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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dtr | ||||||
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タイトル | Apo T. maritima MalE3 | ||||||
![]() | maltose-binding protein MalE3 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / periplasmic binding protein / maltose binding protein / maltotetraose | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuneo, M.J. / Shukla, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Differential Substrate Recognition by Maltose Binding Proteins Influenced by Structure and Dynamics. 著者: Shukla, S. / Bafna, K. / Gullett, C. / Myles, D.A.A. / Agarwal, P.K. / Cuneo, M.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 773.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 777.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45192.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 4000 and 0.2M sodium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 27256 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.641 / Num. unique obs: 2661 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EU8 解像度: 2.301→39.541 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.99
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 165.63 Å2 / Biso mean: 48.5077 Å2 / Biso min: 21.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.301→39.541 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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