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万見
- PDB-6dnf: Cryo-EM structure of the mitochondrial calcium uniporter MCU from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dnf
タイトルCryo-EM structure of the mitochondrial calcium uniporter MCU from the fungus Cyphellophora europaea
要素Mitochondrial calcium uniporter MCU
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mitochondria / calcium / ion channel / eukaryotic
機能・相同性
機能・相同性情報


uniporter activity / uniplex complex / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium channel activity / protein homotetramerization / mitochondrial inner membrane / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DGG / Calcium uniporter protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Cyphellophora europaea CBS 101466 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Long, S.B. / Baradaran, R. / Wang, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM094273 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structures of fungal and metazoan mitochondrial calcium uniporters.
著者: Rozbeh Baradaran / Chongyuan Wang / Andrew Francis Siliciano / Stephen Barstow Long /
要旨: The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel and a major route of calcium entry into mitochondria. How the channel catalyses ion permeation and achieves ...The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel and a major route of calcium entry into mitochondria. How the channel catalyses ion permeation and achieves ion selectivity are not well understood, partly because MCU is thought to have a distinct architecture in comparison to other cellular channels. Here we report cryo-electron microscopy reconstructions of MCU channels from zebrafish and Cyphellophora europaea at 8.5 Å and 3.2 Å resolutions, respectively. In contrast to a previous report of pentameric stoichiometry for MCU, both channels are tetramers. The atomic model of C. europaea MCU shows that a conserved WDXXEP signature sequence forms the selectivity filter, in which calcium ions are arranged in single file. Coiled-coil legs connect the pore to N-terminal domains in the mitochondrial matrix. In C. europaea MCU, the N-terminal domains assemble as a dimer of dimers; in zebrafish MCU, they form an asymmetric crescent. The structures define principles that underlie ion permeation and calcium selectivity in this unusual channel.
履歴
登録2018年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7971
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial calcium uniporter MCU
B: Mitochondrial calcium uniporter MCU
C: Mitochondrial calcium uniporter MCU
D: Mitochondrial calcium uniporter MCU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,54915
ポリマ－158,5494
非ポリマー6,00011
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Mitochondrial calcium uniporter MCU


分子量: 39637.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyphellophora europaea CBS 101466 (菌類)
遺伝子: HMPREF1541_00236 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: W2SDE2
#2: 化合物
ChemComp-DGG / 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL


分子量: 734.981 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C39H75O10P
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) from the fungus Cyphellophora europaea.
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.158328 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Cyphellophora europaea (菌類)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHepes1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMcalcium chlorideCaCl21
40.5 mMdigitonindigitonin1
50.05 mg/mL1',3'-bis[1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho]-sn-glycerolcardiolipin1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse sample
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 2 second blot, blot force of 0

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 2 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 6040
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
3RELION2.1画像取得
4EMAN2画像取得
5FREALIGN画像取得cisTEM 1.0
7CTFFIND4.1.5CTF補正
10Coot0.8.8モデルフィッティング
12PHENIX1.13-2998モデル精密化
13RELION2.1初期オイラー角割当
14FREALIGN初期オイラー角割当cisTEM 1.0
15FREALIGN1最終オイラー角割当cisTEM 1.0
16FREALIGN1分類cisTEM 1.0
17FREALIGN３次元再構成cisTEM 1.0
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 547637
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 376541 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 136.58 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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