PDB-6ddq: Crystal structure of the double mutant (R39Q/D52N) of the full-le...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ddq

タイトル

Crystal structure of the double mutant (R39Q/D52N) of the full-length NT5C2 in the basal state

要素

Cytosolic purine 5'-nucleotidase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / dGMP metabolic process / negative regulation of defense response to virus by host / : / dGMP catabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. / Tong, L.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA206501	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P30CA013696	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	S10OD012018	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	T32-CA09503	米国

引用

ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2018
タイトル: Structure and Mechanisms of NT5C2 Mutations Driving Thiopurine Resistance in Relapsed Lymphoblastic Leukemia.
著者: Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Forouhar, F. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Tong, L. / Ferrando, A.A.

履歴

登録	2018年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2022年5月11日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ddq.cif.gz	444 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ddq.ent.gz	361.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ddq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6ddq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6ddq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dd3C 6ddbC 6ddcC 6ddhC 6ddkSC 6ddlC 6ddoC 6ddxC 6ddyC 6ddzC 6de0C 6de1C 6de2C 6de3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ddo-1 6ddk-1 1633 2qjp-2 6ai6-d 5xb7-2 4256 4n76-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

B: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

B: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

B: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, crystal structure also suggests tetrameric assembly.
269 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.530, 171.054, 122.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-890- HOH

#1: タンパク質	Cytosolic purine 5'-nucleotidase / Cytosolic 5'-nucleotidase II 分子量: 66926.672 Da / 分子数: 2 / 変異: R39Q, D52N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / プラスミド: pLOC_NT5C2 / Cell (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 10% (w/v) PEG 3350, and 200 mM L-proline

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→42.764 Å / Num. obs: 55929 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 32.3 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 0.73 / Net I/av σ(I): 16.2 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.31→2.37 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4 / CC_1/2: 0.93 / R_pim(I) all: 0.15 / R_rim(I) all: 0.56 / Χ²: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7_650	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
COMO		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DDK

6ddk

解像度: 2.31→42.764 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	5632	10.07 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.1632	55929	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / B_sol: 44.434 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.5638 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.8664 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.6974 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→42.764 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8144	0	28	782	8954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	11309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.027	3088
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1438

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.31-2.3363	0.2581	175	0.1833	1700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3363-2.3638	0.3225	185	0.194	1621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3638-2.3926	0.2623	171	0.2071	1682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3926-2.4229	0.3034	183	0.196	1652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4229-2.4547	0.2808	173	0.1927	1670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4547-2.4884	0.2589	183	0.1827	1662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4884-2.5239	0.2666	183	0.1754	1652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5239-2.5616	0.2692	182	0.1768	1699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5616-2.6016	0.2717	198	0.1661	1627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6016-2.6443	0.2466	182	0.173	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6443-2.6898	0.2319	194	0.1715	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6898-2.7387	0.2472	178	0.1584	1652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7387-2.7914	0.2192	182	0.1606	1666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7914-2.8484	0.2426	182	0.1629	1670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8484-2.9103	0.2344	208	0.1654	1670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9103-2.978	0.2345	192	0.1613	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.978-3.0524	0.2452	170	0.1636	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0524-3.1349	0.247	196	0.1673	1654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1349-3.2272	0.2435	200	0.1618	1663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2272-3.3313	0.2366	184	0.1635	1666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3313-3.4503	0.2158	197	0.1547	1674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4503-3.5884	0.1864	170	0.1525	1720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5884-3.7516	0.211	206	0.1478	1655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7516-3.9493	0.1691	195	0.138	1659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9493-4.1965	0.199	190	0.1298	1696	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1965-4.5202	0.1642	201	0.1157	1673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5202-4.9745	0.1768	183	0.1268	1702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9745-5.6928	0.1937	186	0.1539	1720	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6928-7.1669	0.2237	204	0.1821	1723	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1669-42.7708	0.2028	199	0.1696	1780	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.4832 Å / Origin y: 56.2069 Å / Origin z: 27.8881 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0776 Å²	-0.0102 Å²	-0.0013 Å²	-	0.1157 Å²	0.0033 Å²	-	-	0.0992 Å²
L	0.054 °²	-0.0137 °²	-0.0248 °²	-	0.3367 °²	-0.0147 °²	-	-	0.1994 °²
S	0.0269 Å °	-0.0011 Å °	-0.0127 Å °	-0.019 Å °	-0.037 Å °	-0.046 Å °	-0.0455 Å °	0.0357 Å °	-0.0006 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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