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- PDB-6dur: Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase complexed with L-pheny... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dur
タイトルCitrobacter freundii tyrosine phenol-lyase complexed with L-phenylalanine
要素Tyrosine phenol-lyase
キーワードLYASE (リアーゼ) / pyridoxal-5'-phosphate (ピリドキサールリン酸) / aminotransferase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能
Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-P70 / Chem-P71 / TRIETHYLENE GLYCOL / Tyrosine phenol-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Phillips, R.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Wild-Type and F448A Mutant Citrobacter freundii Tyrosine Phenol-Lyase Complexed with a Substrate and Inhibitors: Implications for the Reaction Mechanism.
著者: Phillips, R.S. / Craig, S.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine phenol-lyase
B: Tyrosine phenol-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0988
ポリマ－102,7552
非ポリマー1,3436
水10,989610
1
A: Tyrosine phenol-lyase
B: Tyrosine phenol-lyase
ヘテロ分子

A: Tyrosine phenol-lyase
B: Tyrosine phenol-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,19716
ポリマ－205,5104
非ポリマー2,68712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545x,-y-1,-z1
Buried area21250 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area56190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.510, 133.330, 142.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 12 or resid 47...
21(chain B and (resid 2 through 12 or resid 47...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNSERSER(chain A and (resid 2 through 12 or resid 47...AA2 - 121 - 11
12LEULEUMETMET(chain A and (resid 2 through 12 or resid 47...AA47 - 6546 - 64
13GLYGLYSERSER(chain A and (resid 2 through 12 or resid 47...AA67 - 1266 - 11
14ASNASNILEILE(chain A and (resid 2 through 12 or resid 47...AA2 - 4561 - 455
15ASNASNILEILE(chain A and (resid 2 through 12 or resid 47...AA2 - 4561 - 455
16ASPASPCYSCYS(chain A and (resid 2 through 12 or resid 47...AA258 - 268257 - 267
17PROPROLEULEU(chain A and (resid 2 through 12 or resid 47...AA289 - 347288 - 346
18SERSERSERSER(chain A and (resid 2 through 12 or resid 47...AA378377
19LEULEUILEILE(chain A and (resid 2 through 12 or resid 47...AA405 - 424404 - 423
21ASNASNSERSER(chain B and (resid 2 through 12 or resid 47...BB2 - 121 - 11
22LEULEUMETMET(chain B and (resid 2 through 12 or resid 47...BB47 - 6546 - 64
23ASNASNP70P70(chain B and (resid 2 through 12 or resid 47...BB - H2 - 5011
24ASNASNASNASN(chain B and (resid 2 through 12 or resid 47...BB21
25ASNASNP70P70(chain B and (resid 2 through 12 or resid 47...BB - H2 - 5011
26ASNASNP70P70(chain B and (resid 2 through 12 or resid 47...BB - H2 - 5011
27PROPROLEULEU(chain B and (resid 2 through 12 or resid 47...BB289 - 347288 - 346
28SERSERSERSER(chain B and (resid 2 through 12 or resid 47...BB378377
29LEULEUILEILE(chain B and (resid 2 through 12 or resid 47...BB405 - 424404 - 423

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine phenol-lyase / / Beta-tyrosinase


分子量: 51377.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: tpl / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase

-
非ポリマー , 6種, 616分子

#2: 化合物 ChemComp-P71 / (2E)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}-3-phenylpropanoic acid


分子量: 394.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N2O7P
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-P70 / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-phenylalanine


分子量: 394.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N2O7P
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M triethanolamine-HCl, pH 8.0, 1 mM EDTA, 5 mM 2-mercaptoethanol, 0.1 mM PLP, 36-38% PEG 5000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.734 Å / Num. obs: 104987 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.396 % / Biso Wilson estimate: 33.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 11.92 / Num. measured all: 1406378 / Scaling rejects: 2194
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.857.733.7560.5154843773970950.2694.02591.7
1.85-1.98.8932.7510.7665058753873160.4132.92197.1
1.9-1.9510.9632.2271.0980000734972970.6092.33699.3
1.95-2.0113.3471.6491.6795562716171600.7421.715100
2.01-2.0814.7931.2162.44102574693669340.8331.26100
2.08-2.1514.8860.9243.2599841671167070.90.95799.9
2.15-2.2314.9040.6974.3596486647864740.940.72199.9
2.23-2.3214.820.555.5392637626262510.9550.56999.8
2.32-2.4314.8890.4137.1889125599759860.9790.42899.8
2.43-2.5514.9190.3388.6685592575257370.9860.34999.7
2.55-2.6814.8560.25611.2580920546554470.990.26599.7
2.68-2.8514.8590.19314.177089520551880.9950.299.7
2.85-3.0414.7970.14218.7772000488848660.9970.14799.5
3.04-3.2914.6510.10523.8766823457445610.9980.10999.7
3.29-3.614.3350.07830.2460036419941880.9980.08199.7
3.6-4.0213.9210.06336.8453192383438210.9990.06599.7
4.02-4.6513.7850.05541.347075342434150.9990.05799.7
4.65-5.6913.7150.05242.7139595289428870.9990.05499.8
5.69-8.0513.5370.04943.4631202230623050.9990.051100
8.05-48.73412.3730.04345.8116728136413520.9990.04599.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VLF

