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万見
- PDB-6dq2: Cronobacter sakazakii (Enterobacter sakazakii) Metallo-beta-lacta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dq2
タイトルCronobacter sakazakii (Enterobacter sakazakii) Metallo-beta-lactamse HARLDQ motif mutant S60
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Metallo-beta-lactamse / METAL BINDING PROTEIN / Beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Cronobacter sakazakii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.158 Å
データ登録者Monteiro Pedroso, M. / Waite, D. / Natasa, M. / McGeary, R. / Guddat, L. / Hugenholtz, P. / Schenk, G.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP108477 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP150104358 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)T120100694 オーストラリア
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Broad spectrum antibiotic-degrading metallo-beta-lactamases are phylogenetically diverse
著者: Monteiro Pedroso, M. / Waite, D. / Melse, O. / Wilson, L. / Mitic, N. / McGeary, R. / Antes, I. / Guddat, L. / Hugenholtz, P. / Schenk, G.
履歴
登録2018年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2653
ポリマ－32,0751
非ポリマー1902
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.406, 74.406, 107.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-517-

HOH

21A-527-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 32074.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cronobacter sakazakii (バクテリア)
遺伝子: CSK29544_03680 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F6VWC7
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.49 M NaH2PO4 0.91 M K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.7107 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日
放射モノクロメーター: MX2 Beamline Australian Synchrotron
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7107 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.158→35.16 Å / Num. obs: 18134 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.2 % / R split: 0.2148 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.16→2.22 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Num. unique obs: 17897 / R split: 0.7131 / Rpim(I) all: 0.638 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 2.158→35.156 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 1796 10.04 %
Rwork0.1861 --
obs0.1904 17884 93.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.158→35.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1988 0 10 63 2061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5692788
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5411219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1575-2.21590.30121330.29461188X-RAY DIFFRACTION92
2.2159-2.28110.30721380.26941238X-RAY DIFFRACTION96
2.2811-2.35470.26111410.23371249X-RAY DIFFRACTION96
2.3547-2.43880.25831390.22721247X-RAY DIFFRACTION96
2.4388-2.53640.27371420.21751252X-RAY DIFFRACTION96
2.5364-2.65180.26181380.2281243X-RAY DIFFRACTION95
2.6518-2.79160.26191330.20811240X-RAY DIFFRACTION95
2.7916-2.96640.26361400.20221240X-RAY DIFFRACTION95
2.9664-3.19530.24561370.18951238X-RAY DIFFRACTION94
3.1953-3.51660.21551390.17281251X-RAY DIFFRACTION94
3.5166-4.02480.20411290.15671228X-RAY DIFFRACTION93
4.0248-5.06840.16711390.14951241X-RAY DIFFRACTION92
5.0684-35.16080.23971480.18351233X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.265-0.5925-2.41626.0262-0.90136.73170.08380.08960.38440.10160.054-0.3809-0.0982-0.0847-0.13020.2093-0.00560.01930.3496-0.02980.2867-8.412534.780419.3916
24.7308-3.3381-0.6953.8139-0.04395.7612-0.2518-0.14070.04570.1329-0.078-0.0676-0.0342-0.08380.2930.2371-0.07520.00560.33780.00560.3069-11.41731.041227.4339
34.1142-1.7384-1.99391.76620.47953.937-0.4221-0.328-0.42430.26570.09580.02730.49210.27010.33710.4535-0.02330.06730.42910.11080.4285-0.019819.687227.416
46.0254-1.0305-0.7733.31790.5712.8401-0.19810.4344-0.7097-0.0847-0.15810.50980.552-0.60640.34270.3641-0.14540.05920.4888-0.08630.4126-9.455719.858514.0258
58.2879-1.6936-2.44667.47980.11937.3364-0.2711-0.7161-0.40260.22280.0204-0.50580.50740.51730.19930.34260.01150.07020.42670.07120.438613.590916.728914.9204
68.2481-5.8533-1.1389.21291.00312.62310.19880.7851-0.1056-0.2968-0.37760.3686-0.1082-0.55850.11910.2732-0.02040.04670.48890.03290.2501-3.765728.9347.525
76.6083-3.49812.32825.7731-0.1845.85530.22770.06610.1785-0.2664-0.0689-0.29220.36310.0564-0.17070.2792-0.01820.08680.3259-0.0320.255412.547322.46954.4012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 46 through 80 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 81 through 113 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 114 through 175 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 176 through 212 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 213 through 230 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 231 through 279 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 280 through 303 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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