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- PDB-6dtd: High-resolution crystal structure of Cas13b from Prevotella buccae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dtd
タイトルHigh-resolution crystal structure of Cas13b from Prevotella buccae
要素
  • RNA (37-MER)
  • nuclease
キーワードHYDROLASE/RNA / Nuclease / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性CITRIC ACID / RNA / RNA (> 10) / Phage head-tail adaptor
機能・相同性情報
生物種Prevotella buccae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Slaymaker, I.M.S. / Zhang, F.Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 MH110049-02 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: High-Resolution Structure of Cas13b and Biochemical Characterization of RNA Targeting and Cleavage.
著者: Slaymaker, I.M. / Mesa, P. / Kellner, M.J. / Kannan, S. / Brignole, E. / Koob, J. / Feliciano, P.R. / Stella, S. / Abudayyeh, O.O. / Gootenberg, J.S. / Strecker, J. / Montoya, G. / Zhang, F.
履歴
登録2018年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年10月21日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / reflns_shell / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nuclease
C: RNA (37-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,28917
ポリマ－146,0502
非ポリマー2,23915
水15,601866
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8290 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area48140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.821, 124.646, 140.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 nuclease


分子量: 134285.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Prevotella buccae (バクテリア) / 遺伝子: HMPREF6485_0083 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: E6K398, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (37-MER)


分子量: 11763.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Prevotella buccae (バクテリア)

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非ポリマー , 5種, 881分子

#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: salt, PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→46.654 Å / Num. obs: 209453 / % possible obs: 80.5 % / 冗長度: 10.782 % / Biso Wilson estimate: 36.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 7.57 / Num. measured all: 3076708 / Scaling rejects: 240
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obs% possible allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRrim(I) allCC1/2
1.34-1.381.35424649.5
1.38-1.412.559740829.2
1.41-1.463.5921208048.9
1.46-1.54.3261631468
1.5-1.555.2991870780.58.3690.19.304
1.55-1.66.5712031990.35.2790.245.737
1.6-1.668.3832126397.93.6810.443.9250.147
1.66-1.7311.408209371002.580.822.7020.317
1.73-1.8113.821200861001.6961.521.7610.618
1.81-1.914.156192461001.1172.51.1590.801
1.9-213.923182581000.7074.060.7340.914
2-2.1213.5173481000.4496.290.4670.963
2.12-2.2713.719163091000.2849.790.2950.984
2.27-2.4514.325152161000.19913.660.2060.992
2.45-2.6814.03140201000.1517.310.1560.994
2.68-313.355127071000.11221.750.1160.996
3-3.4713.62112771000.08927.180.0930.996
3.47-4.2414.1295961000.07831.280.0810.997
4.24-613.23575151000.07331.750.0760.997
6-46.65412.94142961000.07131.750.0740.997

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→46.654 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 9752 5 %
Rwork0.1532 --
obs0.1548 191464 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.21 Å2 / Biso mean: 46.6399 Å2 / Biso min: 21.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→46.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8486 780 246 866 10378
Biso mean--88.41 47.95 -
残基数----1090
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.66880.38015790.3484109011148093
1.6688-1.68840.34646180.3167116301224899
1.6884-1.7090.33666190.3126117291234899
1.709-1.73060.31186140.29141166312277100
1.7306-1.75340.29356210.26411180312424100
1.7534-1.77740.31866160.2661172212338100
1.7774-1.80280.29586240.25251175912383100
1.8028-1.82970.28856150.24291173312348100
1.8297-1.85830.27746230.2381179312416100
1.8583-1.88880.24936250.21541174012365100
1.8888-1.92130.24226150.20051176212377100
1.9213-1.95630.21016190.17811173312352100
1.9563-1.99390.20096180.16861176712385100
1.9939-2.03460.20016210.16311173012351100
2.0346-2.07880.1966230.15381177912402100
2.0788-2.12720.18866170.14531176612383100
2.1272-2.18040.19626180.14341173812356100
2.1804-2.23940.16926200.13881176512385100
2.2394-2.30520.17126130.13241178212395100
2.3052-2.37960.17886160.13241177212388100
2.3796-2.46470.18146220.13571173912361100
2.4647-2.56340.18266160.13771175812374100
2.5634-2.680.17996200.13941174212362100
2.68-2.82130.19856130.15021180412417100
2.8213-2.9980.17876200.14841173212352100
2.998-3.22950.1776120.14941178412396100
3.2295-3.55440.17786180.14291175512373100
3.5544-4.06840.16396220.12481176012382100
4.0684-5.12480.12896160.11891177012386100
5.1248-46.67270.19156240.17561172712351100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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