188	22.38	2642	0.998	0.191	99.9
3.59-3.84	29.366	0.121	30.97	2498	0.999	0.123	100
3.84-4.14	29.048	0.09	40.38	2341	1	0.091	100
4.14-4.54	28.962	0.066	49.4	2160	1	0.067	100
4.54-5.08	28.452	0.061	53.9	1970	1	0.062	100
5.08-5.86	28.257	0.06	55.42	1752	1	0.061	100
5.86-7.18	27.751	0.055	58.78	1503	1	0.056	100
7.18-10.15	26.961	0.039	72.6	1191	1	0.04	100
10.15-37.752	23.615	0.036	70.6	706	1	0.037	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VLH

2vlh

解像度: 2.27→37.752 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2188	1997	3.7 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.187	54040	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 200.73 Å² / B_iso mean: 79.2741 Å² / B_iso min: 38.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.27→37.752 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7162	0	78	496	7736
B_iso mean	-	-	85.43	78.39	-
残基数	-	-	-	-	906

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4261	X-RAY DIFFRACTION	10.466	TORSIONAL
1	2	B	4261	X-RAY DIFFRACTION	10.466	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2701-2.3268	0.4325	140	0.4068	3659	3799	100
2.3268-2.3898	0.3807	142	0.3697	3700	3842	100
2.3898-2.4601	0.3544	139	0.3361	3629	3768	99
2.4601-2.5394	0.3661	141	0.3107	3660	3801	100
2.5394-2.6302	0.3351	141	0.2706	3668	3809	100
2.6302-2.7355	0.2806	141	0.2509	3680	3821	100
2.7355-2.8599	0.2878	142	0.2251	3696	3838	100
2.8599-3.0106	0.2652	141	0.2032	3678	3819	100
3.0106-3.1992	0.2579	143	0.1878	3701	3844	100
3.1992-3.446	0.2095	142	0.1787	3704	3846	100
3.446-3.7925	0.2034	143	0.1534	3740	3883	100
3.7925-4.3406	0.1596	144	0.1387	3751	3895	100
4.3406-5.4661	0.1696	146	0.1451	3808	3954	100
5.4661-37.7571	0.2003	152	0.1737	3969	4121	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.246	-1.9113	0.7756	5.4303	1.7881	5.248	-0.0848	0.6108	-0.1843	0.1073	0.488	-0.7554	0.3475	1.4197	-0.3944	0.7402	0.0259	0.0225	0.8093	-0.1302	0.4652	-42.081	-11.7887	-17.7821
2	2.3801	2.2372	0.3067	3.9553	1.2988	3.6411	0.2033	-0.2559	0.0775	0.522	-0.263	0.1398	0.3247	-0.2184	0.0386	0.8224	0.0386	0.0234	0.5019	-0.0275	0.4671	-64.3416	-10.6513	2.506
3	1.4967	0.3135	0.3362	2.6555	0.2955	2.598	0.0789	0.1548	-0.4972	0.0573	-0.0173	-0.0482	0.8223	-0.2975	-0.0791	1.099	-0.0786	-0.0052	0.5527	-0.0982	0.6513	-64.2067	-34.1849	-14.0257
4	2.9413	-0.0826	0.5394	2.6471	0.148	2.4697	0.1781	-0.0701	-0.3088	0.2211	-0.2197	0.3451	0.7914	-0.3762	0.0893	0.8948	-0.1042	0.0343	0.5664	-0.1121	0.5015	-67.8913	-24.2855	-6.889
5	1.5729	0.5789	0.746	0.8566	0.6917	3.9695	0.0591	0.3929	-0.4235	-0.0237	0.1681	-0.1766	0.7522	0.4895	-0.0829	1.0471	0.1038	-0.0281	0.5562	-0.1061	0.5605	-50.9983	-20.4779	-20.3672
6	2.3187	-0.3575	0.8392	2.3737	-1.2389	1.0249	0.0433	0.3998	-0.4145	-0.2676	0.2412	-0.6581	0.748	0.6729	-0.0516	1.0854	0.1134	-0.0027	0.5752	-0.153	0.5714	-45.9509	-21.4946	-25.2311
7	1.1788	-0.4927	0.6746	5.5412	3.4486	2.9843	0.1723	0.3422	-0.5856	0.8784	0.7089	-1.313	1.4922	1.7972	-1.2479	1.5733	0.7902	-0.2985	1.7194	-0.6146	1.2974	-33.0024	-30.4195	-20.4407
8	5.7476	2.4024	-1.5882	3.3825	-1.1688	2.0577	-0.0302	-0.2172	0.146	0.206	0.1747	0.362	0.1815	-0.4189	-0.1456	0.821	0.0087	-0.0093	0.59	0.0431	0.4162	-62.1051	-7.2197	19.9104
9	1.5754	-0.0121	0.2977	2.0191	-0.6048	3.0881	0.0924	-0.1911	-0.4685	0.1049	-0.0621	-0.2577	0.6616	0.4618	-0.0091	0.8415	0.1101	-0.0596	0.5493	0.057	0.5922	-38.9595	-25.4608	15.8973
10	1.9335	-0.3627	-0.8884	1.1166	0.3495	3.8538	-0.0291	-0.2605	-0.0989	0.099	-0.1308	-0.054	0.2003	0.4264	0.1746	0.8404	0.0253	-0.0791	0.4825	0.052	0.4864	-44.1481	-10.7673	16.0909
11	2.953	1.4876	-0.6989	3.8281	-1.3375	3.1324	0.0241	-0.4693	-0.3832	0.1492	-0.0498	0.2066	0.644	-0.447	0.0084	1.0249	-0.0752	-0.0163	0.6715	0.0864	0.5326	-63.3391	-19.722	29.8398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 57 )	A	2 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 87 )	A	58 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 88 through 228 )	A	88 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 229 through 285 )	A	229 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 286 through 386 )	A	286 - 386
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 387 through 429 )	A	387 - 429
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 430 through 456 )	A	430 - 456
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 57 )	B	2 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 285 )	B	58 - 285
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 286 through 331 )	B	286 - 331
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 332 through 456 )	B	332 - 456

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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