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- PDB-6djq: Vps1 GTPase-BSE fusion complexed with GDP.AlF4- -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6djq
タイトルVps1 GTPase-BSE fusion complexed with GDP.AlF4-
要素Vps1 GTPase-BSE
キーワードHYDROLASE / Vps1 / vacuolar protein sorting 1 / GDP.AlF4- / dynamin-related protein / DRP / dynamin / vacuole / endosome / transition state
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle organization / microtubule binding / microtubule / GTPase activity / GTP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin ...Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Putative sorting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Varlakhanova, N.V. / Brady, T.M. / Tornabene, B.A. / Hosford, C.J. / Chappie, J.S. / Ford, M.G.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120102 米国
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2018
タイトル: Structures of the fungal dynamin-related protein Vps1 reveal a unique, open helical architecture.
著者: Natalia V Varlakhanova / Frances J D Alvarez / Tyler M Brady / Bryan A Tornabene / Christopher J Hosford / Joshua S Chappie / Peijun Zhang / Marijn G J Ford /
要旨: Dynamin-related proteins (DRPs) are large multidomain GTPases required for diverse membrane-remodeling events. DRPs self-assemble into helical structures, but how these structures are tailored to ...Dynamin-related proteins (DRPs) are large multidomain GTPases required for diverse membrane-remodeling events. DRPs self-assemble into helical structures, but how these structures are tailored to their cellular targets remains unclear. We demonstrate that the fungal DRP Vps1 primarily localizes to and functions at the endosomal compartment. We present crystal structures of a Vps1 GTPase-bundle signaling element (BSE) fusion in different nucleotide states to capture GTP hydrolysis intermediates and concomitant conformational changes. Using cryoEM, we determined the structure of full-length GMPPCP-bound Vps1. The Vps1 helix is more open and flexible than that of dynamin. This is due to further opening of the BSEs away from the GTPase domains. A novel interface between adjacent GTPase domains forms in Vps1 instead of the contacts between the BSE and adjacent stalks and GTPase domains as seen in dynamin. Disruption of this interface abolishes Vps1 function in vivo. Hence, Vps1 exhibits a unique helical architecture, highlighting structural flexibilities of DRP self-assembly.
履歴
登録2018年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vps1 GTPase-BSE
B: Vps1 GTPase-BSE
C: Vps1 GTPase-BSE
D: Vps1 GTPase-BSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,38220
ポリマ－172,0084
非ポリマー2,37416
水34219
1
A: Vps1 GTPase-BSE
B: Vps1 GTPase-BSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,19110
ポリマ－86,0042
非ポリマー1,1878
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area29810 Å2
手法PISA
2
C: Vps1 GTPase-BSE
D: Vps1 GTPase-BSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,19110
ポリマ－86,0042
非ポリマー1,1878
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area28910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.060, 121.220, 104.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Vps1 GTPase-BSE


分子量: 43002.074 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-354, 669-698 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061810 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SFF0

-
非ポリマー , 5種, 35分子

#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5-10% PEG8000, 20% glycerol, 0.08 M MES, pH 5.6-6.2 / PH範囲: 5.6-6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.96922 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月4日 / 詳細: Si 111
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40.41 Å / Num. obs: 26055 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 52.671 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3987 / CC1/2: 0.516 / Rpim(I) all: 0.474 / Rrim(I) all: 0.411 / % possible all: 79.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.14データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ZYC

