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- PDB-6duj: Crystal structure of A51V variant of Human Cytochrome c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6duj
タイトルCrystal structure of A51V variant of Human Cytochrome c
要素Cytochrome c
キーワードAPOPTOSIS / peroxidase activity / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of apoptosome / apoptosome / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / cellular respiration / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen ...Formation of apoptosome / apoptosome / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / cellular respiration / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / execution phase of apoptosis / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / apoptotic signaling pathway / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82202726164 Å
データ登録者Lei, H. / Bowler, B.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1609720 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P20GM103546 米国
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2019
タイトル: Naturally Occurring A51V Variant of Human CytochromecDestabilizes the Native State and Enhances Peroxidase Activity.
著者: Lei, H. / Bowler, B.E.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
C: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5744
ポリマ－23,3372
非ポリマー1,2372
水1,63991
1
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2872
ポリマ－11,6691
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2872
ポリマ－11,6691
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.380, 184.369, 35.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-348-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 11668.636 Da / 分子数: 2 / 変異: A51V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYCS, CYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P99999
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 40%(w/v) PEG 600 / PH範囲: 5.5-7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→33.33 Å / Num. obs: 18770 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 31.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.83→1.89 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 1878 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TY3

5ty3


解像度: 1.82202726164→33.3231225686 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33795974971
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234877671704 1876 10.0085360649 %
Rwork0.184131398811 --
obs0.189334445331 18744 98.6422481844 %
原子変位パラメータBiso mean: 35.2155113493 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82202726164→33.3231225686 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 86 91 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01711554480271776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.247559554932390
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554354896036232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851611711256292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.63117763471030
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.822-1.87130.3171128024641430.2922997576061284X-RAY DIFFRACTION99.5118549512
1.8713-1.92630.3288851483711400.2565302998861263X-RAY DIFFRACTION99.1519434629
1.9263-1.98850.3068415418991450.2322566368081300X-RAY DIFFRACTION98.7021857923
1.9885-2.05960.2634672419021390.2165051610351248X-RAY DIFFRACTION97.5386779184
2.0596-2.1420.2385871077651410.1979124484751268X-RAY DIFFRACTION98.6694677871
2.142-2.23950.2272656123691460.1893412356081312X-RAY DIFFRACTION99.5221843003
2.2395-2.35750.2720879302921430.1896124367021278X-RAY DIFFRACTION99.0934449093
2.3575-2.50520.2626087854561400.1871289388611268X-RAY DIFFRACTION96.8363136176
2.5052-2.69850.2359640982071450.1789799460461296X-RAY DIFFRACTION99.105914718
2.6985-2.970.1980484456921460.1709445327571325X-RAY DIFFRACTION99.3918918919
2.97-3.39930.2333658833081440.1721840515211287X-RAY DIFFRACTION98.0808773132
3.3993-4.28140.1961852145191500.1479176793211344X-RAY DIFFRACTION99.5336442372
4.2814-33.32870.2333875686821540.1887454639121395X-RAY DIFFRACTION97.3601508485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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