+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dsi | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Anti recombinant prolactin receptor scFv | |||||||||
要素 | Anti-TN-C scFv | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / anti prolactin receptor scFV | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | |||||||||
データ登録者 | Langley, D.B. / Rouet, R. / Christ, D. | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Anti recombinant prolactin receptor scFv 著者: Rouet, R. / Langley, D.B. / Christ, D. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dsi.cif.gz | 58.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6dsi.ent.gz | 40.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dsi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6dsi_validation.pdf.gz | 423.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6dsi_full_validation.pdf.gz | 425.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6dsi_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6dsi_validation.cif.gz | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/6dsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/6dsi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6dn0S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 25560.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.15 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: Equal volumes (2 microlitres) of protein solution (5 mg/mL in 15 mM Tris (pH 7.5) and 50 mM NaCl) were combined with well solution (2% (v/v) Dioxane, 100 mM Bicine (pH 9.0) and 10% (w/v) PEG4000) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→37.8 Å / Num. obs: 12684 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Num. unique obs: 1397 / CC1/2: 0.905 / Rpim(I) all: 0.216 / Rrim(I) all: 0.557 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6dn0 解像度: 2.49→36.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 8.097 / SU ML: 0.175 / SU R Cruickshank DPI: 0.3087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.236 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.27 Å2 / Biso mean: 43.716 Å2 / Biso min: 23.03 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.49→36.86 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.488→2.552 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|