PDB-6dn4: Cronobacter sakazakii (Enterobacter sakazakii) Metallo-beta-lacta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dn4

タイトル

Cronobacter sakazakii (Enterobacter sakazakii) Metallo-beta-lactamse HARLDQ motif

要素

Beta-lactamase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Metallo-beta-lactamse

機能・相同性

Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta / Beta-lactamase

機能・相同性情報

生物種

Cronobacter sakazakii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Monteiro Pedroso, M. / Waite, D. / Natasa, M. / McGeary, R. / Guddat, L. / Hugenholtz, P. / Schenk, G.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP108477	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP150104358	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	T120100694	オーストラリア

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Broad spectrum antibiotic-degrading metallo-beta-lactamases are phylogenetically diverse
著者: Monteiro Pedroso, M. / Waite, D. / Melse, O. / Wilson, L. / Natasa, M. / McGeary, R. / Antes, I. / Guddat, L. / Hugenholtz, P. / Schenk, G.

履歴

登録	2018年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年6月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dn4.cif.gz	170.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dn4.ent.gz	135.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dn4_validation.pdf.gz	412.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dn4_full_validation.pdf.gz	413.5 KB	表示
XML形式データ	6dn4_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	6dn4_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dq2C 6dqhC 6dr8C 1smlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6k4t-d 1exf-d 6nkg-d 1agj-2 4diu-d 5jzm-3 3mbz-d 6qgs-2 3my0-24 5k4a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.580, 84.580, 74.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 32074.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cronobacter sakazakii (バクテリア) 遺伝子: CSK29544_03680 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F6VWC7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.49 M NaH2PO4 0.91 M K2HPO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.71073 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日
放射	モノクロメーター: MX2 Beamline Australian Synchrotron プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.71073 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→42.29 Å / Num. obs: 18134 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.99→2.0436 Å / Num. unique obs: 18134 / % possible all: 99.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SML

1sml

解像度: 1.99→42.29 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1827	1807	9.96 %
R_work	0.1436	-	-
obs	0.1476	18134	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→42.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2109	0	0	347	2456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2167
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.599	2950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.928	1295
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	393

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9898-2.0436	0.2386	127	0.1834	1208	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0436-2.1037	0.1776	140	0.1641	1274	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1037-2.1716	0.2078	137	0.1445	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1716-2.2492	0.1949	140	0.1363	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2492-2.3392	0.1544	141	0.1377	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3392-2.4457	0.1896	141	0.1407	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4457-2.5746	0.1773	140	0.144	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5746-2.7359	0.1948	142	0.1476	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7359-2.9471	0.2097	142	0.1534	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9471-3.2436	0.1854	138	0.1397	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2436-3.7127	0.1735	143	0.1279	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7127-4.6766	0.1505	138	0.1209	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6766-42.2995	0.1848	138	0.167	1295	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7931	0.0302	0.7822	0.3977	-0.4817	2.7658	0.0581	0.0702	-0.0362	-0.0035	0.0372	0.0472	0.0853	-0.0561	-0.081	0.0655	0.0114	0.0112	0.0668	0.0045	0.0819	16.7855	20.3032	-12.3197
2	0.7359	-0.1217	0.2232	0.349	0.0234	1.3687	-0.002	-0.0282	0.0254	0.0015	0.0225	0.0851	-0.0691	-0.1245	-0.0308	0.0768	0.0211	0.026	0.0877	0.0111	0.0889	9.3286	28.7024	-10.0225
3	1.301	-0.2155	0.7648	0.8171	-0.2982	4.1296	-0.0389	-0.0806	0.0578	0.0653	-0.0048	-0.0107	-0.1751	0.0189	-0.0096	0.1099	0.0118	0.0278	0.0625	-0.0036	0.0853	21.3186	33.914	-9.1222
4	0.7815	0.033	-0.3389	1.1572	-0.0686	1.0175	0.044	0.0489	0.1265	0.0309	0.0498	0.0974	-0.2704	-0.1977	0.0553	0.1349	0.0354	0.0352	0.088	0.0525	0.1018	15.1618	36.2952	-29.3443
5	1.3536	0.6694	1.129	1.2303	-0.0098	4.7653	-0.1856	0.0383	0.1935	-0.1652	-0.0512	-0.028	-0.5287	0.0786	-0.0487	0.235	-0.0213	0.0443	0.0719	-0.0111	0.1295	22.2864	42.0585	-21.5555
6	3.8326	-1.2922	0.8066	4.3697	-1.8385	2.6106	0.0039	0.1875	0.1256	-0.2136	0.1301	0.0841	-0.2343	0.1939	-0.043	0.0779	-0.0134	0.0379	0.0815	0.012	0.08	27.9388	29.8126	-12.5231
7	3.4451	-1.315	1.0317	5.0806	-1.9547	4.1251	0.1055	0.0313	-0.2206	0.043	-0.069	-0.1605	0.0293	0.3071	-0.0402	0.0508	0.0098	0.026	0.1252	0.0065	0.0882	35.0424	20.9328	-7.4088
8	3.3934	-0.7058	3.0931	2.8786	-2.3944	7.2031	-0.068	0.2888	-0.0879	-0.1706	0.0013	-0.0755	-0.2617	0.5399	0.0287	0.1212	-0.0088	0.0491	0.0696	0.0004	0.0823	27.4039	35.8635	-28.9614

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 101 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 102 through 188 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 189 through 212 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 213 through 230 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 231 through 243 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 244 through 259 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 260 through 279 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 280 through 303 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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