PDB-6dgk: Crystal Structure of the Non-Structural Protein 1 (NS1) effector ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dgk

タイトル

Crystal Structure of the Non-Structural Protein 1 (NS1) effector domain W187A mutant from the A/Brevig Mission/1/1918 (H1N1) strain of Influenza A Virus

要素

Non-structural protein 1

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Influenza (インフルエンザ) / NS1 / effector domain / W187A

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus /

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kleinpeter, A.B. / Green, T.J. / Petit, C.M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1R01AI116738	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1R01AI134693	米国

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural analyses reveal the mechanism of inhibition of influenza virus NS1 by two antiviral compounds.
著者: Kleinpeter, A.B. / Jureka, A.S. / Falahat, S.M. / Green, T.J. / Petit, C.M.

履歴

登録	2018年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dgk.cif.gz	115.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dgk.ent.gz	89.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dgk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/6dgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/6dgk	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3o9r-d 1wcw-d 4pt1-d 2mkh-d 2ohw-d 1wcx-d 2w3h-d 3kfv-d 6cx3-d 3d8n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Non-structural protein 1

B: Non-structural protein 1

27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Non-structural protein 1

B: Non-structural protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.785, 69.744, 104.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Non-structural protein 1 / NS1 / NS1A 分子量: 13486.564 Da / 分子数: 2 / 断片: effector domain / 変異: W187A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / 遺伝子: NS / プラスミド: pET SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star / 参照: UniProt: Q99AU3
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Non-structural protein 1 / NS1 / NS1A

分子量: 13486.564 Da / 分子数: 2 / 断片: effector domain / 変異: W187A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / 遺伝子: NS / プラスミド: pET SUMO / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star / 参照: UniProt: Q99AU3

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 30% PEG 3350, 0.2M di-Ammonium tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→29.67 Å / Num. obs: 19479 / % possible obs: 98.71 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.85 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 54.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / R_merge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 8.99 / Num. unique obs: 1905 / CC_1/2: 0.759 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.266 / % possible all: 98.45

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→29.67 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	1452	7.46 %
R_work	0.1697	-	-
obs	0.173	19474	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.55 Å² / B_iso mean: 37.2713 Å² / B_iso min: 11.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→29.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1886	0	0	208	2094
B_iso mean	-	-	-	42.29	-
残基数	-	-	-	-	240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.797	2586
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	302
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.855	1174

