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万見
- PDB-6duh: Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase Y181I mutant in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6duh
タイトルCrystal structure of HIV-1 reverse transcriptase Y181I mutant in complex with non-nucleoside inhibitor 25a
要素
  • p51 RT
  • p66 RT
キーワードREPLICATION / HIV-1 reverse transcriptase / non-nucleoside inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K5C / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Yang, Y. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Steitz, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent and broad inhibition of HIV-1 RT by thiophene[3,2-d]pyrimidine non-nucleoside inhibitors.
著者: Yang, Y. / Kang, D. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Pannecouque, C. / Zhan, P. / Liu, X. / Steitz, T.A.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p66 RT
B: p51 RT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,16241
ポリマ－113,9792
非ポリマー3,18439
水10,845602
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13120 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area46130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.895, 73.229, 109.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 p66 RT / Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H


分子量: 63939.223 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 168-722 / 変異: K172A, K173A, Y181I, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 p51 RT


分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

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非ポリマー , 6種, 641分子

#3: 化合物 ChemComp-K5C / 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide / 4-[[4-[[4-[4-[(E)-2-シアノエテニル]-2,6-ジメチルフェノキシ]チエノ[3,2-d]ピリミジン-(以下略)


分子量: 574.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H30N6O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.03 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
PH範囲: 6.0-6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.003→107.619 Å / Num. obs: 84642 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 52.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03285 / Rpim(I) all: 0.02074 / Rrim(I) all: 0.03896 / Net I/σ(I): 17.01
反射 シェル解像度: 2.003→2.12 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.954 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 13637 / CC1/2: 0.499 / Rrim(I) all: 1.134 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q


解像度: 2.003→107.619 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.98
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2232 4231 5 %Random selection
Rwork0.1919 ---
obs0.1935 84624 99.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.003→107.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7924 0 197 602 8723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71911232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8644950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041397
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.075 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3377 --
Rwork0.319 --
obs-8439 98.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53050.4115-0.64481.7045-0.21172.160.356-0.11310.07730.4909-0.15220.2353-0.0187-0.0468-00.8275-0.05790.09250.68330.03570.483846.847-14.937870.5154
2-0.17310.39760.08260.60211.04350.88410.32560.17010.2170.2617-0.01110.1252-0.1145-0.66730.00260.7789-0.0310.02360.73690.05390.557639.8706-17.480959.1175
30.45250.0092-0.2728-0.054-0.17910.4330.1596-0.304-0.10590.110.05750.14520.12610.16390.00020.666-0.01490.0260.49960.04430.412748.7261-18.183562.0854
40.98880.0654-0.18981.17221.28853.15520.3742-0.1323-0.64870.0519-0.033-0.15440.5512-0.07490.00310.7-0.0032-0.15820.66220.05220.729158.5443-27.326345.8618
51.7687-0.64411.21291.1383-0.64982.10950.2773-0.5805-0.81750.18640.34030.73750.1739-0.63290.05490.5059-0.0684-0.05850.54370.24130.856430.4417-20.982526.9135
62.7957-1.02531.14380.7768-0.39451.00030.04360.0159-0.10310.00080.08090.06380.123-0.102500.3735-0.03380.03460.4141-0.02230.447123.45651.56637.0282
73.37871.00740.79111.8083-0.26022.3275-0.0682-0.2192-0.05110.1450.09750.2836-0.2075-0.3413-0.00010.36540.03780.05160.54590.03110.491514.27879.05756.7139
83.1765-0.05751.38653.4922-0.53442.1521-0.10810.12620.13060.2948-0.0272-0.0626-0.09090.3103-0.00030.4732-0.02320.00270.43280.02270.346456.55752.052136.7256
90.17-0.394-0.21170.42970.24910.1557-0.55730.16980.28440.17360.13380.2653-0.11690.0346-0.00190.9128-0.1596-0.09210.54230.10740.756355.417627.185133.5585
101.8271-0.97951.48641.8082-0.29892.4997-0.25660.27560.26630.51710.0669-0.6729-0.2820.7475-0.08270.3844-0.2389-0.07920.57140.02290.50364.282514.592632.2479
110.0576-0.24370.6503-0.2326-0.11530.3071-0.29530.34820.18910.13330.0077-0.3561-0.54770.5267-0.00920.5166-0.1216-0.12410.80640.11370.676848.92322.47849.3085
122.30650.67831.21982.099-0.16342.7463-0.29190.14830.44340.23710.0187-0.0149-0.4032-0.0007-0.00040.4196-0.03870.03930.3422-0.01970.381932.285825.26918.5049
131.88610.71320.76492.74710.42942.241-0.03770.08330.16580.0673-0.076-0.0771-0.1040.02250.00010.4698-0.02790.02840.42110.00880.469243.228610.690420.2421
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 59 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 155 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 156 through 226 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 227 through 383 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 384 through 473 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 474 through 554 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 4 through 83 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 84 through 104 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 105 through 212 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 213 through 253 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 254 through 363 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 364 through 428 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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