[日本語] English
万見
- PDB-6dku: Crystal structure of Myotis VP35 mutant of interferon inhibitory ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dku
タイトルCrystal structure of Myotis VP35 mutant of interferon inhibitory domain
要素VP35
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase cofactor VP35
類似検索 - 構成要素
生物種Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, H. / Ginell, G.M. / Keefe, L.J. / Leung, D.W. / Amarasinghe, G.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI109945 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Conservation of Structure and Immune Antagonist Functions of Filoviral VP35 Homologs Present in Microbat Genomes.
著者: Edwards, M.R. / Liu, H. / Shabman, R.S. / Ginell, G.M. / Luthra, P. / Ramanan, P. / Keefe, L.J. / Kollner, B. / Amarasinghe, G.K. / Taylor, D.J. / Leung, D.W. / Basler, C.F.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5061
ポリマ－14,5061
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, macromolecular assembly in solution was analyzed by SEC-MALS.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.126, 78.126, 43.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 VP35


分子量: 14505.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myotis lucifugus (トビイロホオヒゲコウモリ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G9JKD1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.7711 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7711 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.063 Å / Num. obs: 4730 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 61.75 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0873 / Net I/σ(I): 11.97
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Rmerge(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 409 / CC1/2: 0.609

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
autoPROC1.1.7データスケーリング
XDSOct 15,2015データ削減
XDSOct 15,2015データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L25

3l25


解像度: 2.6→39.063 Å / SU ML: -0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 200 4.29 %
Rwork0.1711 --
obs0.1733 4662 95.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 139.03 Å2 / Biso mean: 67.7564 Å2 / Biso min: 33.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→39.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数991 0 0 7 998
Biso mean---56.36 -
残基数----125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7151379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.857611
LS精密化 シェル解像度: 2.6001→39.0674 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 200 -
Rwork0.1711 4462 -
all-4662 -
obs--95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.1838 Å / Origin y: -30.9361 Å / Origin z: -5.2976 Å
111213212223313233
T0.3379 Å2-0.0023 Å2-0.0027 Å2-0.2759 Å20.0035 Å2--0.5509 Å2
L5.1033 °20.7509 °21.8696 °2-2.4753 °20.9395 °2--7.9976 °2
S0.1849 Å °-0.2503 Å °0.1916 Å °0.1078 Å °-0.0454 Å °0.2462 Å °-0.0886 Å °-0.251 Å °-0.0937 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA157 - 281
2X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る