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- PDB-6dik: Crystal structure of Bothropstoxin I (BthTX-I) complexed to Chico... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dik
タイトルCrystal structure of Bothropstoxin I (BthTX-I) complexed to Chicoric acid
要素Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
キーワードTOXIN / Bothropd jararacussu / BthTX-I / Inhibitor / Chicoric Acid / Cichoric Acid / PLA2
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / heparin binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / ETHANOL / Chem-GKP / Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-I
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops jararacussu (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Cardoso, F.F. / Salvador, G.H.M. / Borges, R.J.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/07112-6 ブラジル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2018
タイトル: Structural basis of phospholipase A2-like myotoxin inhibition by chicoric acid, a novel potent inhibitor of ophidian toxins.
著者: Cardoso, F.F. / Borges, R.J. / Dreyer, T.R. / Salvador, G.H.M. / Cavalcante, W.L.G. / Pai, M.D. / Gallacci, M. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2018年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
B: Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,56610
ポリマ－27,5042
非ポリマー1,0628
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.558, 71.632, 44.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1 / svPLA2 homolog / BOJU-I / Bothropstoxin I / BtxtxI / Myotoxic phospholipase A2-like / Phospholipase ...svPLA2 homolog / BOJU-I / Bothropstoxin I / BtxtxI / Myotoxic phospholipase A2-like / Phospholipase A2 homolog 1


分子量: 13752.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops jararacussu (ヘビ) / 組織: Venom glands / 参照: UniProt: Q90249

-
非ポリマー , 5種, 216分子

#2: 化合物 ChemComp-GKP / (2R,3R)-2,3-bis{[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]oxy}butanedioic acid / L-キコル酸


分子量: 474.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18O12
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#5: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 30% PEG4000, 0.1M Tris HCl, 0.1M Lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.425 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 17613 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 28.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.93-23.20.25717860.9160.1690.310.80699.8
2-2.083.20.20917780.9190.1380.2520.99599.8
2.08-2.173.20.15718000.9530.1040.1890.90499.9
2.17-2.293.20.1517790.9580.0990.181.01899.4
2.29-2.433.20.11717780.9750.0760.140.86499.2
2.43-2.623.20.11517810.9750.0750.1380.97299.1
2.62-2.883.20.10517490.9780.0690.126197.4
2.88-3.33.20.09117420.9830.0610.110.96496.3
3.3-4.1630.07417010.9880.0510.090.93594.3
4.16-502.90.06317190.9890.0450.0780.99792.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IQ3

