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- PDB-6dta: Bacteriophage N4 RNA polymerase II elongation complex 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dta
タイトルBacteriophage N4 RNA polymerase II elongation complex 2
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*UP*GP*G)-3')
  • RNAP1
  • RNAP2
キーワードtranscription/dna/rna / Bacteriophage / N4 / RNA polymerase / TRANSCRIPTION / transcription-dna-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / GTP binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase / RNAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage N4 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.694 Å
データ登録者Molodtsov, V. / Murakami, K.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM087350 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Minimalism and functionality: Structural lessons from the heterodimeric N4 bacteriophage RNA polymerase II.
著者: Molodtsov, V. / Murakami, K.S.
履歴
登録2018年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2018年10月3日ID: 6C2P
改定 1.12018年10月3日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNAP1
B: RNAP2
C: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*UP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7928
ポリマ－95,1964
非ポリマー5964
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area30530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.049, 175.049, 76.598
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RNAP1


分子量: 31604.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage N4 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LTE4
#2: タンパク質 RNAP2


分子量: 46381.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage N4 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LTE3

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DNA鎖 / RNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 14648.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*UP*GP*G)-3')


分子量: 2560.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 18分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.09 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.17 M sodium acetate, 0.085 M sodium cacodylate (pH 6.5), 15% PEG8000, 15% glycerol and 5 microM spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9782 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6939→29.923 Å / Num. obs: 31537 / % possible obs: 97.91 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 2.6939→2.7613 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.694→29.923 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 1993 6.32 %
Rwork0.1909 --
obs0.193 31537 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.694→29.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5273 370 35 14 5692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3757980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0883429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075876
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009960
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6939-2.76130.3511360.30152036X-RAY DIFFRACTION96
2.7613-2.83590.27671450.27352095X-RAY DIFFRACTION98
2.8359-2.91930.31471380.28392133X-RAY DIFFRACTION100
2.9193-3.01340.34231440.25972137X-RAY DIFFRACTION99
3.0134-3.1210.27931420.23522099X-RAY DIFFRACTION99
3.121-3.24580.2221510.22692150X-RAY DIFFRACTION100
3.2458-3.39330.30251430.22992119X-RAY DIFFRACTION99
3.3933-3.5720.25791440.21692117X-RAY DIFFRACTION99
3.572-3.79530.23211460.19182131X-RAY DIFFRACTION99
3.7953-4.08770.20361420.17652105X-RAY DIFFRACTION98
4.0877-4.49780.19141370.15562142X-RAY DIFFRACTION98
4.4978-5.14580.18621420.15942114X-RAY DIFFRACTION98
5.1458-6.47240.21111440.19532131X-RAY DIFFRACTION97
6.4724-29.92470.19751390.16862035X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.69651.31860.06063.4516-0.36521.1127-0.084-0.14340.5575-0.0122-0.13410.1828-0.48970.25760.2250.6288-0.0152-0.12490.5648-0.09490.7211-53.35954.694225.0209
22.7663-0.0852-0.45581.8560.99082.0154-0.1559-0.3627-0.22130.23710.140.00340.50880.22380.03480.65730.095-0.05430.5014-0.08210.4877-56.6289-25.116325.5265
38.08535.50411.6113.91142.03054.19030.2602-0.60981.07070.5011-1.45450.828-0.37510.54441.01661.6630.0587-0.20261.07720.23621.5842-41.5831-1.594223.0833
44.20541.73551.52546.57231.10745.38310.84350.44470.2195-0.1644-1.9901-1.6755-0.65532.29181.05592.4492-0.2513-0.52581.46830.37522.014-42.1078-7.711724.6841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A
2X-RAY DIFFRACTION2Chain B
3X-RAY DIFFRACTION3Chain C
4X-RAY DIFFRACTION4Chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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