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- PDB-6dfy: Remodeled crystal structure of DNA-bound DUX4-HD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dfy
タイトルRemodeled crystal structure of DNA-bound DUX4-HD2
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*A)-3')
  • Double homeobox protein 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DUX4-RESPONSIVE-ELEMENT / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation ...negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix motif / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Double homeobox protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.623 Å
データ登録者Aihara, H. / Shi, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103403 米国
引用ジャーナル: Leukemia / 年: 2018
タイトル: Comment on structural basis of DUX4/IGH-driven transactivation.
著者: Aihara, H. / Shi, K. / Lee, J.K. / Bosnakovski, D. / Kyba, M.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Double homeobox protein 4
E: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*A)-3')
D: Double homeobox protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1294
ポリマ－23,1294
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.610, 51.610, 166.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-101-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Double homeobox protein 4 / Double homeobox protein 10


分子量: 7286.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DOUBLE HOMEOBOX PROTEIN 4 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUX4, DUX10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBX2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量: 4342.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 4213.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9747 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9747 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→83.3 Å / Num. obs: 7363 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.62→2.76 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1026 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3139: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5z2t

5z2t


解像度: 2.623→49.297 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2794 341 4.69 %
Rwork0.2457 --
obs0.2475 7266 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.623→49.297 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数857 551 0 12 1420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9732123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.661799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6231-3.30470.41731650.34653360X-RAY DIFFRACTION99
3.3047-49.30610.24631760.21943565X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8398-1.52514.28993.95450.69337.6819-0.47760.45061.23.1748-0.31150.7520.50880.0011.61861.47050.09660.07771.73780.08010.97537.7353-0.4962183.9563
26.6055-4.43571.65816.245-0.75890.45350.0701-3.3314-0.68230.16730.27721.90450.0908-0.2847-0.10860.5596-0.3221-0.11751.45530.22540.9159.1616-10.9352180.5434
38.7515-1.3061-3.26393.21564.92448.23920.42660.1904-1.5944-0.2633-1.5948-0.0414-0.2562-0.51240.86220.58990.0091-0.14080.89490.19670.828714.2067-15.0056176.4424
44.79654.9733-5.59725.695-6.00436.7118-1.6493-1.2153-1.78130.4658-0.221-0.38091.97820.54222.09231.4982-0.0286-0.02141.1588-0.11780.99617.9654-16.1389171.866
52.83411.8763-1.4443.58552.66976.3417-1.48771.79830.7725-1.64590.75690.1755-0.7499-1.21850.40591.5214-0.5805-0.04951.13260.01580.499316.8357-8.6582165.8944
60.8435-0.564-2.63752.31462.02628.2871-0.01940.0427-0.0113-0.2006-0.15950.1064-0.5998-0.72820.03341.3458-0.5693-0.65751.50430.57920.808810.1877-6.4665166.0077
75.97682.8413.07671.99972.74419.5872-0.98731.55780.7274-2.3013-0.83361.3690.9484-1.46940.58871.6797-0.639-0.63551.29190.30481.28684.8143-8.9571170.6362
85.3607-1.8763-0.16053.0336-1.84481.5237-0.5323-0.22340.7142-0.66050.05150.5084-0.4788-0.71670.27850.7847-0.0833-0.48941.5544-0.12891.57087.5278-2.5216173.9413
95.2368-3.17922.95478.10692.99065.37180.7545-1.22570.9091-0.442-0.772-0.0871-0.1628-0.2869-0.43271.1236-0.6-0.01880.98460.0860.500613.3927-1.3063173.6016
104.59073.20734.10512.62652.99433.725-0.0286-0.6544-0.5023-0.79950.0617-0.29040.456-0.723-0.070.3868-0.0157-0.06270.5376-0.07930.576618.9778-5.9096176.028
111.9998-6.803-6.73476.53780.5337.24210.1118-3.6159-0.97940.7160.6472-2.04970.6458-0.2834-0.60970.6599-0.1673-0.06890.74550.08830.840625.05-9.0736177.7427
121.2143-0.09230.61523.91371.20183.22720.193-0.0675-0.011-0.45450.94090.23922.5035-0.42430.35761.39710.3544-0.01812.10860.25160.583737.44680.9204203.3329
138.9062-5.69426.71063.9463-4.27065.05780.1815-1.2367-0.55010.2336-0.48-0.3054-0.09890.1183-0.08710.72040.2689-0.25692.0898-0.58861.314940.33518.1255203.3712
