PDB-6dhl: Bovine glutamate dehydrogenase complexed with epicatechin-3-galla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dhl

タイトル

Bovine glutamate dehydrogenase complexed with epicatechin-3-gallate (ECG)

要素

Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ECG / glutamate / dehydrogenase / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

Glutamate and glutamine metabolism / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / L-glutamate catabolic process / glutamine metabolic process / Mitochondrial protein degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.624 Å

データ登録者

Smith, T.J.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011
タイトル: Green tea polyphenols control dysregulated glutamate dehydrogenase in transgenic mice by hijacking the ADP activation site.
著者: Li, C. / Li, M. / Chen, P. / Narayan, S. / Matschinsky, F.M. / Bennett, M.J. / Stanley, C.A. / Smith, T.J.

履歴

登録	2018年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2018年7月25日	ID: 3QMU
改定 1.0	2018年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dhl.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dhl.ent.gz	945.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dhl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dhl_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dhl_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	6dhl_validation.xml.gz	225.7 KB	表示
CIF形式データ	6dhl_validation.cif.gz	285.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/6dhl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/6dhl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3jcz-d 3jd1-d 3jd4-d 1nqt-2 3jd3-d 6dhk-2 1nqt-1 1hwy-d 1nr7-1 6dhd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

B: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

C: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

D: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

E: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

F: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

G: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

H: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

I: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

J: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

K: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

L: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

667 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

B: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

C: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

D: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

E: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

F: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, Well known that the hexamer is the active form.
333 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

H: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

I: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

J: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

K: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

L: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
333 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.120, 433.180, 95.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial 分子量: 55127.648 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 参照: UniProt: A0A140T871, UniProt: P00366*PLUS, glutamate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-XEG / (2R,3S)-2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-3,4-dihydro-2H-chromen-3-yl 3,4,5-trihydroxybenzoate / カテキンガラ-ト分子量: 442.372 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈O₁₀
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.67 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 5 mg/mL GDH in 0.4 mM ECG, 3 mM NADPH, 20 mM glutamate, 2:1 with reservoir solution (0.9 M sodium chloride, 50 mM TEA-HCl, 5 mM reduced glutathione, 8~9% PEG8000, 1 M 1,6-hexanediol), VAPOR ...詳細: 5 mg/mL GDH in 0.4 mM ECG, 3 mM NADPH, 20 mM glutamate, 2:1 with reservoir solution (0.9 M sodium chloride, 50 mM TEA-HCl, 5 mM reduced glutathione, 8~9% PEG8000, 1 M 1,6-hexanediol), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.67 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5 mg/mL GDH in 0.4 mM ECG, 3 mM NADPH, 20 mM glutamate, 2:1 with reservoir solution (0.9 M sodium chloride, 50 mM TEA-HCl, 5 mM reduced glutathione, 8~9% PEG8000, 1 M 1,6-hexanediol), VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 72322 / % possible obs: 95.01 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 3.6→3.73 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.624→49.706 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3135	3751	5 %
R_work	0.246	-	-
obs	0.2494	74972	98.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.624→49.706 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46488	0	384	0	46872

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	47904
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.814	64716
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.157	28464
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	6972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	8400

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6237-3.6695	0.4298	62	0.3294	2430	X-RAY DIFFRACTION	88
3.6695-3.7178	0.3761	133	0.3222	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7178-3.7687	0.3647	158	0.31	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7687-3.8225	0.3433	134	0.2943	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8225-3.8795	0.3936	143	0.2998	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8795-3.9401	0.372	145	0.2984	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9401-4.0047	0.3444	135	0.2925	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0047-4.0737	0.3565	156	0.2832	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0737-4.1478	0.3389	169	0.2966	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1478-4.2275	0.3323	145	0.2758	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2275-4.3138	0.3305	152	0.2566	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3138-4.4075	0.3268	153	0.2648	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4075-4.51	0.298	122	0.2513	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
4.51-4.6227	0.3293	131	0.2447	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6227-4.7476	0.363	138	0.2404	2628	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7476-4.8871	0.2921	145	0.2298	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8871-5.0447	0.2953	140	0.2498	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0447-5.2249	0.3142	151	0.2469	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2249-5.4338	0.3716	163	0.2624	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4338-5.6808	0.2905	155	0.2572	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6808-5.9798	0.4057	115	0.2745	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9798-6.3538	0.3242	142	0.2684	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3538-6.8432	0.3333	117	0.2465	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8432-7.5297	0.3278	145	0.2324	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
7.5297-8.6144	0.2594	138	0.1948	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
8.6144-10.8347	0.2127	133	0.1641	2615	X-RAY DIFFRACTION	97
10.8347-49.7108	0.2763	131	0.2216	2620	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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