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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6drr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cj0485 dehydrogenase | ||||||
![]() | Short-chain dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / Putative oxidoreductase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pluvinage, B. / Boraston, A.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The gastrointestinal pathogen Campylobacter jejuni metabolizes sugars with potential help from commensal Bacteroides vulgatus. 著者: Garber, J.M. / Nothaft, H. / Pluvinage, B. / Stahl, M. / Bian, X. / Porfirio, S. / Enriquez, A. / Butcher, J. / Huang, H. / Glushka, J. / Line, E. / Gerlt, J.A. / Azadi, P. / Stintzi, A. / ...著者: Garber, J.M. / Nothaft, H. / Pluvinage, B. / Stahl, M. / Bian, X. / Porfirio, S. / Enriquez, A. / Butcher, J. / Huang, H. / Glushka, J. / Line, E. / Gerlt, J.A. / Azadi, P. / Stintzi, A. / Boraston, A.B. / Szymanski, C.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30521.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: A0L11_03550, BKM79_02435, CRM98_01005 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 3.4 M 1,6-hexanediol, 0.1 M Tris and 0.2 M MgCl2 (H2O)6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.599→73.88 Å / Num. obs: 76135 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 15.57 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC1/2: 0.943 / Rpim(I) all: 0.225 / % possible all: 99.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4GVX 解像度: 1.599→24.868 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.75
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.74 Å2 / Biso mean: 19.174 Å2 / Biso min: 7.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.599→24.868 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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