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- PDB-6du4: Crystal structure of hMettl16 catalytic domain in complex with MA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6du4
タイトルCrystal structure of hMettl16 catalytic domain in complex with MAT2A 3'UTR hairpin 1
要素
  • U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
  • hp1x-RNA (29-MER)
キーワードTransferase/RNA / RNA methylation / Methyltransferase / protein-RNA complex / m6A and n6-methyladenosine / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / RNA stem-loop binding / mRNA processing / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase METTL16/PsiM / RNA methyltransferase / METTL16/RlmF family / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA N(6)-adenosine-methyltransferase METTL16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Doxtader, K. / Wang, P. / Nam, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Regulation of METTL16, an S-Adenosylmethionine Homeostasis Factor.
著者: Doxtader, K.A. / Wang, P. / Scarborough, A.M. / Seo, D. / Conrad, N.K. / Nam, Y.
履歴
登録2018年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
B: hp1x-RNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5856
ポリマ－45,1562
非ポリマー4284
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.979, 74.979, 93.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase / Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine- ...Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine-methyltransferase METTL16


分子量: 35754.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL16, METT10D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86W50, U6 snRNA m6A methyltransferase, mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase
#2: RNA鎖 hp1x-RNA (29-MER)


分子量: 9401.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Tris (pH 8.5), 20% glycerol, and 19% polyethylene (PEG) 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 56305 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 1.421 / Mean I/σ(I) obs: 4.29 / Num. unique obs: 5609

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: our own model

解像度: 1.7→35.004 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1726 2859 5.08 %
Rwork0.1519 --
obs0.1529 56303 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.004 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 623 28 385 3339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9624464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.91318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.23511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007458
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6965-1.72570.2031350.17962354X-RAY DIFFRACTION88
1.7257-1.75710.1841220.17812617X-RAY DIFFRACTION96
1.7571-1.79090.19911590.1692607X-RAY DIFFRACTION98
1.7909-1.82750.1721390.16392656X-RAY DIFFRACTION98
1.8275-1.86720.18681630.15812645X-RAY DIFFRACTION99
1.8672-1.91060.17821300.15522692X-RAY DIFFRACTION100
1.9106-1.95840.14561550.14772708X-RAY DIFFRACTION100
1.9584-2.01140.2068880.14382717X-RAY DIFFRACTION100
2.0114-2.07050.15991720.14692680X-RAY DIFFRACTION100
2.0705-2.13740.15791690.14782681X-RAY DIFFRACTION100
2.1374-2.21370.19061310.15182707X-RAY DIFFRACTION100
2.2137-2.30240.17721350.14842694X-RAY DIFFRACTION100
2.3024-2.40710.1641480.1482686X-RAY DIFFRACTION100
2.4071-2.5340.19881380.15612700X-RAY DIFFRACTION100
2.534-2.69270.16951280.15212726X-RAY DIFFRACTION100
2.6927-2.90050.18731330.16422723X-RAY DIFFRACTION100
2.9005-3.19220.16891390.15922708X-RAY DIFFRACTION100
3.1922-3.65370.16951590.1422701X-RAY DIFFRACTION100
3.6537-4.60170.14311600.13332709X-RAY DIFFRACTION100
4.6017-35.01180.18861560.15682733X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.3993 Å / Origin y: 13.0023 Å / Origin z: -9.6505 Å
111213212223313233
T0.0379 Å20.0493 Å20.0028 Å2-0.0308 Å2-0.0331 Å2--0.0372 Å2
L1.1452 °20.1138 °20.4353 °2-2.0169 °2-0.2441 °2--1.9701 °2
S0.0702 Å °0.1268 Å °-0.1638 Å °0.0387 Å °-0.0209 Å °0.0138 Å °0.2493 Å °0.1018 Å °0.0199 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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