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- PDB-6dsp: LsrB from Clostridium saccharobutylicum in complex with AI-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dsp
タイトルLsrB from Clostridium saccharobutylicum in complex with AI-2
要素Autoinducer 2-binding protein LsrB
キーワードSIGNALING PROTEIN / AI-2 receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PAV / Autoinducer 2-binding protein LsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium saccharobutylicum DSM 13864 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Torcato, I.M. / Xavier, K.B. / Miller, S.T.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Other governmentPTDC/BIA-MIC/4188/14 ポルトガル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Identification of novel autoinducer-2 receptors inClostridiareveals plasticity in the binding site of the LsrB receptor family.
著者: Torcato, I.M. / Kasal, M.R. / Brito, P.H. / Miller, S.T. / Xavier, K.B.
履歴
登録2018年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autoinducer 2-binding protein LsrB
B: Autoinducer 2-binding protein LsrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0654
ポリマ－74,7642
非ポリマー3002
水6,467359
1
A: Autoinducer 2-binding protein LsrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5322
ポリマ－37,3821
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Autoinducer 2-binding protein LsrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5322
ポリマ－37,3821
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.780, 90.780, 182.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-612-

HOH

21B-651-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Autoinducer 2-binding protein LsrB


分子量: 37382.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium saccharobutylicum DSM 13864 (バクテリア)
遺伝子: lsrB, CLSA_c21430 / プラスミド: pDEST-527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5MRH9
#2: 糖 ChemComp-PAV / (2R,4S)-2-methyl-2,3,3,4-tetrahydroxytetrahydrofuran / (2R)-2-メチルテトラヒドロフラン-2β,3,3,4β-テトラオ-ル


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citric acid pH 2.75 and 26% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.18076 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→50.49 Å / Num. obs: 160886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 0.79 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7881 / CC1/2: 0.731 / Rpim(I) all: 0.509 / Rrim(I) all: 0.967 / Χ2: 0.61 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1tjy

1tjy


解像度: 1.37→50.49 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1772 2015 5 %
Rwork0.1592 --
obs-151878 99.95 %
原子変位パラメータBiso mean: 19.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→50.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4948 0 20 359 5327
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.49 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 -5 %
Rwork0.2058 13527 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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