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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dhl | |||||||||
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タイトル | Bovine glutamate dehydrogenase complexed with epicatechin-3-gallate (ECG) | |||||||||
要素 | Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ECG / glutamate / dehydrogenase / inhibition | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Glutamate and glutamine metabolism / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / glutamine metabolic process / Mitochondrial protein degradation ...Glutamate and glutamine metabolism / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / glutamine metabolic process / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of insulin secretion / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / nucleotide binding / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.624 Å | |||||||||
データ登録者 | Smith, T.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011 タイトル: Green tea polyphenols control dysregulated glutamate dehydrogenase in transgenic mice by hijacking the ADP activation site. 著者: Li, C. / Li, M. / Chen, P. / Narayan, S. / Matschinsky, F.M. / Bennett, M.J. / Stanley, C.A. / Smith, T.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dhl.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dhl.ent.gz | 961.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dhl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6dhl_validation.pdf.gz | 3.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6dhl_full_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6dhl_validation.xml.gz | 225.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6dhl_validation.cif.gz | 285.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/6dhl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/6dhl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55127.648 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 参照: UniProt: A0A140T871, UniProt: P00366*PLUS, glutamate dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-XEG / ( |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 5 mg/mL GDH in 0.4 mM ECG, 3 mM NADPH, 20 mM glutamate, 2:1 with reservoir solution (0.9 M sodium chloride, 50 mM TEA-HCl, 5 mM reduced glutathione, 8~9% PEG8000, 1 M 1,6-hexanediol), VAPOR ...詳細: 5 mg/mL GDH in 0.4 mM ECG, 3 mM NADPH, 20 mM glutamate, 2:1 with reservoir solution (0.9 M sodium chloride, 50 mM TEA-HCl, 5 mM reduced glutathione, 8~9% PEG8000, 1 M 1,6-hexanediol), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 72322 / % possible obs: 95.01 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.73 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.624→49.706 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.53
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.624→49.706 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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