PDB-6de8: Crystal Structure of Bifunctional Enzyme FolD-Methylenetetrahydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6de8

タイトル

Crystal Structure of Bifunctional Enzyme FolD-Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase/Cyclohydrolase from Campylobacter jejuni

要素

Bifunctional protein FolD

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MTHFDC / alpha-beta-fold / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / L-histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.104 Å

データ登録者

Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Zhang, R. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Bifunctional Enzyme FolD-Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase/Cyclohydrolase from Campylobacter jejuni
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Zhang, R. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6de8.cif.gz	233.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6de8.ent.gz	187.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6de8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6de8_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6de8_full_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示
XML形式データ	6de8_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	6de8_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/6de8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/6de8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ecp-d 6ecq-d 1a4i-d 3p2o-d 1dia-d 4a26-d 1dig-d 1dib-d 6ape-2 4wbo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional protein FolD

B: Bifunctional protein FolD

ヘテロ分子

64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Bifunctional protein FolD

B: Bifunctional protein FolD

ヘテロ分子

A: Bifunctional protein FolD

B: Bifunctional protein FolD

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.887, 59.253, 73.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.44, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional protein FolD 分子量: 30984.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター) 株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: folD, Cj0855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 magic 参照: UniProt: Q0PA35, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase

#1: タンパク質

Bifunctional protein FolD

分子量: 30984.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: folD, Cj0855 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 magic
参照: UniProt: Q0PA35, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase

-
非ポリマー , 5種, 419分子

#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M potassium iodide, 20 % (v/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97901 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 40403 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.92 Å² / CC_1/2: 0.651 / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.881 / Num. unique obs: 2008 / CC_1/2: 0.651 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.104→42.77 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 22.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2259	2037	5.04 %
R_work	0.1894	-	-
obs	0.1912	40385	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.104→42.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4236	0	31	398	4665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4296
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.465	5806
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.948	2656
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	730

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1045-2.1534	0.2923	122	0.251	2413	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1534-2.2073	0.2978	123	0.2478	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2073-2.267	0.3466	157	0.2789	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.267-2.3337	0.2843	116	0.237	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3337-2.409	0.2496	136	0.2154	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.409-2.4951	0.2795	115	0.2081	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4951-2.595	0.2479	141	0.2045	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.595-2.713	0.2372	132	0.2121	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.856	0.2569	145	0.2102	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.856-3.0349	0.2655	137	0.2008	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0349-3.2692	0.2384	156	0.197	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2692-3.598	0.2087	127	0.1825	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.598-4.1183	0.19	127	0.1587	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1183-5.1872	0.1726	143	0.1473	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1872-42.779	0.1963	160	0.1722	2611	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4712	3.4054	0.023	3.4093	1.1796	1.3252	0.3333	-0.46	0.1607	0.3263	-0.3246	0.2414	-0.0559	-0.2567	-0.0333	0.2369	0.0098	0.0289	0.3519	-0.0501	0.3172	6.9269	-2.6548	28.1347
2	3.3817	-0.7055	-0.1549	1.5627	0.2281	1.7921	0.0605	-0.2058	0.0005	0.1053	-0.0065	-0.0114	-0.0007	0.0816	-0.0624	0.259	-0.0176	-0.0128	0.2096	0.0133	0.2045	24.6337	-16.4185	22.6719
3	0.6315	-0.641	-1.2248	1.6975	1.3048	2.0412	0.1014	-0.1125	0.1292	-0.0059	-0.0647	0.0423	-0.2367	-0.0881	0.1316	0.2781	0.0191	0.0052	0.2448	-0.0012	0.2619	15.7786	-1.9456	12.2179
4	1.8041	0.2344	-0.6111	1.0595	-0.059	2.685	0.2076	-0.1755	0.3163	0.1288	-0.0756	0.0288	-0.369	0.0853	-0.12	0.2891	-0.0415	0.0544	0.2091	-0.0248	0.2513	24.5876	12.863	19.0749
5	3.5352	3.5502	1.1745	7.2331	2.2984	3.2136	0.1403	0.0417	-0.064	-0.3918	-0.1828	0.2825	-0.2159	-0.2726	0.1662	0.2189	0.0543	-0.0152	0.3367	0.0074	0.2543	12.0805	-8.2541	21.3574
6	1.0868	-1.3776	-1.0081	2.1831	1.0546	0.7644	0.0712	0.0975	0.0289	-0.2692	-0.0262	-0.2067	-0.083	0.1087	-0.0914	0.2452	-0.002	-0.0059	0.3538	0.0233	0.2195	39.74	-3.2072	-19.777
7	5.1629	0.3527	-0.4621	1.8272	-0.2379	3.3795	0.0098	0.3068	0.2791	-0.118	-0.0235	0.2563	-0.0692	-0.2515	-0.0134	0.2008	0.0149	-0.0387	0.2025	-0.0111	0.251	18.4051	-11.6215	-16.115
8	1.5129	1.7543	-1.7054	2.3406	-1.8571	1.5851	0.1819	-0.0772	-0.179	0.139	-0.2106	-0.0558	-0.1864	0.0616	0.1371	0.2297	-0.0262	-0.012	0.2633	-0.003	0.2704	31.5477	-1.9664	-3.9464
9	2.2733	-0.0145	-1.5563	1.9122	-0.5899	2.6705	0.1691	0.3378	0.3452	-0.0989	0.0505	0.1614	-0.3126	-0.2683	-0.1795	0.3048	0.0304	0.0094	0.2741	0.0273	0.2874	27.097	15.0808	-7.1402
10	4.4414	-2.4258	0.3171	2.0676	-1.5301	4.4847	-0.0826	-0.2442	-0.3083	0.2014	0.0739	-0.0471	-0.0967	0.2358	-0.0114	0.2153	-0.0098	0.0194	0.3846	0.0018	0.2469	32.7689	-7.9914	-13.6067

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 120 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 121 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 260 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 261 through 281 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid -1 through 26 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 27 through 120 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 121 through 150 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 151 through 260 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 261 through 281 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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