PDB-6dna: Crystal structure of T110A mutant human Glutamate oxaloacetate tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dna

タイトル

Crystal structure of T110A mutant human Glutamate oxaloacetate transaminase 1 (GOT1)

要素

Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

キーワード

TRANSFERASE / Aspartate aminotransferase / Glutamate oxaloacetate transaminase 1 / GOT1 / PLP

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylserine decarboxylase activity / glutamate catabolic process to aspartate / glutamate catabolic process to 2-oxoglutarate / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / Methionine salvage pathway / glycerol biosynthetic process / aspartate metabolic process / aspartate biosynthetic process / Aspartate and asparagine metabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Assar, Z. / Holt, M.C. / Stein, A.J. / Lairson, L. / Lyssiotis, C.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Biochemical Characterization and Structure-Based Mutational Analysis Provide Insight into the Binding and Mechanism of Action of Novel Aspartate Aminotransferase Inhibitors.
著者: Holt, M.C. / Assar, Z. / Beheshti Zavareh, R. / Lin, L. / Anglin, J. / Mashadova, O. / Haldar, D. / Mullarky, E. / Kremer, D.M. / Cantley, L.C. / Kimmelman, A.C. / Stein, A.J. / Lairson, L.L. / Lyssiotis, C.A.

履歴

登録	2018年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dna.cif.gz	463.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dna.ent.gz	379.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dna.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dna_validation.pdf.gz	524.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dna_full_validation.pdf.gz	605 KB	表示
XML形式データ	6dna_validation.xml.gz	89.7 KB	表示
CIF形式データ	6dna_validation.cif.gz	117.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dna	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dnbC 6dndC 3ii0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ii0-4 4fgu-1 1mdx-d 4ncr-2 5ysf-2 1dz4-2 3bon-d 4kye-d 4nom-d 4fgu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

B: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

C: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

D: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

E: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

F: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

277 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	257.700, 148.626, 83.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	THR	THR	A	A	16 - 410	11 - 405
2	1	VAL	VAL	THR	THR	B	B	16 - 410	11 - 405
1	2	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	16 - 402	11 - 397
2	2	VAL	VAL	ALA	ALA	C	C	16 - 402	11 - 397
1	3	VAL	VAL	THR	THR	A	A	16 - 410	11 - 405
2	3	VAL	VAL	THR	THR	D	D	16 - 410	11 - 405
1	4	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	17 - 409	12 - 404
2	4	LEU	LEU	VAL	VAL	E	E	17 - 409	12 - 404
1	5	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	16 - 398	11 - 393
2	5	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	16 - 398	11 - 393
1	6	PRO	PRO	ALA	ALA	B	B	15 - 402	10 - 397
2	6	PRO	PRO	ALA	ALA	C	C	15 - 402	10 - 397
1	7	PRO	PRO	THR	THR	B	B	15 - 410	10 - 405
2	7	PRO	PRO	THR	THR	D	D	15 - 410	10 - 405
1	8	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	17 - 408	12 - 403
2	8	LEU	LEU	ALA	ALA	E	E	17 - 408	12 - 403
1	9	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	16 - 398	11 - 393
2	9	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	16 - 398	11 - 393
1	10	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	14 - 402	9 - 397
2	10	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	14 - 402	9 - 397
1	11	LEU	LEU	ALA	ALA	C	C	17 - 402	12 - 397
2	11	LEU	LEU	ALA	ALA	E	E	17 - 402	12 - 397
1	12	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	16 - 398	11 - 393
2	12	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	16 - 398	11 - 393
1	13	LEU	LEU	ALA	ALA	D	D	17 - 408	12 - 403
2	13	LEU	LEU	ALA	ALA	E	E	17 - 408	12 - 403
1	14	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	16 - 398	11 - 393
2	14	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	16 - 398	11 - 393
1	15	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	17 - 398	12 - 393
2	15	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	17 - 398	12 - 393

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase, cytoplasmic / cAspAT / Cysteine aminotransferase / cytoplasmic / Cysteine transaminase / cCAT / Glutamate ...cAspAT / Cysteine aminotransferase / cytoplasmic / Cysteine transaminase / cCAT / Glutamate oxaloacetate transaminase 1 / Transaminase A 分子量: 45785.703 Da / 分子数: 6 / 変異: T110A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P17174, aspartate transaminase, cysteine transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% w/v PEG 3,350, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 4281 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.42
反射シェル	解像度: 3→3.08 Å / R_merge(I) obs: 0.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3II0

3ii0

解像度: 3→48.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 13.869 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.076 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21144	3047	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18402	-	-	-
obs	0.18538	59473	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	-0 Å²	0.19 Å²
2-	-	0.43 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→48.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18277	0	132	9	18418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.014	18990
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	16549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.465	1.658	25850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.888	1.637	38674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.953	5	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.806	22.125	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.584	15	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.175	15	125
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	21657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.01	7.682	9431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.01	7.682	9430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.314	11.508	11783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.313	11.508	11784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.831	7.772	9559
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.83	7.772	9560
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.366	11.61	14055
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	20.407		79196
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	20.407		79197
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11623	0.13
1	2	B	11623	0.13
2	1	A	11501	0.13
2	2	C	11501	0.13
3	1	A	11596	0.14
3	2	D	11596	0.14
4	1	A	11526	0.14
4	2	E	11526	0.14
5	1	A	11303	0.14
5	2	F	11303	0.14
6	1	B	11650	0.13
6	2	C	11650	0.13
7	1	B	11686	0.14
7	2	D	11686	0.14
8	1	B	11822	0.13
8	2	E	11822	0.13
9	1	B	11552	0.14
9	2	F	11552	0.14
10	1	C	11793	0.13
10	2	D	11793	0.13
11	1	C	11844	0.13
11	2	E	11844	0.13
12	1	C	11741	0.13
12	2	F	11741	0.13
13	1	D	11693	0.14
13	2	E	11693	0.14
14	1	D	11710	0.13
14	2	F	11710	0.13
15	1	E	11481	0.14
15	2	F	11481	0.14

LS精密化シェル

解像度: 3.002→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	219	-
R_work	0.218	4364	-
obs	-	-	99.11 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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