2vlf


解像度: 1.8→48.734 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1933 1992 1.91 %
Rwork0.172 102567 -
obs0.1724 104559 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.46 Å2 / Biso mean: 45.4778 Å2 / Biso min: 21.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.734 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7188 0 88 610 7886
Biso mean--60.64 53.81 -
残基数----907
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3052X-RAY DIFFRACTION5.212TORSIONAL
12B3052X-RAY DIFFRACTION5.212TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8450.37591260.35156427655388
1.845-1.89490.31391450.32037021716696
1.8949-1.95070.34161370.30547270740799
1.9507-2.01360.31171330.257173467479100
2.0136-2.08560.2851490.226273767525100
2.0856-2.16910.21291400.199773687508100
2.1691-2.26780.25481500.194573657515100
2.2678-2.38740.21741430.176373867529100
2.3874-2.5370.20071430.175273397482100
2.537-2.73280.19341390.165874147553100
2.7328-3.00780.21471490.169274327581100
3.0078-3.44290.20221350.163174537588100
3.4429-4.33730.15821470.136175567703100
4.3373-48.75150.14671560.153478147970100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71880.1665-0.34190.8049-0.19291.32670.09530.20410.2926-0.0585-0.0020.1474-0.257-0.2016-0.05780.28190.07680.02480.27440.05920.325380.3621-45.9636-11.8573
22.59561.67120.91115.68631.59574.47120.08630.26150.4934-0.09270.0453-0.1495-0.66250.2175-0.09090.408-0.02990.10170.32680.13680.44598.2396-28.2061-15.8673
31.09720.19470.06760.9933-0.17222.01760.05440.22820.3194-0.1111-0.0029-0.0356-0.28810.05820.1140.25190.03380.04530.22680.07860.293188.6319-43.2978-15.6612
43.529-1.5529-1.02280.71160.8244.96180.4342-0.03830.6747-0.2963-0.2724-0.2407-1.0058-0.4118-0.19990.54070.15410.05410.53180.1640.543570.6191-36.0882-21.2474
51.5999-1.16641.43045.2265-2.3115.0687-0.02280.55070.2018-0.38110.17210.58520.0486-0.3881-0.09910.27940.0155-0.01490.40730.12070.293875.3385-50.3255-27.363
63.9162-1.0202-0.251.55-1.75943.88950.49910.46690.70390.02550.20810.2895-0.7954-0.9616-0.50970.53270.19490.11040.76060.23690.735362.8557-35.6754-19.3184
72.36281.340.88382.70370.63581.89720.0426-0.119-0.04340.17650.0652-0.24980.01780.2476-0.11850.28190.00530.00420.3308-0.03860.230691.8508-59.97819.9572
83.9215-1.1553-1.20431.65710.38066.32410.10480.10730.1868-0.0609-0.12250.266-0.1792-0.61330.01010.1735-0.0072-0.02030.2829-0.02330.33369.2125-55.31480.7175
90.83760.006-0.03191.59130.50191.85780.0824-0.22770.32940.0431-0.130.2585-0.4469-0.445-0.01540.3440.120.05070.4248-0.11250.450168.8908-40.487917.2616
102.18480.73970.39881.92720.85672.38420.004-0.35810.3270.24060.0088-0.0927-0.19820.1963-0.03190.3639-0.01560.00040.334-0.08310.273290.54-49.332929.8293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 159 )A2 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 160 through 207 )A160 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 208 through 361 )A208 - 361
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 362 through 401 )A362 - 401
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 402 through 429 )A402 - 429
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 430 through 456 )A430 - 456
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 57 )B2 - 57
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 58 through 88 )B58 - 88
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 89 through 311 )B89 - 311
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 312 through 456 )B312 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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