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- PDB-6dmf: Bacteroides ovatus mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dmf
タイトルBacteroides ovatus mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-A with cellohexaose
要素mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SGBP-A / Bacteroides ovatus / SusD / beta-glucan
機能・相同性SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / beta-cellopentaose / beta-cellohexaose / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SusD/RagB family nutrient-binding outer membrane lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Bahr, C.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118475 米国
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2019
タイトル: Surface glycan-binding proteins are essential for cereal beta-glucan utilization by the human gut symbiont Bacteroides ovatus.
著者: Tamura, K. / Foley, M.H. / Gardill, B.R. / Dejean, G. / Schnizlein, M. / Bahr, C.M.E. / Louise Creagh, A. / van Petegem, F. / Koropatkin, N.M. / Brumer, H.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
B: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
C: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
D: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
E: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
F: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
G: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
H: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
I: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
J: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)598,07862
ポリマ－585,90910
非ポリマー12,16952
水17,006944
1
A: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7777
ポリマ－58,5911
非ポリマー1,1866
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0028
ポリマ－58,5911
非ポリマー1,4117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8517
ポリマ－58,5911
非ポリマー1,2606
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7275
ポリマ－58,5911
非ポリマー1,1364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9138
ポリマ－58,5911
非ポリマー1,3227
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6654
ポリマ－58,5911
非ポリマー1,0743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9168
ポリマ－58,5911
非ポリマー1,3267
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7275
ポリマ－58,5911
非ポリマー1,1364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7275
ポリマ－58,5911
非ポリマー1,1364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7715
ポリマ－58,5911
非ポリマー1,1804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)228.845, 228.845, 246.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B


分子量: 58590.934 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 40-558 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (strain ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153) (バクテリア)
株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153 / 遺伝子: BACOVA_02743 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7LY27

-
糖 , 2種, 10分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellohexaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellohexaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 986分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 944 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Molecular Dimensions Crystal Strategy Screen I, well G3 (0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris acetate, pH 8.5, 25% PEG2000 MME).
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月10日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.6 Å / Num. obs: 283596 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.2249 / Rrim(I) all: 0.2396 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.487 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.755 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 28197 / CC1/2: 0.58 / % possible all: 99.52

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6DK2

6dk2


解像度: 2.4→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 22.491 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.235
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2423 14140 5 %RANDOM
Rwork0.1896 ---
obs0.1922 269456 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.66 Å2 / Biso mean: 34.414 Å2 / Biso min: 15.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å2-0.74 Å20 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3---4.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40685 0 812 944 42441
Biso mean--50.96 48.51 -
残基数----5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01442492
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01736281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9961.68257804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8121.66784972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.32355119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69823.4992289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.77156622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.64615200
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.25773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0247679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.028209
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.612378499
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free70.0555501
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded31.192577947
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.464 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 995 -
Rwork0.293 19824 -
all-20819 -
obs--99.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0297-0.0123-0.02020.01310.00250.0249-0.00120.00260.00220.00150.0020.00220.00230.0022-0.00080.0902-0.0009-0.00380.09030.00270.00286.989493.231517.0504
20.03070.0051-0.00120.0058-0.00780.0157-0.0035-0.0001-0.0075-0.00320.0016-0.0004-0.00210.00190.00190.09170.0001-0.00290.089-0.00230.004-76.914853.1188-41.3621
30.06210.02130.00780.00980.00870.0156-0.00540.00130.0207-0.00090.00180.00720.0063-0.00220.00370.0928-0.0010.00140.08940.00110.007-38.3559145.6313-17.2205
40.05230.00560.00230.006-0.00830.0148-0.0016-0.0035-0.013900.0021-0.0012-0.00510.0009-0.00050.09260.0001-0.00070.09040.00310.0039-76.701553.68186.7267
50.05320.01880.00970.01710.0070.0163-0.00110.00020.0083-0.0008-0.0016-0.00130.0029-0.00070.00280.09080.00090.00090.0893-0.00180.0036-38.1718143.752530.5609
60.05310.0436-0.01170.050.00210.0138-0.00060.00430.0002-0.00490.0074-0.0080.0009-0.0057-0.00680.0899-0.00040.00140.09120.00080.0049-36.380386.4858-46.9079
70.03070.02280.02070.02540.0140.01870.0002-0.00160.0034-0.0006-0.0010.0098-0.00360.00420.00080.0898-0.00130.00150.0920.00070.0068-79.1427112.2782-23.1238
80.03530.0307-0.01440.0392-0.00530.0230.0010.0019-0.00390.00050.0012-0.0102-0.0006-0.0037-0.00220.08940.0006-0.00080.0921-0.00010.0042-36.766886.159952.2281
90.02030.0199-0.01520.0234-0.00690.0320.0009-0.00580.0022-0.00130.00240.00110.00380.0037-0.00330.08920.0012-0.00030.0935-0.00240.0008-36.299187.40780.8809
100.03290.01440.0210.02970.00860.0291-0.0006-0.00540.0003-0.00050.00050.0045-0.0008-0.000500.08910.00090.00180.09110.00160.0009-78.8279110.475924.4877
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 603
2X-RAY DIFFRACTION2B40 - 604
3X-RAY DIFFRACTION3C39 - 604
4X-RAY DIFFRACTION4D40 - 604
5X-RAY DIFFRACTION5E39 - 604
6X-RAY DIFFRACTION6F40 - 604
7X-RAY DIFFRACTION7G40 - 604
8X-RAY DIFFRACTION8H39 - 604
9X-RAY DIFFRACTION9I40 - 604
10X-RAY DIFFRACTION10J40 - 604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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