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- PDB-6dd6: Crystal structure of bacterial (6-4) photolyase PhrB from in situ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dd6
タイトルCrystal structure of bacterial (6-4) photolyase PhrB from in situ serial Laue diffraction
要素Photolyase PhrB
キーワードLYASE / DNA repair / Laue diffraction / serial crystallography / in situ diffraction
機能・相同性
機能・相同性情報


(6-4)DNA photolyase / DNA (6-4) photolyase activity / photoreactive repair / FAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / lyase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyribodipyrimidine photolyase-related / Photolyase PhrB-like / : / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase-related protein / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold ...Deoxyribodipyrimidine photolyase-related / Photolyase PhrB-like / : / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase-related protein / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DLZ / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / (6-4) photolyase / (6-4) photolyase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ren, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01EY024363 米国
引用ジャーナル: Lab Chip / 年: 2018
タイトル: Crystal-on-crystal chips for in situ serial diffraction at room temperature.
著者: Ren, Z. / Ayhan, M. / Bandara, S. / Bowatte, K. / Kumarapperuma, I. / Gunawardana, S. / Shin, H. / Wang, C. / Zeng, X. / Yang, X.
履歴
登録2018年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photolyase PhrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6874
ポリマ－59,2241
非ポリマー1,4633
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.700, 106.800, 57.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Photolyase PhrB


分子量: 59223.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: SY94_4724 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A083ZLV8, UniProt: A9CH39*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-DLZ / 1-deoxy-1-(6,7-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropteridin-8(2H)-yl)-D-ribitol / 6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl) lumazine / 6,7-ジメチル-8-リビチルルマジン


分子量: 326.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N4O6
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6
詳細: 1.7 mg/mL protein, 9-13% PEG 4000, 6% isopropanol, and 50 mM sodium citrate buffer at pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1-1.25
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月11日 / 詳細: KB mirrors
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.251
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 27730 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Precognition5.2データ削減
Epinorm5.2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4dja

4dja


解像度: 2.3→49.68 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 23.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 1388 5.02 %
Rwork0.1658 --
obs0.1693 27623 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4107 0 84 288 4479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1275858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3822535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.38230.35721340.312523X-RAY DIFFRACTION97
2.3823-2.47770.32631310.28822547X-RAY DIFFRACTION98
2.4777-2.59040.30991410.26132559X-RAY DIFFRACTION99
2.5904-2.7270.34951600.24842602X-RAY DIFFRACTION100
2.727-2.89780.31311330.21732600X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-3.12150.27241230.19042639X-RAY DIFFRACTION100
3.1215-3.43560.25861270.15682651X-RAY DIFFRACTION100
3.4356-3.93260.19921450.12382642X-RAY DIFFRACTION100
3.9326-4.95390.16311310.10212693X-RAY DIFFRACTION100
4.9539-49.69120.1691630.11992779X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.5419 Å / Origin y: 9.9091 Å / Origin z: 52.2304 Å
111213212223313233
T0.186 Å2-0.0507 Å2-0.0008 Å2-0.2144 Å20.029 Å2--0.2146 Å2
L1.5418 °2-0.3545 °2-0.2877 °2-2.3422 °20.7331 °2--1.3465 °2
S0.0343 Å °-0.0032 Å °0.0227 Å °-0.0336 Å °0.0266 Å °-0.2518 Å °-0.0106 Å °0.0896 Å °-0.0406 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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