147.1555-4.9076-3.65714.09324.74978.9846-0.11652.98311.018-0.97662.0544-2.2454-0.03184.0233-2.07330.8458-0.0941-0.07231.7067-0.31991.278238.806812.9557199.4973
156.26-5.9431.88336.4786-4.25578.8782-1.5224-0.69682.59580.0880.4563-1.5303-1.7410.10050.99011.4443-0.35730.2071.4007-0.4091.550936.641617.3187196.5931
167.45793.1625-7.07221.3695-3.26939.24470.56520.93942.3669-0.250.8875-0.35510.054-1.184-1.12981.3569-0.7565-0.43521.53860.20081.761433.716916.9557189.9065
178.3115-0.3133-4.09322.0724-0.48032.2107-0.46120.9054-0.0546-0.74690.85040.140.502-0.8449-0.07611.096-0.64620.29861.8667-0.20320.793239.612510.1945185.2144
185.824-4.0441-2.95172.80812.04991.4955-0.38041.4381-0.9384-0.498-0.4177-0.63870.4103-0.208-0.10680.6541-0.54290.32621.7743-0.22141.253742.50738.2042189.0099
197.3237.9343-0.5371.99952.85157.1751-1.32033.0808-0.4935-1.8842-0.366-2.3085-0.7871-0.06290.99590.77050.08720.13882.38420.61851.373946.57457.3178194.4321
201.0242-1.33391.72743.3368-2.84583.7241-0.4405-1.02190.0881-0.58140.0315-2.5022-0.25880.40420.19060.67240.01760.05391.44690.16621.236941.13431.6275192.8954
214.77470.2007-5.1829.37523.11636.81130.2358-0.9894-2.221-0.59241.7303-1.34061.07382.5977-1.80110.7488-0.0999-0.24051.282-0.03970.932236.00592.52191.9931
223.45162.2976-2.25442.50361.08078.3386-0.4678-0.17020.0458-1.25031.25990.9422-0.9231-0.5552-0.59470.6972-0.1309-0.34070.53890.16311.063431.87867.0103193.3367
232.84482.6162-3.66357.3418-1.65545.864-0.41270.11242.0299-0.45280.3917-0.0717-0.44391.64240.25990.6258-0.205-0.33380.9448-0.00360.825327.467910.1471194.6933
244.35881.4425-2.13061.92730.2681.69470.52790.02261.8453-0.23070.0486-0.8569-0.04240.0311.82170.60310.50460.03641.7355-0.10640.986624.989712.1301198.0308
256.42325.59834.94835.42143.27138.0745-0.1714-0.1136-1.17310.11651.1204-0.5211-1.08240.1104-0.6220.9479-0.10140.00410.9540.09190.781127.65141.7359200.7634
262.4134-1.6921-1.17696.9081-3.81544.52510.60650.0591-1.5234-0.02690.9211-0.25541.8378-0.4699-1.71411.1863-0.3109-0.30870.9668-0.11250.825821.7861-2.8494186.9808
276.41692.8162-7.11225.3786-5.92459.81580.95191.37411.1969-1.48840.44370.0476-1.703-0.0487-1.2921.2576-0.37340.32631.159-0.15790.862826.22856.4204171.416
283.9328-2.9892.27373.9099-0.35642.97891.3718-0.6855-0.3221-1.25980.0030.8238-1.0685-1.0056-1.36711.031-0.00290.24090.89050.20520.914423.2099-0.9299165.4274
295.42455.66575.83695.99456.07146.36890.68420.2819-1.20790.409-0.0666-2.1852-0.22180.7101-0.53880.8478-0.1527-0.05631.0646-0.13210.963829.90472.9816178.7718
307.3196-5.89554.81797.5363-7.25077.38470.1892-1.5741-0.72660.79930.96111.3491-0.5786-2.3269-1.17440.8336-0.1783-0.08261.57860.11980.849419.11162.3689192.131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain C and resid 9:13)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain C and resid 14:20)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 21:24)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain C and resid 25:28)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 29:32)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 33:36)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 37:41)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 42:46)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 47:50)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 51:56)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 57:61)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 10:13)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 14:17)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 18:21)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 22:25)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 26:29)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 30:34)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 35:38)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 39:42)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 43:46)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain D and resid 47:50)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 51:54)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 55:58)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 59:61)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain E and resid 2:5)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain E and resid 6:9)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain E and resid 10:15)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain F and resid 12:15)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain F and resid 16:19)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain F and resid 20:24)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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