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- PDB-6dn8: SPRY domain-containing SOCS box protein 2 complexed with (GZJ)VDI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dn8
タイトルSPRY domain-containing SOCS box protein 2 complexed with (GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor
要素
  • (GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor
  • SPRY domain-containing SOCS box protein 4
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / proteasomal degradation / nitric oxide / inhibitor / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein polyubiquitination / SCF ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination ...positive regulation of protein polyubiquitination / SCF ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily ...: / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor / ACETATE ION / SPRY domain-containing SOCS box protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Law, R.H.P. / Caradoc-Davies, T.T. / Norton, R.S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1099428 オーストラリア
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: A Cyclic Peptide Inhibitor of the iNOS-SPSB Protein-Protein Interaction as a Potential Anti-Infective Agent.
著者: Sadek, M.M. / Barlow, N. / Leung, E.W.W. / Williams-Noonan, B.J. / Yap, B.K. / Shariff, F.M. / Caradoc-Davies, T.T. / Nicholson, S.E. / Chalmers, D.K. / Thompson, P.E. / Law, R.H.P. / Norton, R.S.
履歴
登録2018年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02022年4月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
B: (GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor
C: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
D: (GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor
E: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
F: (GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,90212
ポリマ－78,4366
非ポリマー4656
水9,350519
1
A: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
B: (GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3014
ポリマ－26,1452
非ポリマー1552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
D: (GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3975
ポリマ－26,1452
非ポリマー2513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
F: (GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2043
ポリマ－26,1452
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.020, 109.370, 118.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-303-

SO4

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要素

#1: タンパク質 SPRY domain-containing SOCS box protein 4 / SSB-4


分子量: 25228.396 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPSB4, SSB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q96A44
#2: タンパク質・ペプチド (GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 916.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: (GZJ)VDINNN(CY3) Cyclic peptide inhibitor
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.93 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.2M NH4SO4, 0.1M NaAc, 25% PEG4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.27 Å / Num. obs: 64838 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 24.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/av σ(I): 16.2 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rpim(I) all: 0.295

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.75→45.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.125 / SU Rfree Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.105
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3178 4.91 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 64787 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3926 Å20 Å20 Å2
2---6.06 Å20 Å2
3---0.6674 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→45.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4695 0 66 519 5280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014888HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.046638HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1599SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes731HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4888HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion583SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6042SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 222 4.73 %
Rwork0.2525 4468 -
all0.2542 4690 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29670.3910.08150.290.33980.8212-0.00960.0483-0.0140.09840.02270.0076-0.00370.0722-0.0131-0.16390.0096-0.0089-0.1341-0.0213-0.145614.2229129.177129.798
20.2021-0.1162-0.1140.2420.41070.3631-0.00810.0104-0.09520.1460.00260.00820.0440.0230.0055-0.0885-0.0071-0.0033-0.2034-0.0235-0.1457-6.8501104.175140.303
30.0217-0.127-0.33330.20790.29491.25450.0256-0.0065-0.0315-0.0898-0.0173-0.02660.0878-0.1064-0.0083-0.1286-0.0264-0.0063-0.1267-0.0221-0.1545-18.5859128.14162.58
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ E|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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