PDB-6dd7: Crystal structure of plant UVB photoreceptor UVR8 from in situ se...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dd7

タイトル

Crystal structure of plant UVB photoreceptor UVR8 from in situ serial Laue diffraction

要素

Ultraviolet-B receptor UVR8

キーワード

GENE REGULATION / photoreceptor / Laue diffraction / serial crystallography / in situ diffraction

機能・相同性

機能・相同性情報

entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ren, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Lab Chip / 年: 2018
タイトル: Crystal-on-crystal chips for in situ serial diffraction at room temperature.
著者: Ren, Z. / Ayhan, M. / Bandara, S. / Bowatte, K. / Kumarapperuma, I. / Gunawardana, S. / Shin, H. / Wang, C. / Zeng, X. / Yang, X.

履歴

登録	2018年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dd7.cif.gz	585.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dd7.ent.gz	481.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dd7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6dd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6dd7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dd6C 4naaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nc4-1 4dnv-2 4nbm-1 4dnu-1 4naa-2 4dnw-d 4naa-1 4dnv-1 4nc4-2 4nbm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ultraviolet-B receptor UVR8

B: Ultraviolet-B receptor UVR8

C: Ultraviolet-B receptor UVR8

D: Ultraviolet-B receptor UVR8

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ultraviolet-B receptor UVR8

D: Ultraviolet-B receptor UVR8

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
81.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ultraviolet-B receptor UVR8

C: Ultraviolet-B receptor UVR8

登録者が定義した集合体
81.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.200, 80.300, 190.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-667- HOH
2	1	C-650- HOH
3	1	D-591- HOH

#1: タンパク質	Ultraviolet-B receptor UVR8 / Protein UV-B RESISTANCE 8 / RCC1 domain-containing protein UVR8 分子量: 40875.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: UVR8, At5g63860, MGI19.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FN03
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 988 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 9.2 詳細: 3.5 mg/mL protein, 7-10% PEG 8000, 50 mM MgCl2, and 50 mM tris buffer at pH 9.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 294 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1-1.25

検出器

タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月24日 / 詳細: KB mirrors

放射

プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.25	1

反射

解像度: 2→100 Å / Num. obs: 99141 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

解像度: 2→2.1 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
Precognition		データ削減
Epinorm		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4naa

4naa

解像度: 2→47.333 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 43.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3281	4938	5.06 %
R_work	0.2535	-	-
obs	0.2574	97644	86.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.333 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11172	0	0	988	12160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11440
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.054	15508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.245	6528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1628
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2032

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.464	54	0.3462	847	X-RAY DIFFRACTION	24
2.0227-2.0465	0.3689	49	0.3702	1296	X-RAY DIFFRACTION	37
2.0465-2.0715	0.4181	100	0.3686	1723	X-RAY DIFFRACTION	48
2.0715-2.0977	0.3771	103	0.3533	2140	X-RAY DIFFRACTION	60
2.0977-2.1253	0.4183	128	0.3285	2511	X-RAY DIFFRACTION	70
2.1253-2.1544	0.3988	157	0.3235	2674	X-RAY DIFFRACTION	77
2.1544-2.1852	0.3867	148	0.3436	2944	X-RAY DIFFRACTION	83
2.1852-2.2178	0.365	165	0.3613	3143	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2178-2.2525	0.3788	150	0.3727	3171	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2525-2.2894	0.4323	197	0.3663	3281	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2894-2.3289	0.4202	174	0.3633	3291	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3289-2.3712	0.4206	169	0.3552	3443	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3712-2.4168	0.3878	200	0.3376	3366	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4168-2.4662	0.4114	201	0.3261	3412	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4662-2.5198	0.3921	182	0.3145	3439	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5198-2.5784	0.3602	180	0.3136	3456	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5784-2.6429	0.3718	178	0.3038	3505	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6429-2.7143	0.389	182	0.3054	3460	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7143-2.7942	0.375	169	0.2939	3462	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7942-2.8844	0.3796	173	0.2909	3549	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8844-2.9875	0.353	185	0.281	3490	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9875-3.107	0.3644	195	0.2528	3437	X-RAY DIFFRACTION	97
3.107-3.2484	0.3341	192	0.2269	3443	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2484-3.4196	0.3091	198	0.2055	3455	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4196-3.6338	0.2708	182	0.1776	3476	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6338-3.9143	0.2746	188	0.1652	3444	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9143-4.3079	0.2287	189	0.1539	3517	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3079-4.9307	0.2251	176	0.1523	3529	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9307-6.21	0.2471	181	0.1575	3531	X-RAY DIFFRACTION	97
6.21-47.3466	0.2419	193	0.1799	3271	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4226	-0.5071	-0.5681	1.4531	-0.6678	1.2516	0.1493	-0.1388	0.3826	-0.0592	-0.0477	-0.1742	-0.1203	0.1111	-0.0971	0.324	-0.0974	0.0462	0.7432	-0.0949	0.5117	130.1382	-12.6289	21.9048
2	1.6907	-0.4102	-0.3551	0.9641	-0.3996	1.4353	0.0457	0.1841	0.186	-0.1326	-0.0409	0.0476	-0.2723	-0.2359	0.0076	0.2224	0.0665	-0.0254	0.2123	0.0203	0.1912	84.0915	-10.0205	72.9272
3	1.4015	0.1238	-0.0716	0.8763	0.0681	1.1623	0.0495	0.1015	-0.1104	-0.1666	-0.0385	-0.1861	-0.0214	0.122	-0.0201	0.1541	0.0451	0.0268	0.2387	0.0217	0.1566	113.473	-25.792	71.6577
4	-0.0263	-0.214	-0.1136	0.7055	0.0484	1.408	0.0261	0.1959	0.0961	-0.1012	0.1116	0.0654	-0.0649	-0.3158	-0.1302	0.2909	-0.0302	0.021	0.8515	0.0089	0.4581	100.754	-28.3792	22.977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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