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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dpl | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 K196A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 10 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 720 s at 21 C | ||||||
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![]() | HYDROLASE/RNA/DNA / protein-RNA-DNA complex / double helix / RNA hydrolysis / in crystallo catalysis / metal dependent catalysis / monovalent cations / divalent cations / HYDROLASE-RNA-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cation trafficking propels RNA hydrolysis. 著者: Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1001001 (54エントリ) |
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タイトル | Cleavage of RNA by B. Halodurans Ribonuclease H1 |
タイプ | undefined |
解説 | The structures represent different time points in the divalent and monovalent metal-dependent hydrolysis reaction of RNA by Ribonuclease H1, which is bound to an RNA/DNA hybrid in the crystal. |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zblS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 Bb
#2: RNA鎖 | 分子量: 1224.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 605.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 16272.360 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic Domain / 変異: K196A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rnhA, BH0863 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 1824.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 6種, 191分子 










#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-RB / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 化合物 | ChemComp-EDO / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月15日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→19.5 Å / Num. obs: 33423 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 17.83 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 64252 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 1.8 %
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdbid 1ZBL 解像度: 1.45→19.495 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 19.91 詳細: Structures refined in Phenix and nucleic acid and protein residues built in Coot
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.89 Å2 / Biso mean: 28.869 Å2 / Biso min: 11.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→19.495 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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