3zyc


解像度: 3.1→39.595 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 30.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2785 1271 4.88 %Random selection
Rwork0.2223 ---
obs0.225 26023 83.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9916 0 140 19 10075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59113964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2226253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041866
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.22420.35121010.30132632X-RAY DIFFRACTION79
3.2242-3.37080.36551200.2762620X-RAY DIFFRACTION79
3.3708-3.54840.32771490.27662633X-RAY DIFFRACTION80
3.5484-3.77060.32821490.25022640X-RAY DIFFRACTION80
3.7706-4.06150.30081470.20852688X-RAY DIFFRACTION81
4.0615-4.46970.24631260.19122847X-RAY DIFFRACTION86
4.4697-5.11530.22791790.17392884X-RAY DIFFRACTION88
5.1153-6.44020.27391720.22662916X-RAY DIFFRACTION88
6.4402-39.59780.24451280.21412892X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11450.07320.14080.0440.08790.1743-0.17740.0056-0.0656-0.28230.0855-0.1484-0.2233-0.2167-0.03040.76440.06130.04110.37150.16250.3858.926131.476933.5513
20.0852-0.0015-0.05150.13830.05720.1998-0.05040.1058-0.0659-0.0469-0.06890.0288-0.205-0.1456-0.17120.14630.0383-0.03830.1234-0.00920.26723.2219.070747.8434
30.1232-0.0335-0.07370.16110.12640.111-0.01040.2156-0.0252-0.2027-0.11510.16420.0011-0.2413-0.230.22620.0035-0.08410.27060.0070.2589-1.254112.471840.5597
40.0751-0.0999-0.06640.15890.04190.1740.0422-0.08850.014-0.00180.0734-0.05070.05320.10770.2930.08750.0704-0.0410.16840.08980.32426.9358.682162.1402
50.034-0.0382-0.00560.0415-0.01980.0311-0.1241-0.1571-0.071-0.10250.1745-0.2288-0.23250.09880.00020.3657-0.0446-0.05670.3371-0.07670.300910.630823.857861.4978
60.1818-0.0947-0.07510.2154-0.04230.16890.0730.1062-0.0123-0.0207-0.09320.0066-0.1992-0.2016-0.16950.28670.1382-0.11790.05930.03830.4825-3.177829.559761.5642
70.00670.0294-0.01770.1281-0.09120.06350.16460.09060.00050.0407-0.03510.0964-0.148-0.10550.12590.5380.2495-0.00060.33650.02920.5301-8.448237.556756.8179
80.2281-0.07250.27670.0294-0.06170.4402-0.04240.0206-0.1553-0.06780.19380.1993-0.09840.02320.12690.6597-0.01560.16090.20410.01240.3129.41833.880746.3755
90.0841-0.0873-0.02870.07780.03410.02360.2360.1342-0.0691-0.073-0.0117-0.03420.0869-0.00640.04660.6819-0.17990.18050.64870.01340.300331.245235.49126.799
100.2271-0.2021-0.06150.36950.2370.19360.09650.1051-0.0122-0.0533-0.1057-0.2086-0.00870.0769-0.08270.59350.08110.30530.1203-0.00740.662424.169536.75320.8977
110.009-0.01160.00380.01630.00620.00730.0293-0.02850.13380.04180.00280.0216-0.0139-0.0619-0.00011.06160.12730.24130.6359-0.02860.5416-13.888412.233104.0714
120.0040.013-0.00880.0321-0.02580.0308-0.0115-0.0411-0.06540.08440.0531-0.0832-0.051-0.04440.07220.15340.2306-0.01070.46670.10150.391-3.610517.511788.9274
130.19360.18810.12380.20790.19630.3344-0.02210.00460.16350.22530.22720.0003-0.31220.09330.24390.65960.2672-0.07830.3495-0.10240.2485-0.578727.180797.5656
140.2744-0.14170.12910.5039-0.39230.2981-0.4963-0.42450.21970.10030.0749-0.0798-0.05910.0952-0.07240.85350.01270.00430.5367-0.14140.39432.312126.705295.2482
150.18270.07270.24050.05590.07980.3164-0.10810.11410.0520.13050.02050.14750.00720.27970.01260.30880.1422-0.07110.3527-0.03820.43311.456619.752580.011
160.04090.0177-0.09610.12840.03490.3286-0.1562-0.1172-0.18520.11660.07310.14040.2691-0.1153-0.13450.1340.06440.110.19750.02780.3193-5.311611.745977.537
170.09180.037-0.14530.017-0.06520.2293-0.1482-0.15950.0197-0.0918-0.03960.0280.0129-0.2138-0.14390.44940.21430.06180.3318-0.07430.5547-11.287619.144380.0713
180.0519-0.00240.10980.21680.21550.46350.19270.03750.1115-0.1213-0.009-0.0924-0.1658-0.19330.39660.09990.04340.0520.34250.08170.1921-17.51913.131286.8636
190.0315-0.0305-0.03770.01810.02540.030.189-0.01520.0364-0.0370.0662-0.1620.0687-0.0372-0.00010.4613-0.0843-0.06240.4950.13340.4516-7.0029-6.8896124.6736
200.28750.1974-0.02670.4463-0.17010.0832-0.083-0.07310.1343-0.09540.19110.22270.02990.13620.00950.92620.1374-0.08590.7318-0.03950.307619.432-10.9136-19.3892
21-0.0010.0691-0.0160.5123-0.45220.89980.15110.3037-0.097-0.0046-0.2582-0.114-0.3530.4871-0.15960.46320.11870.07910.49960.00850.198429.44012.4206-6.7492
220.7524-0.41870.04240.4738-0.04070.31380.16110.3756-0.2669-0.3626-0.00610.18710.04510.08040.54350.34170.16750.07770.34210.02350.134626.3343-1.29895.6785
230.0436-0.02540.00610.090.0124-0.0052-0.0092-0.07720.1506-0.0504-0.09920.06460.0638-0.0131-0.050.55060.0425-0.05110.3484-0.10060.21036.9506-12.4394-27.2949
240.03160.0366-0.01480.0494-0.02590.01690.05080.01850.0970.0077-0.0784-0.08140.00550.1038-0.02820.08870.0179-0.03480.5789-0.07410.588134.18810.226854.8351
250.3316-0.0102-0.02060.0921-0.05310.02930.1242-0.06750.1622-0.148-0.0946-0.24310.14530.0088-0.04270.24820.02030.05180.21110.05980.34724.840213.634445.3693
260.1824-0.0899-0.11710.19620.07960.11260.14490.098-0.0771-0.024-0.17030.04340.08270.223-0.00020.33690.0385-0.030.32440.05140.279318.1831-0.428140.5367
270.30470.0904-0.03760.02880.00630.06480.0743-0.15650.052-0.17570.06010.14770.015-0.21690.0580.38740.0796-0.07270.53840.10330.216226.6613.110828.1982
280.1641-0.2088-0.03520.28920.11260.31940.0442-0.19290.2198-0.03790.1909-0.0860.03470.52320.57790.02530.0730.03210.6070.1360.495739.0130.20829.4515
290.0927-0.06220.10630.0493-0.06890.1228-0.04450.00070.34750.2095-0.20860.1732-0.18630.0748-0.37890.4394-0.40460.10690.6564-0.19370.465333.349622.748856.2921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 34 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 87 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 88 through 170 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 171 through 198 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 199 through 233 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 234 through 281 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 282 through 307 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 308 through 326 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 327 through 675 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 676 through 696 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 10 through 29 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 30 through 64 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 65 through 127 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 128 through 170 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 171 through 198 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 199 through 254 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 255 through 281 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 282 through 327 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 328 through 695 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 12 through 35 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 36 through 127 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 128 through 307 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 308 through 697 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 10 through 32 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 33 through 55 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 56 through 198 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 199 through 233 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 234 through 307 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 308 through 691 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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