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9679	0.2967	143	0.2167	1761	1904	98
1.9679-2.0467	0.2562	142	0.2122	1777	1919	98
2.0467-2.1398	0.2616	142	0.1864	1762	1904	99
2.1398-2.2526	0.2229	142	0.1825	1764	1906	99
2.2526-2.3937	0.2374	144	0.1744	1787	1931	99
2.3937-2.5784	0.215	146	0.1887	1798	1944	99
2.5784-2.8377	0.2178	144	0.1825	1790	1934	99
2.8377-3.2479	0.2339	147	0.1772	1830	1977	99
3.2479-4.0902	0.1976	148	0.1508	1854	2002	99
4.0902-29.6739	0.1732	154	0.1479	1899	2053	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4681	-0.1408	-0.5532	9.2598	-0.5016	7.2963	-0.1026	-0.1488	0.1515	0.2028	0.3469	0.1075	0.1708	0.0895	-0.2111	0.1407	0.0325	-0.0016	0.1767	-0.0195	0.1714	-0.2114	-0.6735	-13.8923
2	5.4594	0.4978	-0.1694	4.6146	-5.68	6.784	-0.7532	-1.6678	-0.4631	1.4576	1.0537	0.3202	-0.1674	-0.3556	0.1098	0.579	0.1028	-0.0081	0.6247	0.1256	0.2645	0.1856	-14.5746	-0.5014
3	3.7618	3.7615	-2.4357	6.6597	-4.971	4.9647	-0.7448	-1.6293	-1.0994	0.0023	-0.269	-1.3768	1.1426	1.4261	0.8018	0.4088	0.1871	0.0265	0.5366	0.1389	0.4549	10.0246	-17.2316	-7.1078
4	3.8223	1.3726	-0.5287	8.4232	-2.1023	4.5737	0.1784	-0.4252	0.0103	-0.0107	0.0552	0.791	0.6985	-0.1365	-0.1339	0.232	-0.0066	-0.0132	0.1957	0.0266	0.1725	-1.2238	-15.6752	-12.88
5	2.8631	2.3768	-0.3641	3.9546	0.5712	6.2826	0.0286	-0.0309	0.0127	-0.6091	0.3705	-0.4412	-0.606	0.3111	-0.2048	0.3079	-0.0095	0.1818	0.2992	0.0283	0.3694	8.8644	0.0431	-25.7526
6	2.7161	-2.8905	-0.3858	3.6873	-2.0407	6.8412	0.2581	-0.4953	0.3861	0.4858	0.322	0.9693	-0.0606	-0.369	-0.2951	0.153	0.0228	-0.0023	0.1922	0.0225	0.3096	0.2231	-11.8097	-9.977
7	5.5929	-0.988	4.6734	0.9626	-0.1938	4.2643	0.0526	-0.8177	0.9146	0.2448	-0.3115	-1.1318	-0.0565	1.0546	0.3521	0.3874	-0.1305	0.0119	0.65	0.0257	0.9422	17.7277	-7.0487	-11.5187
8	4.4655	-1.7754	1.3034	5.9788	-1.3681	5.252	0.0575	0.1898	-0.3495	-0.5082	0.1175	0.0894	1.1142	0.1188	-0.0604	0.4465	0.065	-0.002	0.1571	-0.043	0.222	4.3721	-19.7342	-16.6832
9	7.3817	-0.1189	-4.5891	6.0088	3.9798	5.3784	-0.0906	0.7757	0.4468	-0.7031	0.1966	0.0881	-0.1259	-0.2005	-0.1867	0.3231	0.02	0.0136	0.2867	0.005	0.2282	4.2652	-9.8987	-26.9089
10	6.144	1.4043	-0.5629	7.5589	-0.968	7.2869	-0.1108	-0.0348	-0.0933	-0.3215	0.2889	0.106	0.02	-0.3755	-0.1195	0.1563	-0.0511	0.0008	0.1425	0.0019	0.1668	0.559	-31.2457	-38.6027
11	4.1032	2.2496	-1.5448	4.4953	-5.4781	6.9963	-0.3626	0.3936	0.399	-1.1353	-0.1911	0.251	0.3787	-0.0394	0.4507	0.4234	0.0295	-0.0572	0.4777	0.0418	0.3528	1.5682	-17.9665	-52.503
12	6.2047	-3.5956	2.2349	5.4147	1.3388	2.9751	0.8471	-0.3173	1.129	-0.158	-1.276	-0.1723	-1.0424	0.2511	-0.7266	0.3617	-0.2706	-0.0583	0.9432	0.5031	0.4836	12.7059	-13.2992	-46.7683
13	7.8286	-1.1565	2.5046	4.9239	-3.0282	8.1573	0.104	1.4662	0.8518	0.1517	-0.6571	-0.351	-0.7353	0.5734	0.3146	0.2844	-0.0823	-0.0077	0.3021	0.1076	0.2572	4.8584	-12.4063	-45.5912
14	8.6687	-4.4141	4.7716	2.8078	-3.4462	6.5051	-0.0142	0.2225	-0.1747	0.4352	0.0748	0.4406	-0.2656	-0.1661	-0.1366	0.0813	-0.0051	0.0336	0.1753	0.0045	0.1712	0.9275	-22.4775	-36.0568
15	7.2779	-1.8577	3.8464	6.0275	-1.4413	2.0866	0.1813	-0.0555	0.2067	0.7813	0.611	-0.1055	1.1601	0.2916	-0.1647	0.3727	0.0513	-0.0988	0.3117	0.0334	0.2755	9.0838	-31.812	-26.3998
16	3.7392	-0.0295	2.1998	6.5425	-2.2354	5.9821	0.0162	0.2478	0.1145	-0.4055	0.0114	0.2831	0.0275	-0.0932	0.053	0.1418	-0.027	-0.0241	0.1769	0.0038	0.1659	1.3254	-20.3654	-42.8406
17	1.1695	1.3351	-1.9988	4.5229	-5.4275	6.8018	-0.4848	1.182	-1.0771	-0.6162	-0.3453	-1.4797	1.3899	2.7418	0.2729	0.4245	0.0955	0.1517	1.0023	-0.0811	0.6848	18.4203	-25.7894	-39.658
18	3.6018	-0.9072	-0.8839	8.8843	-3.6054	6.8954	0.0223	-0.0663	0.566	0.4856	-0.0174	0.0168	-0.8315	0.1733	-0.0268	0.3009	-0.0436	0.0031	0.133	-0.0339	0.1652	5.1007	-12.3165	-36.1666
19	5.4944	1.8603	4.9537	8.2527	1.7931	4.5617	-0.1121	-0.4505	-0.0431	1.1301	0.4981	0.5982	0.1563	-0.2746	-0.2818	0.289	0.0723	0.0155	0.2966	0.0099	0.1941	4.5259	-21.8783	-25.8428

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 86 through 99 )	A	86 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 100 through 106 )	A	100 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 107 through 120 )	A	107 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 121 through 136 )	A	121 - 136
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 137 through 143 )	A	137 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 144 through 162 )	A	144 - 162
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 163 through 170 )	A	163 - 170
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 171 through 195 )	A	171 - 195
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 196 through 205 )	A	196 - 205
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 86 through 99 )	B	86 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 100 through 106 )	B	100 - 106
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 107 through 112 )	B	107 - 112
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 113 through 126 )	B	113 - 126
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 127 through 136 )	B	127 - 136
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 137 through 143 )	B	137 - 143
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 144 through 162 )	B	144 - 162
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 163 through 170 )	B	163 - 170
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 171 through 195 )	B	171 - 195
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 196 through 205 )	B	196 - 205

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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