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万見
- PDB-6dpd: Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dpd
タイトルCrystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 16 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 40 s at 21 C
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*CP*AP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*G)-3')
  • Ribonuclease H
キーワードHYDROLASE/DNA/RNA / protein-RNA-DNA complex / double helix / RNA hydrolysis / in crystallo catalysis / metal dependent catalysis / monovalent cations / divalent cations / HYDROLASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Caulimovirus viroplasmin / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily ...Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Caulimovirus viroplasmin / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / : / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / RNA / Ribonuclease H
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Samara, N.L. / Yang, W.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Cation trafficking propels RNA hydrolysis.
著者: Samara, N.L. / Yang, W.
履歴
登録2018年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H
B: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*U)-3')
b: RNA (5'-R(P*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,04924
ポリマ－19,3714
非ポリマー1,67820
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.324, 37.988, 61.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 Bb

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*CP*AP*U)-3')


分子量: 1224.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*G)-3')


分子量: 605.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Ribonuclease H / RNase H


分子量: 15716.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: rnhA, BH0863 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KEI9, ribonuclease H
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 1824.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)

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非ポリマー , 7種, 206分子

#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細Note that chain B was split into 2 chains (B and b) at the position 4-5, where the cleavage occurs

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-BM-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→19.84 Å / Num. obs: 32500 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 19.53 Å2 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 32500
反射 シェル解像度: 1.46→1.48 Å / 冗長度: 1 % / Num. unique obs: 1401 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZBL

1zbl


解像度: 1.46→19.84 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.93
詳細: STRUCTURES REFINED IN PHENIX AND NUCLEIC ACID AND PROTEIN RESIDUES BUILT IN COOT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 1642 5.05 %
Rwork0.151 --
obs0.152 32488 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1110 244 56 186 1596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071467
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.962020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.917573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4556-1.49840.30581230.29352381X-RAY DIFFRACTION92
1.4984-1.54680.28261360.25292557X-RAY DIFFRACTION99
1.5468-1.6020.26741270.2272582X-RAY DIFFRACTION99
1.602-1.66610.24151470.20212562X-RAY DIFFRACTION99
1.6661-1.74190.18321300.18462535X-RAY DIFFRACTION99
1.7419-1.83370.22641340.17722583X-RAY DIFFRACTION99
1.8337-1.94850.20861540.17172593X-RAY DIFFRACTION100
1.9485-2.09880.16991400.15342551X-RAY DIFFRACTION99
2.0988-2.30970.17961360.15052595X-RAY DIFFRACTION99
2.3097-2.64330.20161440.15152604X-RAY DIFFRACTION99
2.6433-3.32770.17161430.14352600X-RAY DIFFRACTION100
3.3277-19.84650.11681280.11842703X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1907-0.50951.65161.9977-0.48454.35940.17010.2361-0.1909-0.0846-0.1298-0.14060.23480.3703-0.050.15980.03120.03450.1444-0.00450.110425.07-5.74116.692
27.338-2.6658-7.07859.74781.46428.7435-0.0715-0.2803-1.2940.2149-0.1527-0.30720.69810.53370.18280.27910.0684-0.01240.2260.05080.268828.028-11.66323.511
38.3239-2.23872.59154.7374-5.70066.90480.0947-0.3251-0.4017-0.05670.31430.52190.1834-0.8446-0.36020.2316-0.01-0.00060.287-0.0410.192410.365-4.98518.253
44.6718-1.33752.50761.81420.28385.08630.084-0.03150.0417-0.0355-0.0601-0.0671-0.1214-0.0101-0.04710.1561-0.00650.03720.11540.0080.122124.6311.89522.419
52.8585-0.55653.35222.69020.31386.48380.03870.00230.4573-0.1957-0.26460.544-0.6291-0.84810.28830.33040.17280.01820.3607-0.07660.21189.6188.16516.101
68.42741.02535.50963.73281.45236.38380.1232-0.17190.1094-0.0135-0.26240.1855-0.1212-0.59820.15950.21820.05290.04830.2435-0.02860.13412.4325.79824.51
75.5667-4.8527-1.22756.11083.85164.38650.0907-0.46420.5802-0.04420.2444-0.4713-0.32950.4098-0.33510.2536-0.01280.02970.2096-0.00390.198326.4758.36229.946
80.56570.10871.58318.54386.11498.33260.16070.48310.0875-0.55050.0245-0.5372-0.11150.5746-0.19660.24010.04090.07770.34870.02280.17334.378-0.8411.905
97.71373.4614-1.52556.51962.13635.24480.03480.5675-0.4055-0.28310.05790.08720.3960.1874-0.05470.32530.0881-0.00290.1987-0.04210.163725.126-9.68511.106
102.1688-1.63542.42466.5897-0.51383.05760.11710.30820.1486-0.6255-0.3811-0.44790.03020.30680.28510.33130.08240.07110.29910.02620.151523.7961.2174.296
111.7882-1.5401-2.71363.22241.71544.32030.04440.1934-0.0782-0.8099-0.37370.1512-0.6791-0.25730.31420.43340.0818-0.01540.24870.00950.146616.4013.6062.923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 61:87 )A61 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 88:96 )A88 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 97:104 )A97 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 105:141 )A105 - 141
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 142:155 )A142 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 156:169 )A156 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 170:177 )A170 - 177
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 178:186 )A178 - 186
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 187:196 )A187 - 196
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 1:4 ) OR ( CHAIN b AND RESID 5:6 )B1 - 4
11X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 1:4 ) OR ( CHAIN b AND RESID 5:6 )b5 - 6
12X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 1:6 )C1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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