3iq3


解像度: 1.93→27.346 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2004 884 5.02 %
Rwork0.1646 --
obs0.1664 17595 97.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.48 Å2 / Biso mean: 34.959 Å2 / Biso min: 15.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→27.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1869 0 66 208 2143
Biso mean--54.32 39.65 -
残基数----242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6942695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1691234
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9204-2.04070.23471480.18822733288196
2.0407-2.19820.21661490.166228553004100
2.1982-2.41930.23021500.16682827297799
2.4193-2.7690.26831490.17972813296299
2.769-3.48760.19151480.16982760290896
3.4876-27.3490.16411400.15062723286394
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.12591.9519-1.94215.5649-1.08774.71590.13050.3426-0.4901-0.1782-0.0188-0.01280.2772-0.0914-0.11310.26610.0582-0.01770.2180.00020.19023.6808-10.5149.8614
21.6471.06681.19133.04134.42056.6298-0.14610.1255-0.028-0.310.3881-0.1814-0.3930.198-0.20620.23030.01370.0020.21790.03920.2038-0.73310.90317.887
39.10923.3262-6.04787.71550.09586.24820.3029-0.85120.09790.4738-0.0776-0.0462-0.27590.6356-0.07930.3430.0352-0.03170.3318-0.00540.22661.663310.033816.0972
48.46782.448-2.64223.54650.52752.62850.0297-0.3952-0.06020.00980.1886-0.2566-0.35530.2958-0.14290.2535-0.0002-0.03540.2404-0.02690.23726.54982.466517.6165
53.5058-0.9555-1.50936.1904-0.75044.56690.0471-0.1393-0.2287-0.4733-0.2824-0.91590.02321.01580.04440.24510.05480.03610.38210.0370.402216.7187-8.243711.0378
63.2453.12671.11953.20480.50991.9580.2615-0.1724-0.64610.3411-0.1798-0.29280.27040.2699-0.04290.30580.07390.0290.22290.02190.35537.0982-17.60417.6617
76.802-3.21170.03822.9863-0.36871.8492-0.1609-0.2399-0.03770.16590.1247-0.07230.0376-0.00870.07640.20960.0089-0.01370.1581-0.01340.17971.7555-4.016216.5192
85.1025-0.41271.81350.07650.06763.8229-0.27990.04020.6574-0.18320.26150.025-0.97570.29880.17470.4970.02640.02280.30690.0430.3614-1.703211.89926.1007
93.42813.5078-0.71488.4864.31885.8061-0.0467-0.6608-0.184-0.04310.4507-0.6481-0.84130.0212-0.49870.3286-0.0418-0.030.2669-0.00790.46036.967213.732518.623
106.4732-1.4762.17496.72720.93852.23790.2037-0.54180.40140.75550.0290.3719-0.4311-0.015-0.20310.3089-0.0510.05820.2769-0.03280.23628.372513.4274-5.8802
114.3659-0.1918-1.12725.3031-1.01543.2871-0.0518-0.37140.0510.45220.2384-0.0040.1621-0.3083-0.17580.2669-0.07370.03290.2747-0.0180.16881.22253.9948-5.7075
123.012-2.9756-0.35743.0981.01823.4796-0.1913-0.7279-0.59940.3080.1921-0.32020.4368-0.0088-0.01960.3675-0.02480.01130.31630.03440.368.6266-5.4991-7.0099
132.5904-2.01943.48723.5091-1.47435.95420.02780.48180.36230.0058-0.0611-0.40580.39050.61560.02180.25010.01780.01480.25750.01330.283813.6855-0.5003-9.9137
141.65682.0317-1.31643.6826-0.67536.07350.6877-1.0592-0.02471.1192-0.4666-0.8109-0.36751.2007-0.32810.5165-0.2551-0.12870.59860.05040.385320.55210.3209-0.5705
158.2581-0.40490.9273.182-0.31453.30760.0261-0.10080.19030.189-0.2837-0.6436-0.24750.14750.27130.2828-0.06350.01880.21920.03380.353215.545419.6973-11.5665
167.61233.0011.86873.60270.83713.2081-0.0344-0.0376-0.04450.2086-0.0906-0.3157-0.26270.35350.11110.2417-0.0385-0.00570.24110.0420.253715.52859.652-11.3371
178.55135.105-2.58383.4666-3.14016.7872-0.2960.1524-0.28040.19570.3290.19350.7277-1.06140.00240.2956-0.07840.02650.3069-0.06170.2382-2.153-0.6228-12.9751
184.2695-5.17170.17636.2883-0.03763.6195-0.5958-0.3636-0.49950.69920.69380.35550.5025-0.20980.0210.401-0.04750.06150.33610.00910.33090.5526-7.9603-2.6519
192.7328-4.29111.01529.40820.55712.1118-0.27930.7270.7754-0.15820.5027-0.47190.80680.0902-0.27870.4954-0.00080.12420.3762-0.01020.548514.0766-11.7214-9.3257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 13 )A1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 32 )A15 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 39 )A33 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 40 through 57 )A40 - 57
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 58 through 74 )A58 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 75 through 88 )A75 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 90 through 117 )A90 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 118 through 125 )A118 - 125
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 126 through 133 )A126 - 133
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 13 )B1 - 13
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 15 through 27 )B15 - 27
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 28 through 39 )B28 - 39
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 40 through 57 )B40 - 57
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 58 through 74 )B58 - 74
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 75 through 88 )B75 - 88
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 90 through 108 )B90 - 108
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 109 through 117 )B109 - 117
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 118 through 125 )B118 - 125
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 126 through 133 )B126 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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