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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6duu | ||||||
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タイトル | Three-Dimensional Structures for mastoparano-MO | ||||||
要素 | mastoparano-MO | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / SDS micelles / PAM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 other organism cell membrane / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / 自然免疫系 / extracellular region / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Alves, E.S.F. / Rodrigues, L.V. / Liao, L.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Three-Dimensional Structures for mastoparano-L 著者: Alves, E.S.F. / Rodrigues, L.V. / Liao, L.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6duu.cif.gz | 58.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6duu.ent.gz | 46.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6duu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/6duu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/6duu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6dulC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2064.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P01514*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1 mM mastoparano-MO, 100 mM [U-98% 2H] SDS-D25, 5 % v/v [U-98% 2H] TMSP-d4, 90 % v/v H2O, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O Label: Mastoparano-MO / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: acid Not defined / Label: mastoparano-MO / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |