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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dtp | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN 17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH EM139 | ||||||
![]() | Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/Inhibitor / 17BETA-HSD1 / OXIDOREDUCTASE / STEROID / inhibitor / OXIDOREDUCTASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | 17beta-HSD1-EM139 complex | ||||||
![]() | Li, T. / Lin, S.X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN 17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH Dual-Site Inhibitor EM-139 著者: Li, T. / Zhu, D. / Labrie, F. / Lin, S.X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 762.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 768.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1jtvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34989.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HSD17B1, E17KSR, EDH17B1, EDH17B2, EDHB17, SDR28C1 プラスミド: pFastBac 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase |
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-非ポリマー , 6種, 82分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/EM9.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/EM9.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-EM9 / | #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 % / Mosaicity: 1.53 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: MgCl2, PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→35.675 Å / Num. obs: 38108 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.086 / Rsym value: 0.073 / Net I/av σ(I): 5.9 / Net I/σ(I): 8.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.637
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1jtv 解像度: 2→35.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.57 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.172 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.03 Å2 / Biso mean: 42.137 Å2 / Biso min: 21.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→35.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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