PDB-6dpu: Undecorated GMPCPP microtubule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dpu

タイトル

Undecorated GMPCPP microtubule

要素

Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta chain

キーワード

CELL CYCLE / microtubule / cytoskeleton / GMPCPP / seam

機能・相同性

機能・相同性情報

Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Zhang, R. / Nogales, E.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM051487	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	1106400	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Separating the effects of nucleotide and EB binding on microtubule structure.
著者: Rui Zhang / Benjamin LaFrance / Eva Nogales /

要旨: Microtubules (MTs) are polymers assembled from αβ-tubulin heterodimers that display the hallmark behavior of dynamic instability. MT dynamics are driven by GTP hydrolysis within the MT lattice, and ...

履歴

登録	2018年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-7973 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-7973 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6dpu.ent.gz	807.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6dpu_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dpu_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6dpu_validation.xml.gz	130.3 KB	表示
CIF形式データ	6dpu_validation.cif.gz	195.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/6dpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/6dpu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7973MC 7974C 7975C 7976C 7977C 6dpvC 6dpwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6evw-d 6bjc-d 6ew0-d 3jat-d 3963 6e88-d 3961 3jas-d 6evz-d vx---d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (19) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (17) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (17)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta chain

E: Tubulin alpha-1B chain

F: Tubulin beta chain

G: Tubulin beta chain

H: Tubulin beta chain

I: Tubulin beta chain

J: Tubulin alpha-1B chain

K: Tubulin alpha-1B chain

L: Tubulin alpha-1B chain

ヘテロ分子

607 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	A	A	1 - 439	1 - 439
2	1	SER	SER	C	C	1 - 439	1 - 439
1	2	SER	SER	A	A	1 - 439	1 - 439
2	2	SER	SER	E	E	1 - 439	1 - 439
1	3	SER	SER	A	A	1 - 439	1 - 439
2	3	SER	SER	J	J	1 - 439	1 - 439
1	4	SER	SER	A	A	1 - 439	1 - 439
2	4	SER	SER	K	K	1 - 439	1 - 439
1	5	SER	SER	A	A	1 - 439	1 - 439
2	5	SER	SER	L	L	1 - 439	1 - 439
1	6	ASP	ASP	B	B	1 - 427	1 - 417
2	6	ASP	ASP	D	D	1 - 427	1 - 417
1	7	ASP	ASP	B	B	1 - 427	1 - 417
2	7	ASP	ASP	F	F	1 - 427	1 - 417
1	8	ASP	ASP	B	B	1 - 427	1 - 417
2	8	ASP	ASP	G	G	1 - 427	1 - 417
1	9	ASP	ASP	B	B	1 - 427	1 - 417
2	9	ASP	ASP	H	H	1 - 427	1 - 417
1	10	ASP	ASP	B	B	1 - 427	1 - 417
2	10	ASP	ASP	I	I	1 - 427	1 - 417
1	11	SER	SER	C	C	1 - 439	1 - 439
2	11	SER	SER	E	E	1 - 439	1 - 439
1	12	SER	SER	C	C	1 - 439	1 - 439
2	12	SER	SER	J	J	1 - 439	1 - 439
1	13	SER	SER	C	C	1 - 439	1 - 439
2	13	SER	SER	K	K	1 - 439	1 - 439
1	14	SER	SER	C	C	1 - 439	1 - 439
2	14	SER	SER	L	L	1 - 439	1 - 439
1	15	ASP	ASP	D	D	1 - 427	1 - 417
2	15	ASP	ASP	F	F	1 - 427	1 - 417
1	16	ASP	ASP	D	D	1 - 427	1 - 417
2	16	ASP	ASP	G	G	1 - 427	1 - 417
1	17	ASP	ASP	D	D	1 - 427	1 - 417
2	17	ASP	ASP	H	H	1 - 427	1 - 417
1	18	ASP	ASP	D	D	1 - 427	1 - 417
2	18	ASP	ASP	I	I	1 - 427	1 - 417
1	19	SER	SER	E	E	1 - 439	1 - 439
2	19	SER	SER	J	J	1 - 439	1 - 439
1	20	SER	SER	E	E	1 - 439	1 - 439
2	20	SER	SER	K	K	1 - 439	1 - 439
1	21	SER	SER	E	E	1 - 439	1 - 439
2	21	SER	SER	L	L	1 - 439	1 - 439
1	22	ASP	ASP	F	F	1 - 427	1 - 417
2	22	ASP	ASP	G	G	1 - 427	1 - 417
1	23	ASP	ASP	F	F	1 - 427	1 - 417
2	23	ASP	ASP	H	H	1 - 427	1 - 417
1	24	ASP	ASP	F	F	1 - 427	1 - 417
2	24	ASP	ASP	I	I	1 - 427	1 - 417
1	25	ASP	ASP	G	G	1 - 427	1 - 417
2	25	ASP	ASP	H	H	1 - 427	1 - 417
1	26	ASP	ASP	G	G	1 - 427	1 - 417
2	26	ASP	ASP	I	I	1 - 427	1 - 417
1	27	ASP	ASP	H	H	1 - 427	1 - 417
2	27	ASP	ASP	I	I	1 - 427	1 - 417
1	28	SER	SER	J	J	1 - 439	1 - 439
2	28	SER	SER	K	K	1 - 439	1 - 439
1	29	SER	SER	J	J	1 - 439	1 - 439
2	29	SER	SER	L	L	1 - 439	1 - 439
1	30	SER	SER	K	K	1 - 439	1 - 439
2	30	SER	SER	L	L	1 - 439	1 - 439

