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万見
- PDB-6dma: DHD15_closed -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dma
タイトルDHD15_closed
要素
  • DHD15_closed_A
  • DHD15_closed_B
キーワードDE NOVO PROTEIN / Computational design / heterodimer / coiled-coil
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.363 Å
データ登録者Bick, M.J. / Chen, Z. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Programmable design of orthogonal protein heterodimers.
著者: Chen, Z. / Boyken, S.E. / Jia, M. / Busch, F. / Flores-Solis, D. / Bick, M.J. / Lu, P. / VanAernum, Z.L. / Sahasrabuddhe, A. / Langan, R.A. / Bermeo, S. / Brunette, T.J. / Mulligan, V.K. / ...著者: Chen, Z. / Boyken, S.E. / Jia, M. / Busch, F. / Flores-Solis, D. / Bick, M.J. / Lu, P. / VanAernum, Z.L. / Sahasrabuddhe, A. / Langan, R.A. / Bermeo, S. / Brunette, T.J. / Mulligan, V.K. / Carter, L.P. / DiMaio, F. / Sgourakis, N.G. / Wysocki, V.H. / Baker, D.
履歴
登録2018年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DHD15_closed_A
B: DHD15_closed_B
C: DHD15_closed_A
D: DHD15_closed_B
E: DHD15_closed_A
F: DHD15_closed_B
G: DHD15_closed_A
H: DHD15_closed_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3378
ポリマ－76,3378
非ポリマー00
水00
1
A: DHD15_closed_A
B: DHD15_closed_B


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Experimental curve closely matches theoretical curve, and the radius of gyration matches theoretical., mass spectrometry, Native MS confirms the presence of the heterodimer in solution. ...根拠: SAXS, Experimental curve closely matches theoretical curve, and the radius of gyration matches theoretical., mass spectrometry, Native MS confirms the presence of the heterodimer in solution., gel filtration, Protein elutes as a monodisperse peak at the expected heterodimer volume.
  • 19.1 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0842
ポリマ－19,0842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area7840 Å2
手法PISA
2
C: DHD15_closed_A
D: DHD15_closed_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0842
ポリマ－19,0842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area7760 Å2
手法PISA
3
E: DHD15_closed_A
F: DHD15_closed_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0842
ポリマ－19,0842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area7510 Å2
手法PISA
4
G: DHD15_closed_A
H: DHD15_closed_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0842
ポリマ－19,0842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area7610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.615, 57.615, 130.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
DHD15_closed_A


分子量: 9501.041 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
DHD15_closed_B


分子量: 9583.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.12 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M imidazole pH 7.0, 25% (v/v) PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月27日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) and multilayer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→100 Å / Num. obs: 6816 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 13.82
反射 シェル解像度: 3.35→3.41 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.745 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 338 / CC1/2: 0.337 / Rpim(I) all: 0.721 / Rrim(I) all: 1.892 / Χ2: 0.997 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3084: ???)精密化
HKL-2000715データ削減
HKL-2000715データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 3.363→39.676 Å / SU ML: 0.78 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 43.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3332 656 9.69 %
Rwork0.2923 --
obs0.2962 6772 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.363→39.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3360 0 0 0 3360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3594590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3652072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028627
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002609
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3631-3.62260.39491270.4121183X-RAY DIFFRACTION95
3.6226-3.98690.41741310.38621212X-RAY DIFFRACTION97
3.9869-4.56310.30821240.31781232X-RAY DIFFRACTION99
4.5631-5.74620.32271390.34311257X-RAY DIFFRACTION100
5.7462-39.67870.31551350.2251232X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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