PDB-6din: High resolutionstructure of apo dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6din

タイトル

High resolutionstructure of apo dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

要素

dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

キーワード

ISOMERASE / epimerase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chang, C. / Jedrzejczak, R. / Chhor, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolutionstructure of apo dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
著者: Chang, C. / Jedrzejczak, R. / Chhor, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6din.cif.gz	99.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6din.ent.gz	75.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6din.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6din_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6din_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	6din_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	6din_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/6din ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/6din	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1pm7-d 1ep0-1 6dwu-27 2ixj-1 1oru-d 6dwu-26 6dwu-39 1epz-1 6c46-1 6a5b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP55777

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

ヘテロ分子

21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

ヘテロ分子

A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.854, 58.854, 160.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3 / 5-epimerase 分子量: 21159.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: rmlC, rfbC, CAZ03_15755, HV91_29470, PAERUG_E15_London_28_01_14_02405, RW109_RW109_06764 プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D6IV69, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.81 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium Chloride, bis-Tris, Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 27242 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 28.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 2.004 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 303807

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
1.8-1.82	9.6	665	1.118	1	100
1.82-1.83	10.2	668	1.093	1	100	0.946
1.83-1.85	10.5	665	1.168	1	100	0.979
1.85-1.86	10.9	658	1.097	1	100
1.86-1.88	11.2	667	1.151	1	100	0.873
1.88-1.9	11.3	677	1.188	1	100	0.904
1.9-1.92	11.5	641	1.178	1	100	0.658
1.92-1.94	11.6	681	1.148	1	100	0.621
1.94-1.96	11.6	672	1.132	1	100	0.587
1.96-1.98	11.6	663	1.157	1	100	0.584
1.98-2	11.6	649	1.193	1	100	0.475
2-2.03	11.7	686	1.169	1	100	0.371
2.03-2.05	11.6	647	1.169	1	100	0.384
2.05-2.08	11.6	683	1.157	1	100	0.33
2.08-2.11	11.6	671	1.233	1	100	0.307
2.11-2.13	11.6	659	1.289	1	100	0.269
2.13-2.16	11.6	680	1.177	1	100	0.247
2.16-2.2	11.6	675	1.269	1	100	0.217
2.2-2.23	11.6	653	1.3	1	100	0.222
2.23-2.27	11.6	697	1.491	1	100	0.213
2.27-2.31	11.6	643	1.311	1	100	0.174
2.31-2.35	11.6	693	1.359	1	100	0.175
2.35-2.39	11.5	664	1.355	1	100	0.163
2.39-2.44	11.5	691	1.476	1	100	0.154
2.44-2.5	11.5	649	1.481	1	100	0.136
2.5-2.55	11.6	696	1.534	1	100	0.123
2.55-2.62	11.4	679	1.757	1	100	0.114
2.62-2.69	11.4	688	1.786	1	100	0.106
2.69-2.77	11.4	671	2.064	1	100	0.1
2.77-2.86	11.3	689	2.279	1	100	0.095
2.86-2.96	11.3	683	2.489	1	100	0.085
2.96-3.08	11.2	692	2.888	1	100	0.083
3.08-3.22	11	684	3.343	1	100	0.076
3.22-3.39	11	688	3.522	1	99.9	0.066
3.39-3.6	10.8	699	3.487	1	100	0.061
3.6-3.88	10.5	704	3.63	1	100	0.055
3.88-4.27	10.5	711	3.902	1	100	0.05
4.27-4.88	10.4	727	3.975	1	100	0.045
4.88-6.15	10.4	727	6.086	1	100	0.058
6.15-50	8.8	807	7.203	1	97.6	0.061

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→41.616 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2059	1351	5.02 %
R_work	0.1759	-	-
obs	0.1774	26818	98.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.74 Å² / B_iso mean: 42.9425 Å² / B_iso min: 23.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→41.616 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1490	0	20	198	1708
B_iso mean	-	-	89.21	50.39	-
残基数	-	-	-	-	184

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7995-1.8342	0.3316	133	0.3349	2622	2755	98
1.8342-1.8716	0.3415	119	0.3026	2584	2703	98
1.8716-1.9123	0.3542	134	0.2901	2612	2746	97
1.9123-1.9568	0.2739	137	0.2359	2603	2740	98
1.9568-2.0057	0.2616	148	0.2222	2567	2715	99
2.0057-2.0599	0.2502	139	0.2081	2617	2756	99
2.0599-2.1205	0.2272	144	0.1937	2625	2769	99
2.1205-2.189	0.2129	162	0.1855	2593	2755	98
2.189-2.2672	0.2388	149	0.1908	2591	2740	99
2.2672-2.358	0.2242	140	0.1876	2592	2732	98
2.358-2.4653	0.2479	143	0.205	2582	2725	98
2.4653-2.5953	0.2282	150	0.1916	2591	2741	98
2.5953-2.7578	0.2706	144	0.1904	2566	2710	98
2.7578-2.9707	0.2375	113	0.1937	2683	2796	99
2.9707-3.2695	0.2329	151	0.1715	2606	2757	99
3.2695-3.7424	0.1585	124	0.147	2640	2764	100
3.7424-4.714	0.1371	118	0.1256	2651	2769	100
4.714-41.6272	0.1643	135	0.1693	2647	2782	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4232	-0.4992	0.2004	0.4526	-0.1087	0.8181	-0.0168	-0.5042	0.1109	0.0879	0.1249	-0.044	-0.3355	-0.6532	0.006	0.3011	-0.005	-0.0157	0.4646	-0.0249	0.3189	7.2656	23.916	82.9719
2	0.7556	-0.1963	0.4247	0.3625	-0.0871	1.5814	0.0611	0.0252	0.0322	-0.2027	-0.1048	-0.0283	-0.0137	-0.1644	-0	0.3253	-0.0462	-0.008	0.2545	0.0078	0.2995	12.9011	23.0278	67.7511
3	0.6765	-0.671	0.2075	0.5992	0.1517	0.6061	-0.1766	0.5988	0.1434	-0.4839	0.2068	0.0398	-0.3406	-0.071	0.0006	0.507	-0.0934	0.0233	0.3261	0.0595	0.3252	13.4865	28.4839	55.7865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 46 )	A	-2 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 145 )	A	47 - 145
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 181 )	A	146 - 181

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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