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- PDB-6di2: Crystal structure of eukaryotic DNA primase large subunit iron-su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6di2
タイトルCrystal structure of eukaryotic DNA primase large subunit iron-sulfur cluster domain Y397L mutant
要素DNA primase large subunit
キーワードREPLICATION / DNA primase / p58 / iron-sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha DNA polymerase:primase complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA replication initiation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA primase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Salay, L.E. / Chazin, W.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118089 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Yeast require redox switching in DNA primase.
著者: O'Brien, E. / Salay, L.E. / Epum, E.A. / Friedman, K.L. / Chazin, W.J. / Barton, J.K.
履歴
登録2018年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9014
ポリマ－23,3131
非ポリマー5883
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.950, 50.865, 89.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA primase large subunit


分子量: 23313.291 Da / 分子数: 1 / 変異: Y397L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain JAY291) (パン酵母)
株: JAY291 / 遺伝子: PRI2, C1Q_02024 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C7GP29, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: MPD, TRIS-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0787 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→35 Å / Num. obs: 44491 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 11.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 301921
反射 シェル解像度: 1.32→1.37 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Num. unique obs: 4720 / CC1/2: 0.985 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.049 / % possible all: 94.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.96 Å33.62 Å
Translation4.96 Å33.62 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DTZ

6dtz


解像度: 1.32→33.62 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.141 2126 4.79 %
Rwork0.12 --
obs0.121 44421 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.02 Å2 / Biso mean: 17.5 Å2 / Biso min: 8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.32→33.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1501 0 24 202 1727
Biso mean--23.14 29.62 -
残基数----183
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3213-1.3520.14611350.1062682281797
1.352-1.38590.13271480.094627972945100
1.3859-1.42330.12831390.085327872926100
1.4233-1.46520.11691330.082528062939100
1.4652-1.51250.12351390.085227932932100
1.5125-1.56660.11161390.079427742913100
1.5666-1.62930.12091540.079427992953100
1.6293-1.70340.10691220.084828162938100
1.7034-1.79320.11531500.091428152965100
1.7932-1.90560.1181460.097428132959100
1.9056-2.05270.13431540.105928432997100
2.0527-2.25920.14241460.112528162962100
2.2592-2.5860.15841440.134528683012100
2.586-3.25770.15581390.14522850298999
3.2577-33.63430.16051380.15623036317499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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