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万見
- PDB-6dsl: Consensus engineered intein (Cat) with atypical split site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dsl
タイトルConsensus engineered intein (Cat) with atypical split site
要素
  • Consensus engineered intein CatC
  • Consensus engineered intein CatN
キーワードSPLICING / Intein Protein / Trans Splicing / Consensus Engineering / Protein Engineering
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Sekar, G. / Stevens, A.J. / Muir, T.W. / Cowburn, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37-GM086868 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: An Atypical Mechanism of Split Intein Molecular Recognition and Folding.
著者: Stevens, A.J. / Sekar, G. / Gramespacher, J.A. / Cowburn, D. / Muir, T.W.
履歴
登録2018年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Consensus engineered intein CatN
B: Consensus engineered intein CatC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2952
ポリマ－17,2952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2730 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8270 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Consensus engineered intein CatN


分子量: 3775.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質 Consensus engineered intein CatC


分子量: 13520.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
121isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
131isotropic23D 1H-15N NOESY
181isotropic33D HNCA
171isotropic33D HN(CA)CB
161isotropic33D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D (H)CC(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] CatN, 300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] CatC, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O
詳細: 15N, 13C labeled CatN-CatC complex / Label: CatN-CatC Complex / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMCatN[U-99% 13C; U-99% 15N]1
300 uMCatC[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: CatN-CatC Complex / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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