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- PDB-6dfe: The structure of a ternary complex of E. coli WaaC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dfe
タイトルThe structure of a ternary complex of E. coli WaaC
要素ADP-heptose--LPS heptosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / llipopolysaccharide heptosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide heptosyltransferase I / lipopolysaccharide heptosyltransferase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide heptosyltransferase I / : / Glycosyl transferase, family 9 / Glycosyltransferase family 9 (heptosyltransferase) / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GA7 / Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Blaukopf, M. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Insights into Heptosyltransferase I Catalysis and Inhibition through the Structure of Its Ternary Complex.
著者: Blaukopf, M. / Worrall, L. / Kosma, P. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.
履歴
登録2018年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-heptose--LPS heptosyltransferase
B: ADP-heptose--LPS heptosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6976
ポリマ－72,4852
非ポリマー3,2124
水93752
1
A: ADP-heptose--LPS heptosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8493
ポリマ－36,2421
非ポリマー1,6062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-heptose--LPS heptosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8493
ポリマ－36,2421
非ポリマー1,6062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.820, 92.330, 94.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 321 / Label seq-ID: 1 - 321

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 ADP-heptose--LPS heptosyltransferase / Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1 / Lipopolysaccharide heptosyltransferase RfaC


分子量: 36242.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: AL530_003015, AZZ83_001895, C1N95_02680, CT143_12860, CT146_13830, WM48_19965
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A152KUZ3
#2: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1024.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_1*OPO/3O/3=O_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_4*OPO/3O/3=O][Aad1122h-2a_2-6]/1-2-3-3/a6-b1_b6-c2_c4-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][P]{[(0+1)][a-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+0)][P]{}[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GA7 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R)-1-{(2S,3S,4R,5S,6R)-6-[(1S)-1,2-dihydroxyethyl]-3,4,5-trihydroxytetrahydro-2H-pyran-2-yl}propan-2-yl hydrogen (R)-phosphate (non-preferred name) / アデノシン5′-[りん酸(R)-1-メチル-2-[(6S)-6-(ヒドロキシメチル)-β-D-マンノピラノシル]エチル]


分子量: 581.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32N5O13P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Hepes (pH 7.0), 15% (w/v) PEG 1500, 100 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→40.09 Å / Num. obs: 31688 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 17.8 / Num. measured all: 223845
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.31-2.395.80.90729990.7940.4130.99997.9
8.95-40.096.30.0216250.9990.0090.02398.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2h1h

2h1h


解像度: 2.31→40.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.758 / SU ML: 0.202 / SU R Cruickshank DPI: 0.3792 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.244
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 1571 5 %RANDOM
Rwork0.2063 ---
obs0.2082 30063 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.77 Å2 / Biso mean: 46.925 Å2 / Biso min: 22.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.44 Å20 Å20 Å2
2---1.55 Å20 Å2
3----2.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→40.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5066 0 212 52 5330
Biso mean--75.85 36.58 -
残基数----647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7361.9857369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.011311575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7825645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26823.191235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.13115853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4781540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021109
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 20564 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 119 -
Rwork0.324 2123 -
all-2242 -
obs--97.14 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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