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質	Tubulin beta chain / Beta-tubulin 分子量: 49907.770 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-G2P / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP 分子量: 521.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₃P₃ コメント: GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: microtubule stabilized by GMPCPP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液	pH: 6.8 詳細: BRB80 buffer (80 mM PIPES, pH 6.8, 1 mM EGTA, 1 mM MgCl2) supplemented with 1 mM GMPCPP, 1 mM DTT, and 0.05% Nonident P-40
試料	濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Microtubules were polymerized at 37 degrees for 30 minutes.
試料支持	詳細: Glow discharge was performed with Pelco EasiGlow device. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大デフォーカス（補正後）: 2700 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 1.33 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1176
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 球面収差補正装置: Microscope has a Cs corrector.
画像スキャン	横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0091 / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	Appion	粒子像選択
2	EPU	画像取得
4	Gctf	CTF補正
7	UCSF Chimera	モデルフィッティング
9	REFMAC	モデル精密化
10	EMAN	初期オイラー角割当
11	FREALIGN	最終オイラー角割当
13	FREALIGN	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -25.75 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.99 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110127 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

B value: 150 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

精密化

解像度: 3.1→214.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.768 / SU B: 32.588 / SU ML: 0.54 / ESU R: 0.978
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.41337	-	-
obs	0.41337	232359	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.477 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.04 Å²	-0.23 Å²	-0.3 Å²
2-	-	8.45 Å²	-0.38 Å²
3-	-	-	-5.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 合計: 40650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.008	0.019	41574
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_other_d	0.002	0.02	38316
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	1.445	1.959	56490
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_other_deg	0.972	3	88134
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	12.204	4.836	5813
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	35.068	24.213	1956
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	16.033	15	6693
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg	11.901	15	251
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.082	0.2	6174
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	47472
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_other	0.002	0.02	9792
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	0.947	2.928	20550
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_other	0.947	2.928	20549
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	1.771	4.388	25656
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_other	1.771	4.388	25657
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	0.695	3.041	21024
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_other	0.695	3.042	21012
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_other	1.36	4.495	30815
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_refined	4.302	26.01	95315
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_other	4.302	26.015	95297
ELECTRON MICROSCOPY	r_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0 Å / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.736	17224	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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