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- PDB-6dly: Crystal structure of DNA polymerase III subunit beta from Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dly
タイトルCrystal structure of DNA polymerase III subunit beta from Mycobacterium marinum in complex with a natural product
要素
  • Beta sliding clamp
  • Natural product peptide
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / 3'-5' exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
Streptomyces caelicus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of DNA polymerase III subunit beta from Mycobacterium marinum in complex with a natural product
著者: Bowatte, K. / Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_molecule_features
Item: _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
C: Natural product peptide
D: Natural product peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9995
ポリマ－88,9374
非ポリマー621
水7,584421
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area33110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.090, 76.760, 80.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp


分子量: 43353.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M) (バクテリア)
株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: dnaN, MMAR_0002 / プラスミド: MymaA.17987.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2HI47
#2: タンパク質・ペプチド Natural product peptide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1115.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces caelicus (バクテリア) / 参照: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: MymaA.17987.a.B1_BSI108087.PS38239 at 22.4 mg/mL mixed 0.4 uL protein/0.4 uL precipitant containing TOP96 well D11 { 0.1 M Sodium Acetate: HCl, pH 4.6 8 % (w/v) PEG 4000} and harvested with ...詳細: MymaA.17987.a.B1_BSI108087.PS38239 at 22.4 mg/mL mixed 0.4 uL protein/0.4 uL precipitant containing TOP96 well D11 { 0.1 M Sodium Acetate: HCl, pH 4.6 8 % (w/v) PEG 4000} and harvested with 25% EG. Tray 292393, puck hmh20170605-2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.714 Å / Num. obs: 49331 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.764 % / Biso Wilson estimate: 28.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.952 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 185699 / Scaling rejects: 50
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.153.4430.4253.1811681372833930.8260.50191
2.15-2.213.8090.3594.0613288365934890.890.41795.4
2.21-2.283.7970.3224.512871353933900.9230.37595.8
2.28-2.353.7940.294.8212509344432970.9380.33795.7
2.35-2.423.7930.2515.612317336732470.9450.29196.4
2.42-2.513.7920.2156.3811906324231400.9650.2596.9
2.51-2.63.7890.1967.0111536313130450.9670.22897.3
2.6-2.713.8040.1538.7611153301629320.9790.17897.2
2.71-2.833.8190.12610.1110660286227910.9860.14797.5
2.83-2.973.8210.09712.6610331277827040.9920.11297.3
2.97-3.133.8160.07515.529808260825700.9950.08798.5
3.13-3.323.8230.05819.949381250324540.9970.06798
3.32-3.553.80.04427.068775234523090.9980.05298.5
3.55-3.833.7710.03434.468182221221700.9990.0498.1
3.83-4.23.7760.02841.327488199919830.9990.03299.2
4.2-4.73.7080.02448.376663182817970.9990.02898.3
4.7-5.423.7660.02346.316060163016090.9990.02698.7
5.42-6.643.7620.0336.765105137013570.9990.03599.1
6.64-9.393.7110.0249.833963108110680.9990.02398.8
9.39-41.7143.4510.01564.2202261458610.01895.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3126精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P16

3p16


解像度: 2.1→41.714 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 1985 4.01 %
Rwork0.1764 --
obs0.1784 49535 97.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.68 Å2 / Biso mean: 35.3528 Å2 / Biso min: 14.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→41.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5612 0 4 430 6046
Biso mean--56.38 41.01 -
残基数----781
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.15260.27691400.21043276341695
2.1526-2.21080.25631460.19743324347096
2.2108-2.27580.22041570.1913304346196
2.2758-2.34930.2771640.19353305346996
2.3493-2.43320.30271490.18823352350197
2.4332-2.53060.24281450.19343374351997
2.5306-2.64580.2691450.1883381352697
2.6458-2.78520.24911230.18683418354198
2.7852-2.95970.27681170.19973417353498
2.9597-3.18810.2391270.1983439356698
3.1881-3.50880.25541380.18813445358399
3.5088-4.01620.24221430.16153458360199
4.0162-5.05860.14091640.14013472363699
5.0586-41.72240.20441270.1663585371299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2299-0.0991-1.48751.4846-2.01642.98760.00540.0496-0.003-0.0368-0.0359-0.0486-0.1846-0.05030.02420.2711-0.0170.00080.1733-0.01660.18141.716150.660719.3354
22.5625-0.8771-1.53972.54391.62833.48960.12550.03240.23470.22040.0607-0.089-0.3113-0.2169-0.14070.32030.0316-0.0060.19790.04440.16954.263856.9377-6.8425
31.4775-0.8852-0.35284.4943-0.39462.57160.0780.06780.0611-0.1302-0.1286-0.31580.20570.11730.05230.15220.0163-0.00280.20360.00460.198765.816836.7938-20.7549
40.05260.1228-0.8950.7279-1.05242.3154-0.0745-0.031-0.0206-0.1847-0.1129-0.12890.32380.07130.18280.27150.01470.00750.26180.01980.265568.97268.596-4.3143
51.9702-0.4173-0.66413.56321.6563.41560.01450.0799-0.0187-0.1811-0.0117-0.14960.117-0.02860.01090.1757-0.0029-0.0150.19650.00620.186161.20022.661820.2331
61.5927-1.3676-0.832.1720.74011.0432-0.12740.0145-0.06370.15330.12830.18320.07-0.01290.00470.1836-0.014-0.01010.21200.199146.722918.115831.1832
73.03223.75572.28137.74652.07483.1914-0.1887-0.23930.65840.3881-0.0116-0.6279-0.59330.2980.12830.1794-0.018-0.10480.2674-0.12640.639972.801956.1628-12.7538
88.8324-3.217-0.29156.29912.26631.0127-0.1481-0.1891-0.385-0.10950.4212-0.66490.20690.4263-0.29180.25730.1076-0.08540.3198-0.09050.268663.067712.180238.3759
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 138 )A9 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 139 through 268 )A139 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 269 through 398 )A269 - 398
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 9 through 152 )B9 - 152
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 153 through 242 )B153 - 242
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 243 through 399 )B243 - 399
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1005 through 1011 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1005 through 1011 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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