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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6duw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the alpha-N-catenin actin-binding domain H1 mutant | ||||||
![]() | Catenin alpha-2 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / five-helix bundle / F-actin-binding / mechanosensor | ||||||
機能・相同性 | ![]() radial glia guided migration of Purkinje cell / regulation of synapse structural plasticity / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of neuron migration / catenin complex / brain morphogenesis / dendrite morphogenesis / regulation of neuron projection development / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis ...radial glia guided migration of Purkinje cell / regulation of synapse structural plasticity / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of neuron migration / catenin complex / brain morphogenesis / dendrite morphogenesis / regulation of neuron projection development / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / prepulse inhibition / axonogenesis / adherens junction / structural constituent of cytoskeleton / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / actin filament binding / cell migration / actin cytoskeleton / cadherin binding / axon / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ishiyama, N. / Ikura, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Force-dependent allostery of the alpha-catenin actin-binding domain controls adherens junction dynamics and functions. 著者: Ishiyama, N. / Sarpal, R. / Wood, M.N. / Barrick, S.K. / Nishikawa, T. / Hayashi, H. / Kobb, A.B. / Flozak, A.S. / Yemelyanov, A. / Fernandez-Gonzalez, R. / Yonemura, S. / Leckband, D.E. / ...著者: Ishiyama, N. / Sarpal, R. / Wood, M.N. / Barrick, S.K. / Nishikawa, T. / Hayashi, H. / Kobb, A.B. / Flozak, A.S. / Yemelyanov, A. / Fernandez-Gonzalez, R. / Yonemura, S. / Leckband, D.E. / Gottardi, C.J. / Tepass, U. / Ikura, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28120.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 10 mM cobalt chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→42.08 Å / Num. obs: 24191 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 47.58 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 31.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / CC1/2: 0.89 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4K1O 解像度: 2.2→42.08 Å / SU ML: 0.2047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.4348
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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