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万見
- PDB-6dum: ALDH1A1 N121S in complex with 6-{[(3-fluorophenyl)methyl]sulfanyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dum
タイトルALDH1A1 N121S in complex with 6-{[(3-fluorophenyl)methyl]sulfanyl}-2-(oxetan-3-yl)-5-phenyl-2,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one (compound 13g)
要素Retinal dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / retinal dehydrogenase / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Fructose catabolism ...fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / retinal dehydrogenase / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Fructose catabolism / Ethanol oxidation / aldehyde metabolic process / RA biosynthesis pathway / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / cellular detoxification of aldehyde / androgen binding / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase activity / retinol metabolic process / negative regulation of cold-induced thermogenesis / retinoid metabolic process / GTPase activator activity / NAD binding / axon / synapse / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A5Y / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / YTTERBIUM (III) ION / Aldehyde dehydrogenase 1A1 / Aldehyde dehydrogenase 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Buchman, C.D. / Hurley, T.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-Based Optimization of a Novel Class of Aldehyde Dehydrogenase 1A (ALDH1A) Subfamily-Selective Inhibitors as Potential Adjuncts to Ovarian Cancer Chemotherapy.
著者: Huddle, B.C. / Grimley, E. / Buchman, C.D. / Chtcherbinine, M. / Debnath, B. / Mehta, P. / Yang, K. / Morgan, C.A. / Li, S. / Felton, J. / Sun, D. / Mehta, G. / Neamati, N. / Buckanovich, R.J. ...著者: Huddle, B.C. / Grimley, E. / Buchman, C.D. / Chtcherbinine, M. / Debnath, B. / Mehta, P. / Yang, K. / Morgan, C.A. / Li, S. / Felton, J. / Sun, D. / Mehta, G. / Neamati, N. / Buckanovich, R.J. / Hurley, T.D. / Larsen, S.D.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,56612
ポリマ－54,8981
非ポリマー1,66811
水3,099172
1
A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,26348
ポリマ－219,5904
非ポリマー6,67344
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
Buried area29950 Å2
ΔGint-363 kcal/mol
Surface area57790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.802, 108.802, 82.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number89
Space group name H-MP422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

CL

21A-868-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Retinal dehydrogenase 1 / RalDH1 / ALDH-E1 / ALHDII / Aldehyde dehydrogenase family 1 member A1 / Aldehyde dehydrogenase / cytosolic


分子量: 54897.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A1, ALDC, ALDH1, PUMB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: V9HW83, UniProt: P00352*PLUS, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, retinal dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 183分子

#2: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 化合物 ChemComp-A5Y / 6-{[(3-fluorophenyl)methyl]sulfanyl}-2-(oxetan-3-yl)-5-phenyl-2,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one


分子量: 408.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17FN4O2S
#4: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 6.2-6.5, 200 mM sodium chloride, 5 mM ytterbium chloride, 6-11% PEG3350
PH範囲: 6.2-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月26日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 33340 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 418664
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.03120.3160.9870.090.3280.93483.6
2.03-2.0711.90.2940.9910.0840.3060.95886.7
2.07-2.1111.70.260.9920.0750.2710.95289.8
2.11-2.1511.10.2560.9920.0770.2670.93192.1
2.15-2.210.40.2520.9890.0790.2650.96495.8
2.2-2.2512.60.20.9960.0560.2080.98298.3
2.25-2.3113.10.1650.9970.0460.171198.8
2.31-2.3713.20.1550.9970.0430.1611.0399.7
2.37-2.4413.40.1480.9970.0410.1541.018100
2.44-2.5213.30.1370.9980.0380.1421.025100
2.52-2.6113.20.1120.9990.0310.1161.068100
2.61-2.7112.90.1040.9980.030.1091.085100
2.71-2.8411.50.0990.9980.0310.1041.16299.9
2.84-2.9913.50.0750.9990.0210.0781.091100
2.99-3.1713.70.0650.9990.0180.0671.1100
3.17-3.4213.40.0570.9990.0160.0590.997100
3.42-3.76130.0470.9990.0130.0490.937100
3.76-4.3111.70.0440.9990.0130.0460.95599.7
4.31-5.4313.30.0410.0110.0410.98499.9
5.43-5011.80.0450.9990.0130.0470.90399.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 15.824 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.183
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 1690 5.1 %RANDOM
Rwork0.1941 ---
obs0.1971 31637 97.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.15 Å2 / Biso mean: 49.714 Å2 / Biso min: 23.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.38 Å2-0 Å20 Å2
2---3.38 Å20 Å2
3---6.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3814 0 82 172 4068
Biso mean--59.34 46.52 -
残基数----494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.9855394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76638735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3225493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.81124.727165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83415672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8411517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02883
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 102 -
Rwork0.306 1979 -
all-2081 -
obs--83.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.00310.66820.52691.0873-0.84452.5855-0.1634-0.1905-0.49760.1206-0.01150.14720.39350.01830.1750.2040.03690.20360.03190.07170.417951.9712-32.119728.2646
21.11610.6998-0.5661.1638-0.44060.6278-0.108-0.0832-0.08190.0513-0.03610.14090.03360.02030.14410.03640.01860.05360.01590.01810.324855.9218-16.877717.3466
30.97870.4779-0.51441.0347-0.67290.8101-0.1275-0.0751-0.07240.10630.08010.26440.0237-0.11440.04730.05830.02240.08830.0551-0.03560.450831.3055-9.314919.9136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2A60 - 271
3X-RAY DIFFRACTION3A272 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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