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万見
- PDB-6ds9: Elongated version of a de novo designed three helix bundle struct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ds9
タイトルElongated version of a de novo designed three helix bundle structure (GRa3D)
要素de novo designed three helix bundle GRa3D
キーワードDE NOVO PROTEIN / three helix bundle / de novo scaffold
機能・相同性THIOCYANATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Koebke, K.J. / Ruckthong, L.R. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES012236 米国
引用ジャーナル: Inorg Chem / 年: 2018
タイトル: Clarifying the Copper Coordination Environment in a de Novo Designed Red Copper Protein.
著者: Koebke, K.J. / Ruckthong, L. / Meagher, J.L. / Mathieu, E. / Harland, J. / Deb, A. / Lehnert, N. / Policar, C. / Tard, C. / Penner-Hahn, J.E. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
履歴
登録2018年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: de novo designed three helix bundle GRa3D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,75110
ポリマ－10,2201
非ポリマー5319
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.396, 46.396, 109.303
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

ZN

21A-102-

ZN

31A-104-

SCN

41A-104-

SCN

51A-104-

SCN

61A-231-

HOH

71A-233-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 de novo designed three helix bundle GRa3D


分子量: 10220.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 5種, 52分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.1 M Disodium DL Malate 200 mM Sodium Thiosulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 19532 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 15.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.037 / Χ2: 0.798 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 107459
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.34-1.363.60.3248320.9450.1890.3770.85382.1
1.36-1.394.30.3029390.9570.1650.3450.772100
1.39-1.414.80.30510390.9680.1560.3430.789100
1.41-1.445.50.2819460.9810.1320.3110.826100
1.44-1.475.60.19310100.9950.090.2130.819100
1.47-1.515.60.12510120.9980.0580.1380.823100
1.51-1.555.70.129720.9970.0560.1320.868100
1.55-1.595.70.1189790.9940.0550.130.873100
1.59-1.645.70.1079870.9950.050.1180.915100
1.64-1.695.70.0929700.9940.0430.1020.986100
1.69-1.755.70.08510060.9950.0390.0941.016100
1.75-1.825.70.0719750.9960.0330.0781.078100
1.82-1.95.80.0559930.9970.0250.0610.913100
1.9-25.80.0459770.9960.020.0490.73100
2-2.135.80.0349980.9980.0150.0370.593100
2.13-2.295.80.0369840.9980.0160.0390.782100
2.29-2.525.80.0389940.9970.0170.0420.896100
2.52-2.895.80.0339890.9980.0150.0360.821100
2.89-3.645.90.0239860.9990.010.0250.346100
3.64-505.50.029440.9990.010.0230.26294.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.34→9.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU R Cruickshank DPI: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.055 / SU Rfree Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.053
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 886 4.75 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 18658 95.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 154.46 Å2 / Biso mean: 25.51 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7583 Å20 Å20 Å2
2---0.7583 Å20 Å2
3---1.5165 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.34→9.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数720 0 49 43 812
Biso mean--31.58 32.78 -
残基数----93
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d470SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes262HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1596HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion102SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1838SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1596HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2880HARMONIC20.92
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.01
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.43 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 123 5.27 %
Rwork0.1863 2209 -
all0.1882 2332 -
obs--73.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8199-4.0574-1.128.5958-2.64552.03670.05730.3088-0.0651-0.6708-0.05340.46410.0462-0.0583-0.00390.0226-0.0307-0.0665-0.00220.0449-0.084514.0377-9.7243-12.1183
20.95850.44580.29070.8431-0.11072.29250.0445-0.00940.03210.01470.08290.0238-0.0574-0.1643-0.1274-0.00570.00860.0105-0.00970.0102-0.005117.7359-9.30610.1328
30.91231.41070.61171.3249-0.18550.01210.1134-0.015-0.11940.0989-0.054-0.0854-0.2165-0.0727-0.05940.01490.00380.01240.0026-0.0016-0.014819.8284-7.031917.9719
40.5520.06280.94630.1411-0.7873.34820.0305-0.0150.0589-0.00980.10520.0079-0.33160.0327-0.13580.0404-0.00820.0088-0.0320.005-0.030724.3518-2.0621.8448
51.69321.39532.90871.0468-0.11629.5080.01660.10270.10330.15410.22620.2934-0.8899-0.1884-0.24280.08220.07950.0813-0.11660.0302-0.036917.36381.6211.7841
62.68993.3251-3.60112.94281.27860.00170.0937-0.17520.0620.02490.0063-0.27460.0738-0.1874-0.10.0321-0.0468-0.0159-0.0255-0.0393-0.014227.07214.566821.5816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - 5}A2 - 5
2X-RAY DIFFRACTION2{A|6 - 18}A6 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3{A|19 - 31}A19 - 31
4X-RAY DIFFRACTION4{A|32 - 66}A32 - 66
5X-RAY DIFFRACTION5{A|67 - 87}A67 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6{A|88 - 94}A88 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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